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万見
- PDB-6s0c: Crystal structure of methionine gamma-lyase from Citrobacter freu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s0c
タイトルCrystal structure of methionine gamma-lyase from Citrobacter freundii modified by dimethylthiosulfinate
要素Cystathionine gamma-synthase
キーワードLYASE / METHIONINE GAMMA-LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / L-methionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Revtovich, S.V. / Morozova, E.A. / Nikulin, A.D. / Demidkina, T.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation15-14-00009 ロシア
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2020
タイトル: Sulfoxides of sulfur-containing amino acids are suicide substrates of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase. Structural bases of the enzyme inactivation.
著者: Revtovich, S. / Morozova, E. / Kulikova, V. / Koval, V. / Anufrieva, N. / Nikulin, A. / Demidkina, T.
履歴
登録2019年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4723
ポリマ－43,0751
非ポリマー3972
水6,089338
1
A: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子

A: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子

A: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子

A: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,89012
ポリマ－172,3004
非ポリマー1,5898
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area24270 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area45440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.784, 123.255, 128.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-511-

HOH

21A-662-

HOH

31A-725-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cystathionine gamma-synthase / Methionine gamma-lyase


分子量: 43075.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: mdeA, megL, AM363_27345, AN672_11005, AZ002_001464, BED45_02240, CES93_01075, CFA70_17460, EOL10_00980, HMPREF3212_02785, NCTC13639_00292, TO64_18625
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A5P8W7, methionine gamma-lyase
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 8.5, 0.5 mM PLP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 76641 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.45 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 20.48
反射 シェル解像度: 1.46→1.55 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 120129 / CC1/2: 0.75 / Rrim(I) all: 0.701 / % possible all: 70.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFV

2rfv


解像度: 1.46→40.411 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1724 2099 2.74 %
Rwork0.1374 --
obs0.1384 76627 97.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→40.411 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2974 0 10 338 3322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8794329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.2421813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005563
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4596-1.49350.2721340.234763X-RAY DIFFRACTION95
1.4935-1.53090.25671360.21154871X-RAY DIFFRACTION97
1.5309-1.57220.22841360.19284817X-RAY DIFFRACTION96
1.5722-1.61850.24531380.17964907X-RAY DIFFRACTION97
1.6185-1.67080.22571390.17044915X-RAY DIFFRACTION97
1.6708-1.73050.21481380.15674917X-RAY DIFFRACTION97
1.7305-1.79980.21941390.14234942X-RAY DIFFRACTION98
1.7998-1.88170.17591390.13564927X-RAY DIFFRACTION98
1.8817-1.98090.18021400.13434975X-RAY DIFFRACTION98
1.9809-2.1050.15931410.124994X-RAY DIFFRACTION99
2.105-2.26750.15911420.12285035X-RAY DIFFRACTION99
2.2675-2.49560.17341410.12915012X-RAY DIFFRACTION99
2.4956-2.85670.16671430.13215079X-RAY DIFFRACTION99
2.8567-3.59880.15071440.13215122X-RAY DIFFRACTION99
3.5988-40.4270.15211490.12935252X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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