PDB-6s2r: Mycobacterial hydrolase 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s2r

タイトル

Mycobacterial hydrolase 2

要素

Glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterium tuberculosis / phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase activity / dephosphorylation / phosphatase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Vilela, F. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Mycobacterial hydrolase 2
著者: Cereija, T.B. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

履歴

登録	2019年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s2r.cif.gz	210.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s2r.ent.gz	168.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6s2r_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s2r_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	6s2r_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	6s2r_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s2qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5m8k-d 5m8j-d 6jbo-d 5m87-d 6tl2-d 4kld-d 4klf-d 4o5k-d 4be5-d 3at7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/696 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (6) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase

B: Glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase

ヘテロ分子

51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.953, 48.830, 93.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.33, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase 分子量: 25730.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: gpgP, Rv2419c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WIC7, glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase, mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Calcium chloride dihydrate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→47.51 Å / Num. obs: 75999 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.093 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.427 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3740 / CC_1/2: 0.506 / R_pim(I) all: 0.739 / R_rim(I) all: 1.614 / R_sym value: 1.427 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S2Q

6s2q

解像度: 1.45→47.508 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1999	3676	4.84 %
R_work	0.1739	-	-
obs	0.1752	75972	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→47.508 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3576	0	15	462	4053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3860
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.033	5270
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.765	1405
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	571
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4691	0.3663	149	0.312	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4691-1.4892	0.3189	143	0.2896	2789	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4892-1.5105	0.2911	137	0.2693	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5105-1.533	0.2848	148	0.2568	2812	X-RAY DIFFRACTION	99
1.533-1.557	0.2891	133	0.2526	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
1.557-1.5825	0.2856	143	0.251	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5825-1.6098	0.2771	141	0.2491	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6098-1.6391	0.3204	129	0.2671	2770	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6391-1.6706	0.3081	138	0.261	2794	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6706-1.7047	0.2572	140	0.2306	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7047-1.7418	0.2848	144	0.2181	2772	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7418-1.7823	0.2293	124	0.2117	2749	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7823-1.8269	0.2074	143	0.1962	2758	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8269-1.8763	0.2307	141	0.1812	2762	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8763-1.9315	0.2006	141	0.1755	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9315-1.9938	0.1925	147	0.1735	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9938-2.0651	0.2078	137	0.1724	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0651-2.1478	0.2063	133	0.1694	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1478-2.2455	0.1909	141	0.1645	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2455-2.3639	0.2023	132	0.1603	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3639-2.512	0.1936	157	0.1645	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
2.512-2.7059	0.1865	153	0.1664	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7059-2.9782	0.2092	147	0.1675	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9782-3.409	0.1555	159	0.1504	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
3.409-4.2946	0.1705	149	0.1357	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2946-47.5334	0.1721	127	0.1657	2926	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3927	-3.0963	-3.0261	8.3923	-0.2158	8.5337	-0.3213	-0.619	-0.2561	1.3645	-0.0003	-0.183	-0.0404	-0.0432	0.2046	0.3554	-0.0233	-0.0364	0.3311	0.0389	0.315	-22.0061	45.6006	32.2446
2	1.4625	0.0111	-0.3212	2.8915	2.8224	3.988	-0.0874	0.0655	0.0432	-0.1334	0.0453	0.0678	-0.0093	-0.0944	0.0613	0.098	0.0031	-0.0144	0.1516	0.0167	0.1591	-14.7062	13.0147	13.6833
3	4.4182	1.1887	1.726	6.8304	5.0635	3.9233	-0.0124	0.2008	0.4774	-0.2191	0.0795	0.1138	-0.5104	-0.0593	-0.125	0.2794	-0.0363	-0.0616	0.1778	0.0631	0.3053	-10.5735	25.2918	15.1356
4	3.0225	1.5087	1.9917	1.7851	1.2853	3.2046	-0.1167	0.1375	0.0307	-0.1478	0.1067	-0.082	-0.1259	0.1817	-0.0096	0.1281	0.0163	0.0211	0.1769	-0.0095	0.1603	-10.7576	10.4333	13.6581
5	6.3128	-0.8977	3.682	0.4265	-0.67	2.4129	0.0402	0.4815	-0.2664	-0.0831	0.0504	0.0821	0.1379	-0.1644	-0.0623	0.1971	-0.0456	-0.0065	0.2291	-0.0261	0.1911	-26.8095	-1.1539	10.1451
6	7.0594	5.4742	4.8671	7.0241	5.7419	6.4324	0.0066	-0.1133	-0.1715	0.0663	0.023	-0.0613	0.1351	0.1319	-0.0503	0.1163	0.0151	0.0173	0.1605	0.04	0.1652	-14.9813	2.9176	25.9778
7	5.0284	-1.6591	-0.4867	5.9929	-1.4499	8.4892	-0.0827	-0.8737	0.5651	1.1915	-0.0267	-0.4955	-0.5856	0.539	0.0802	0.2789	-0.0409	-0.0824	0.3696	-0.0769	0.2384	-8.0947	18.4432	36.5662
8	2.2046	0.4865	-0.1674	1.9182	0.2203	0.6799	0.0017	0.0322	0.0114	0.0307	0.0044	0.0623	0.0241	0.034	-0.0058	0.1397	0.0167	-0.0109	0.172	0.0002	0.1693	-21.0546	11.2012	23.3204
9	3.4768	-1.9205	1.2653	5.4455	-1.2994	4.0132	-0.1768	-0.304	0.0927	0.4711	0.1796	0.0501	-0.1892	-0.0676	0.0309	0.1012	0.0192	0.0082	0.1927	-0.0318	0.1429	-20.3624	14.7403	29.9002
10	9.7018	1.5908	4.8196	9.403	7.2336	8.8407	0.2265	0.988	0.3716	-0.1794	0.0013	-1.0351	-0.4698	0.0352	-0.1601	0.8659	-0.0641	-0.1108	0.8194	0.2344	0.7663	-11.3429	28.0148	-1.4882
11	2.0973	0.6647	-0.4379	2.4653	-0.1287	1.4074	0.0108	-0.0178	0.053	0.0317	0.0221	0.1003	-0.1343	-0.0412	-0.0587	0.1187	0.0193	-0.0034	0.1393	0.0107	0.1835	-36.7916	32.6346	23.5822
12	1.327	0.5103	3.1355	1.1541	0.5407	7.694	-0.0033	-0.0649	0.0813	0.1804	0.0109	-0.1117	0.5053	0.2644	0.0416	0.3006	0.0444	0.0707	0.3168	0.0075	0.2485	-37.6668	21.1348	44.6238
13	2.3334	0.9329	-1.6477	2.9876	-1.5569	4.1624	-0.0888	0.4264	0.0144	-0.4143	0.0921	0.2589	0.2977	-0.5003	0.0041	0.1798	0.018	-0.047	0.2453	0.0162	0.2502	-43.7475	21.1667	14.7715
14	1.65	-0.7771	-0.386	3.469	-0.4225	2.4499	-0.0529	0.1218	-0.119	-0.186	0.0353	0.2286	0.1312	-0.1124	0.0491	0.0937	0.0025	-0.0075	0.1447	0.001	0.1597	-35.192	17.7708	21.1061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 220 through 233 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 48 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 49 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 102 through 122 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 123 through 140 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 141 through 153 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 154 through 196 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 197 through 219 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 220 through 234 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 87 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 88 through 122 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 123 through 153 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 154 through 219 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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