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- PDB-6s00: Crystal structure of an inverting family GH156 exosialidase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s00
タイトルCrystal structure of an inverting family GH156 exosialidase from uncultured bacterium pG7 in complex with N-acetylneuraminic acid
要素exosialidase from uncultured bacterium pG7
キーワードHYDROLASE / (beta/alpha )8 barrel / sialidase / inverting / homodimer
機能・相同性N-acetyl-beta-neuraminic acid
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium pG7 (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bule, P. / Blagova, E. / Chuzel, L. / Taron, C.H. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Inverting family GH156 sialidases define an unusual catalytic motif for glycosidase action.
著者: Bule, P. / Chuzel, L. / Blagova, E. / Wu, L. / Gray, M.A. / Henrissat, B. / Rapp, E. / Bertozzi, C.R. / Taron, C.H. / Davies, G.J.
履歴
登録2019年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine.pdbx_diffrn_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exosialidase from uncultured bacterium pG7
B: exosialidase from uncultured bacterium pG7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,39916
ポリマ－117,5732
非ポリマー1,82614
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALLS confirmed the dimeric assembly in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8070 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area33940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.262, 79.017, 112.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 502 / Label seq-ID: 6 - 502

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 exosialidase from uncultured bacterium pG7


分子量: 58786.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured bacterium pG7 (環境試料)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: exo-alpha-sialidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.8 M sodium formate, 12% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.7001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.75 Å / Num. obs: 76209 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.293 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.302 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 1371172 / Scaling rejects: 114
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2-2.0417.71.92744450.710.4661.983100
2-49.75180.0566480.9990.0130.05899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
DIALSデータ収集
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RZD

6rzd


解像度: 2→49.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 10.647 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2517 3779 5 %RANDOM
Rwork0.2095 ---
obs0.2116 72411 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.32 Å2 / Biso mean: 23.084 Å2 / Biso min: 7.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å2-0.46 Å2
2--0.17 Å2-0 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→49.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8016 0 121 477 8614
Biso mean--31.08 26.95 -
残基数----991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0138388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8291.65211394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3661.57117744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4535995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.43719.506526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.99151310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.68915104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2130.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.029425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022031
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17057 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 282 -
Rwork0.271 5296 -
all-5578 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28870.079-0.19790.6885-0.10311.37960.02950.01570.05030.0684-0.00480.0098-0.0906-0.1253-0.02470.22180.01290.06050.01180.00350.023911.78726.05844.407
20.2417-0.0890.11840.7399-0.13271.32110.0191-0.0144-0.0296-0.0511-0.0084-0.01110.0984-0.0736-0.01070.2268-0.01210.04390.00510.00060.013615.1668.0669.007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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