PDB-6s4s: CBDP35 Native structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s4s

タイトル

CBDP35 Native structure

要素

(PlyP35) x 3

キーワード

HYDROLASE / ----

機能・相同性

PSA endolysin, cell wall binding domain / PSA endolysin C-terminal cell wall binding domain / Peptidase M15C / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / peptidase activity / MALONATE ION / PlyP35

機能・相同性情報

生物種

Listeria phage P35 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Hermoso, J.A. / Bartual, S.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CBDP35 Native structure
著者: Hermoso, J.A. / Bartual, S.G.

履歴

登録	2019年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s4s.cif.gz	377 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s4s.ent.gz	304.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s4s_validation.pdf.gz	526.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s4s_full_validation.pdf.gz	547.9 KB	表示
XML形式データ	6s4s_validation.xml.gz	77.7 KB	表示
CIF形式データ	6s4s_validation.cif.gz	109.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/6s4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/6s4s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6thjC 6s3yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s3y-2 6s3y-4 6s3y-3 6s3y-7 6s3y-1 6thj-6 6thj-10 6s3y-11 4k8w-d 2v6x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PlyP35

B: PlyP35

C: PlyP35

D: PlyP35

E: PlyP35

F: PlyP35

G: PlyP35

H: PlyP35

I: PlyP35

J: PlyP35

L: PlyP35

K: PlyP35

ヘテロ分子

194 kDa, 12 ポリマー
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1

A: PlyP35

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PlyP35

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PlyP35

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
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7

G: PlyP35

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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8

H: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
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9

I: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
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10

J: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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11

L: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
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12

K: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	333.321, 95.118, 83.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.33, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-507- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	LYS	LYS	A	A	153 - 290	2 - 139
2	1	MET	MET	LYS	LYS	B	B	153 - 290	1 - 138
1	2	HIS	HIS	ILE	ILE	A	A	152 - 289	1 - 138
2	2	HIS	HIS	ILE	ILE	C	C	152 - 289	1 - 138
1	3	MET	MET	LYS	LYS	A	A	153 - 290	2 - 139
2	3	MET	MET	LYS	LYS	D	D	153 - 290	1 - 138
1	4	MET	MET	LYS	LYS	A	A	153 - 290	2 - 139
2	4	MET	MET	LYS	LYS	E	E	153 - 290	1 - 138
1	5	MET	MET	LYS	LYS	A	A	153 - 290	2 - 139
2	5	MET	MET	LYS	LYS	F	F	153 - 290	1 - 138
1	6	MET	MET	LYS	LYS	A	A	153 - 290	2 - 139
2	6	MET	MET	LYS	LYS	G	G	153 - 290	1 - 138
1	7	MET	MET	LYS	LYS	A	A	153 - 290	2 - 139
2	7	MET	MET	LYS	LYS	H	H	153 - 290	1 - 138
1	8	MET	MET	LYS	LYS	A	A	153 - 290	2 - 139
2	8	MET	MET	LYS	LYS	I	I	153 - 290	1 - 138
1	9	MET	MET	ILE	ILE	A	A	154 - 289	3 - 138
2	9	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
1	10	MET	MET	LYS	LYS	A	A	153 - 290	2 - 139
2	10	MET	MET	LYS	LYS	L	K	153 - 290	1 - 138
1	11	MET	MET	LYS	LYS	A	A	153 - 290	2 - 139
2	11	MET	MET	LYS	LYS	K	L	153 - 290	1 - 138
1	12	MET	MET	ILE	ILE	B	B	153 - 289	1 - 137
2	12	MET	MET	ILE	ILE	C	C	153 - 289	2 - 138
1	13	MET	MET	LYS	LYS	B	B	153 - 291	1 - 139
2	13	MET	MET	LYS	LYS	D	D	153 - 291	1 - 139
1	14	MET	MET	LYS	LYS	B	B	153 - 291	1 - 139
2	14	MET	MET	LYS	LYS	E	E	153 - 291	1 - 139
1	15	MET	MET	LYS	LYS	B	B	153 - 291	1 - 139
2	15	MET	MET	LYS	LYS	F	F	153 - 291	1 - 139
1	16	MET	MET	LYS	LYS	B	B	153 - 291	1 - 139
2	16	MET	MET	LYS	LYS	G	G	153 - 291	1 - 139
1	17	MET	MET	LYS	LYS	B	B	153 - 291	1 - 139
2	17	MET	MET	LYS	LYS	H	H	153 - 291	1 - 139
1	18	MET	MET	LYS	LYS	B	B	153 - 291	1 - 139
2	18	MET	MET	LYS	LYS	I	I	153 - 291	1 - 139
1	19	MET	MET	ILE	ILE	B	B	154 - 289	2 - 137
2	19	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
1	20	MET	MET	LYS	LYS	B	B	153 - 291	1 - 139
2	20	MET	MET	LYS	LYS	L	K	153 - 291	1 - 139
1	21	MET	MET	LYS	LYS	B	B	153 - 291	1 - 139
2	21	MET	MET	LYS	LYS	K	L	153 - 291	1 - 139
1	22	MET	MET	ILE	ILE	C	C	153 - 289	2 - 138
2	22	MET	MET	ILE	ILE	D	D	153 - 289	1 - 137
1	23	MET	MET	ILE	ILE	C	C	153 - 289	2 - 138
2	23	MET	MET	ILE	ILE	E	E	153 - 289	1 - 137
1	24	MET	MET	ILE	ILE	C	C	153 - 289	2 - 138
2	24	MET	MET	ILE	ILE	F	F	153 - 289	1 - 137
1	25	MET	MET	ILE	ILE	C	C	153 - 289	2 - 138
2	25	MET	MET	ILE	ILE	G	G	153 - 289	1 - 137
1	26	MET	MET	ILE	ILE	C	C	153 - 289	2 - 138
2	26	MET	MET	ILE	ILE	H	H	153 - 289	1 - 137
1	27	MET	MET	ILE	ILE	C	C	153 - 289	2 - 138
2	27	MET	MET	ILE	ILE	I	I	153 - 289	1 - 137
1	28	MET	MET	ILE	ILE	C	C	154 - 289	3 - 138
2	28	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
1	29	MET	MET	ILE	ILE	C	C	153 - 289	2 - 138
2	29	MET	MET	ILE	ILE	L	K	153 - 289	1 - 137
1	30	MET	MET	ILE	ILE	C	C	153 - 289	2 - 138
2	30	MET	MET	ILE	ILE	K	L	153 - 289	1 - 137
1	31	MET	MET	LYS	LYS	D	D	153 - 291	1 - 139
2	31	MET	MET	LYS	LYS	E	E	153 - 291	1 - 139
1	32	MET	MET	LYS	LYS	D	D	153 - 291	1 - 139
2	32	MET	MET	LYS	LYS	F	F	153 - 291	1 - 139
1	33	MET	MET	LYS	LYS	D	D	153 - 291	1 - 139
2	33	MET	MET	LYS	LYS	G	G	153 - 291	1 - 139
1	34	MET	MET	LYS	LYS	D	D	153 - 291	1 - 139
2	34	MET	MET	LYS	LYS	H	H	153 - 291	1 - 139
1	35	MET	MET	LYS	LYS	D	D	153 - 291	1 - 139
2	35	MET	MET	LYS	LYS	I	I	153 - 291	1 - 139
1	36	MET	MET	ILE	ILE	D	D	154 - 289	2 - 137
2	36	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
1	37	MET	MET	LYS	LYS	D	D	153 - 291	1 - 139
2	37	MET	MET	LYS	LYS	L	K	153 - 291	1 - 139
1	38	MET	MET	LYS	LYS	D	D	153 - 291	1 - 139
2	38	MET	MET	LYS	LYS	K	L	153 - 291	1 - 139
1	39	MET	MET	LYS	LYS	E	E	153 - 291	1 - 139
2	39	MET	MET	LYS	LYS	F	F	153 - 291	1 - 139
1	40	MET	MET	LYS	LYS	E	E	153 - 291	1 - 139
2	40	MET	MET	LYS	LYS	G	G	153 - 291	1 - 139
1	41	MET	MET	LYS	LYS	E	E	153 - 291	1 - 139
2	41	MET	MET	LYS	LYS	H	H	153 - 291	1 - 139
1	42	MET	MET	LYS	LYS	E	E	153 - 291	1 - 139
2	42	MET	MET	LYS	LYS	I	I	153 - 291	1 - 139
1	43	MET	MET	ILE	ILE	E	E	154 - 289	2 - 137
2	43	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
1	44	MET	MET	LYS	LYS	E	E	153 - 291	1 - 139
2	44	MET	MET	LYS	LYS	L	K	153 - 291	1 - 139
1	45	MET	MET	LYS	LYS	E	E	153 - 291	1 - 139
2	45	MET	MET	LYS	LYS	K	L	153 - 291	1 - 139
1	46	MET	MET	LYS	LYS	F	F	153 - 291	1 - 139
2	46	MET	MET	LYS	LYS	G	G	153 - 291	1 - 139
1	47	MET	MET	LYS	LYS	F	F	153 - 291	1 - 139
2	47	MET	MET	LYS	LYS	H	H	153 - 291	1 - 139
1	48	MET	MET	LYS	LYS	F	F	153 - 291	1 - 139
2	48	MET	MET	LYS	LYS	I	I	153 - 291	1 - 139
1	49	MET	MET	ILE	ILE	F	F	154 - 289	2 - 137
2	49	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
1	50	MET	MET	LYS	LYS	F	F	153 - 291	1 - 139
2	50	MET	MET	LYS	LYS	L	K	153 - 291	1 - 139
1	51	MET	MET	LYS	LYS	F	F	153 - 291	1 - 139
2	51	MET	MET	LYS	LYS	K	L	153 - 291	1 - 139
1	52	MET	MET	LYS	LYS	G	G	153 - 291	1 - 139
2	52	MET	MET	LYS	LYS	H	H	153 - 291	1 - 139
1	53	MET	MET	LYS	LYS	G	G	153 - 291	1 - 139
2	53	MET	MET	LYS	LYS	I	I	153 - 291	1 - 139
1	54	MET	MET	ILE	ILE	G	G	154 - 289	2 - 137
2	54	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
1	55	MET	MET	LYS	LYS	G	G	153 - 291	1 - 139
2	55	MET	MET	LYS	LYS	L	K	153 - 291	1 - 139
1	56	MET	MET	LYS	LYS	G	G	153 - 291	1 - 139
2	56	MET	MET	LYS	LYS	K	L	153 - 291	1 - 139
1	57	MET	MET	LYS	LYS	H	H	153 - 291	1 - 139
2	57	MET	MET	LYS	LYS	I	I	153 - 291	1 - 139
1	58	MET	MET	ILE	ILE	H	H	154 - 289	2 - 137
2	58	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
1	59	MET	MET	LYS	LYS	H	H	153 - 291	1 - 139
2	59	MET	MET	LYS	LYS	L	K	153 - 291	1 - 139
1	60	MET	MET	LYS	LYS	H	H	153 - 291	1 - 139
2	60	MET	MET	LYS	LYS	K	L	153 - 291	1 - 139
1	61	MET	MET	ILE	ILE	I	I	154 - 289	2 - 137
2	61	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
1	62	MET	MET	LYS	LYS	I	I	153 - 291	1 - 139
2	62	MET	MET	LYS	LYS	L	K	153 - 291	1 - 139
1	63	MET	MET	LYS	LYS	I	I	153 - 291	1 - 139
2	63	MET	MET	LYS	LYS	K	L	153 - 291	1 - 139
1	64	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
2	64	MET	MET	ILE	ILE	L	K	154 - 289	2 - 137
1	65	MET	MET	ILE	ILE	J	J	154 - 289	3 - 138
2	65	MET	MET	ILE	ILE	K	L	154 - 289	2 - 137
1	66	MET	MET	LYS	LYS	L	K	153 - 291	1 - 139
2	66	MET	MET	LYS	LYS	K	L	153 - 291	1 - 139

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	PlyP35 分子量: 16156.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria phage P35 (ファージ) / 遺伝子: ply 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A8ATR6
#2: タンパク質	PlyP35 分子量: 16090.521 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria phage P35 (ファージ) / 遺伝子: ply 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A8ATR6
#3: タンパク質	PlyP35 分子量: 16228.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria phage P35 (ファージ) / 遺伝子: ply 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A8ATR6
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4M Sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→47.56 Å / Num. obs: 142267 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.1147 / Net I/σ(I): 12.98
反射シェル	解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.9802 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 14110 / CC_1/2: 0.998 / % possible all: 99.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S3Y

6s3y

解像度: 2.15→47.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.958 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21177	7164	5 %	RANDOM
R_work	0.18556	-	-	-
obs	0.18689	135102	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.252 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.54 Å²	0 Å²	0.23 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13609	0	35	1433	15077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	14025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.611	1.643	18831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.306	1.594	29874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.457	5	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.828	22.197	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.888	15	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.915	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	15465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3195
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.624	3.769	6656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.624	3.769	6655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.188	5.634	8299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.188	5.635	8300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.567	4.122	7369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.553	4.122	7366
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.841	5.956	10533
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.509	42.23	15738
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.51	42.22	15736
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4405	0.09
1	2	B	4405	0.09
2	1	A	4481	0.08
2	2	C	4481	0.08
3	1	A	4491	0.07
3	2	D	4491	0.07
4	1	A	4471	0.07
4	2	E	4471	0.07
5	1	A	4453	0.08
5	2	F	4453	0.08
6	1	A	4495	0.08
6	2	G	4495	0.08
7	1	A	4464	0.08
7	2	H	4464	0.08
8	1	A	4438	0.09
8	2	I	4438	0.09
9	1	A	4436	0.08
9	2	J	4436	0.08
10	1	A	4410	0.1
10	2	L	4410	0.1
11	1	A	4465	0.08
11	2	K	4465	0.08
12	1	B	4365	0.1
12	2	C	4365	0.1
13	1	B	4454	0.09
13	2	D	4454	0.09
14	1	B	4453	0.09
14	2	E	4453	0.09
15	1	B	4466	0.08
15	2	F	4466	0.08
16	1	B	4441	0.09
16	2	G	4441	0.09
17	1	B	4392	0.1
17	2	H	4392	0.1
18	1	B	4391	0.1
18	2	I	4391	0.1
19	1	B	4396	0.08
19	2	J	4396	0.08
20	1	B	4404	0.1
20	2	L	4404	0.1
21	1	B	4441	0.1
21	2	K	4441	0.1
22	1	C	4409	0.09
22	2	D	4409	0.09
23	1	C	4407	0.09
23	2	E	4407	0.09
24	1	C	4393	0.09
24	2	F	4393	0.09
25	1	C	4409	0.09
25	2	G	4409	0.09
26	1	C	4432	0.09
26	2	H	4432	0.09
27	1	C	4389	0.1
27	2	I	4389	0.1
28	1	C	4423	0.08
28	2	J	4423	0.08
29	1	C	4360	0.1
29	2	L	4360	0.1
30	1	C	4377	0.1
30	2	K	4377	0.1
31	1	D	4526	0.06
31	2	E	4526	0.06
32	1	D	4516	0.07
32	2	F	4516	0.07
33	1	D	4467	0.09
33	2	G	4467	0.09
34	1	D	4423	0.09
34	2	H	4423	0.09
35	1	D	4473	0.09
35	2	I	4473	0.09
36	1	D	4413	0.09
36	2	J	4413	0.09
37	1	D	4429	0.1
37	2	L	4429	0.1
38	1	D	4458	0.09
38	2	K	4458	0.09
39	1	E	4535	0.07
39	2	F	4535	0.07
40	1	E	4446	0.1
40	2	G	4446	0.1
41	1	E	4417	0.09
41	2	H	4417	0.09
42	1	E	4491	0.08
42	2	I	4491	0.08
43	1	E	4405	0.09
43	2	J	4405	0.09
44	1	E	4433	0.1
44	2	L	4433	0.1
45	1	E	4461	0.09
45	2	K	4461	0.09
46	1	F	4432	0.1
46	2	G	4432	0.1
47	1	F	4401	0.09
47	2	H	4401	0.09
48	1	F	4438	0.09
48	2	I	4438	0.09
49	1	F	4417	0.08
49	2	J	4417	0.08
50	1	F	4407	0.1
50	2	L	4407	0.1
51	1	F	4482	0.09
51	2	K	4482	0.09
52	1	G	4475	0.09
52	2	H	4475	0.09
53	1	G	4458	0.09
53	2	I	4458	0.09
54	1	G	4458	0.07
54	2	J	4458	0.07
55	1	G	4476	0.1
55	2	L	4476	0.1
56	1	G	4492	0.09
56	2	K	4492	0.09
57	1	H	4379	0.1
57	2	I	4379	0.1
58	1	H	4423	0.07
58	2	J	4423	0.07
59	1	H	4389	0.11
59	2	L	4389	0.11
60	1	H	4431	0.09
60	2	K	4431	0.09
61	1	I	4360	0.1
61	2	J	4360	0.1
62	1	I	4443	0.09
62	2	L	4443	0.09
63	1	I	4433	0.1
63	2	K	4433	0.1
64	1	J	4373	0.1
64	2	L	4373	0.1
65	1	J	4469	0.07
65	2	K	4469	0.07
66	1	L	4467	0.1
66	2	K	4467	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	520	-
R_work	0.278	9963	-
obs	-	-	99.95 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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