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- PDB-6s2b: Structure of beta-fructofuranosidase from Schwanniomyces occident... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s2b
タイトルStructure of beta-fructofuranosidase from Schwanniomyces occidentalis complexed with fructosyl-erythritol
要素Fructofuranosidase
キーワードHYDROLASE / BETA-FRUCTOFURANOSIDASE / GLYCOSIDASE / CARBOHYDRATE / CARBOHYDRATE METABOLISM / POLISACCHARIDE DEGRADATION / COMPLEX / FRUCTOSYL-ERYTHRITOL / FRUCTOSYLATION / TRANSFRUCTOSYLATION / FRUCTOOLIGOSACCHARIDES / FRUCTO-CONJUGATES
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / fungal-type vacuole / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KTE / Fructofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Schwanniomyces occidentalis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Jimenez-Ortega, E. / Sanz-Aparicio, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: New insights into the molecular mechanism behind mannitol and erythritol fructosylation by beta-fructofuranosidase from Schwanniomyces occidentalis.
著者: Rodrigo-Frutos, D. / Jimenez-Ortega, E. / Piedrabuena, D. / Ramirez-Escudero, M. / Miguez, N. / Plou, F.J. / Sanz-Aparicio, J. / Fernandez-Lobato, M.
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructofuranosidase
B: Fructofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,71617
ポリマ－122,1782
非ポリマー3,53915
水15,277848
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area36840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.483, 92.540, 116.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 24 - 535 / Label seq-ID: 24 - 535

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fructofuranosidase


分子量: 61088.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Schwanniomyces occidentalis (菌類) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): Y02321 / 参照: UniProt: E5D0X5, beta-fructofuranosidase

-
糖 , 3種, 10分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 853分子

#5: 化合物 ChemComp-KTE / (2~{S},3~{R})-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-2,5-bis(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]oxybutane-1,2,3-triol


分子量: 284.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 % / 解説: Thick plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 6000, 0.2 M MgCl2, and 0.1 M HEPES pH 7.0, by mixing 1 uL of protein with 0.5 uL of mother liquor. Crystals were transferred to a soaking solution containing mother liquor and 66 mM ...詳細: 20% PEG 6000, 0.2 M MgCl2, and 0.1 M HEPES pH 7.0, by mixing 1 uL of protein with 0.5 uL of mother liquor. Crystals were transferred to a soaking solution containing mother liquor and 66 mM fructosyl-erythritol for 4 hours, and subsequently to a fresh drop supplemented with 25% ethylene glycol .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→49.33 Å / Num. obs: 98961 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4791 / CC1/2: 0.773 / Rpim(I) all: 0.3 / Rrim(I) all: 0.7 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless7.0.016データスケーリング
MOLREP7.0.016位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KF3

3kf3


解像度: 1.88→49.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.708 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17853 4859 4.9 %RANDOM
Rwork0.15391 ---
obs0.15512 94088 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.584 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å2-0.36 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8308 0 226 849 9383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0138824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.451.67512047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3191.60617791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.17751032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72224.622476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.585151359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9691522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3031.7724113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3031.7714112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0612.655144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.062.655145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0372.0744711
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0362.0744712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.33.0276902
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.83621.6439657
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.83521.6439658
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17962 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 375 -
Rwork0.216 6845 -
obs--97.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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