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- PDB-6s4u: LXRbeta ligand binding domain in comlpex with small molecule inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s4u
タイトルLXRbeta ligand binding domain in comlpex with small molecule inhibitors
要素Oxysterols receptor LXR-beta
キーワードNUCLEAR PROTEIN / liver X receptor beta LXRb LXR beta Nuclear hormone receptor receptor ligand binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / regulation of lipid storage / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / apolipoprotein A-I receptor binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose ...positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / regulation of lipid storage / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / apolipoprotein A-I receptor binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of lipid storage / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / negative regulation of lipid transport / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cold-induced thermogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cholesterol efflux / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of proteolysis / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol homeostasis / response to nutrient levels / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / chromatin DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Liver X receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KVK / Oxysterols receptor LXR-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Sandmark, J. / Jansson, A.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Structural analysis identifies an escape route from the adverse lipogenic effects of liver X receptor ligands.
著者: Belorusova, A.Y. / Evertsson, E. / Hovdal, D. / Sandmark, J. / Bratt, E. / Maxvall, I. / Schulman, I.G. / Akerblad, P. / Lindstedt, E.L.
履歴
登録2019年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Oxysterols receptor LXR-beta
C: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2566
ポリマ－84,8143
非ポリマー1,4423
水32418
1
A: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7522
ポリマ－28,2711
非ポリマー4811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7522
ポリマ－28,2711
非ポリマー4811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7522
ポリマ－28,2711
非ポリマー4811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.086, 125.086, 137.054
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains A B
22Chains A C
33Chains B C

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Oxysterols receptor LXR-beta / Liver X receptor beta / Nuclear receptor NER / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 / ...Liver X receptor beta / Nuclear receptor NER / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 / Ubiquitously-expressed nuclear receptor


分子量: 28271.482 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H2, LXRB, NER, UNR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P55055
#2: 化合物 ChemComp-KVK / 6-[4-[[3-oxidanyl-1,1-bis(oxidanylidene)-5-phenyl-2-propan-2-yl-3~{H}-1,2-thiazol-4-yl]amino]butyl]pyridine-2-sulfonamide


分子量: 480.601 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N4O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Unknown.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→20 Å / Num. obs: 30616 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 16.56
反射 シェル解像度: 2.81→2.9 Å / Num. unique obs: 5170

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135 2015/10/01精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.81→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.611 / ESU R Free: 0.342 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 761 -
Rwork0.2532 --
all0.254 --
obs-30612 99.801 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.109 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.225 Å21.612 Å20 Å2
2--3.225 Å2-0 Å2
3----10.461 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5742 0 96 18 5856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5931.9857686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.095312159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.0395696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.33123.852244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.27415896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.541538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.160.21968
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2330.27916
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1540.25112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0990.25144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0680.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1580.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2360.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0060.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8837.3712805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7837.3692804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.32810.9713494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.34310.9743495
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0977.9662839
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.2247.9772738
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.50411.6644192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.67111.6684043
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.97558.2985728
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.05957.9385622
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1220.0526002
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1210.0525696
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.1160.0525426
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.81-2.8830.441490.3922144221698.96210.341
2.883-2.9620.375510.362214621971000.32
2.962-3.0470.382550.3382053210999.95260.299
3.047-3.140.373490.3232006205699.95140.284
3.14-3.2430.318500.324192619761000.292
3.243-3.3560.29460.3031886193399.94830.273
3.356-3.4820.299370.281181618531000.249
3.482-3.6230.248470.261175918061000.241
3.623-3.7830.247490.242168217311000.222
3.783-3.9670.238470.2471624167299.94020.219
3.967-4.180.208490.2221540159199.87430.207
4.18-4.4310.276470.2061456150499.93350.196
4.431-4.7340.273340.2131352139199.64050.208
4.734-5.1080.27450.2081270132099.62120.208
5.108-5.5890.236290.2591202123499.75690.256
5.589-6.2370.317360.2751077111499.91020.272
6.237-7.1790.207120.2839819931000.287
7.179-8.7390.178130.19983384999.64660.224
8.739-12.1390.25780.16766867999.55820.193
12.139-45.6850.6280.3224304381000.367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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