[日本語] English
万見
- PDB-6rzd: Crystal structure of an inverting family GH156 exosialidase from ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rzd
タイトルCrystal structure of an inverting family GH156 exosialidase from uncultured bacterium pG7
要素exosialidase from uncultured bacterium pG7
キーワードHYDROLASE / (beta/alpha )8 barrel / sialidase / inverting / homodimer
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium pG7 (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bule, P. / Blagova, E. / Chuzel, L. / Taron, C.H. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Inverting family GH156 sialidases define an unusual catalytic motif for glycosidase action.
著者: Bule, P. / Chuzel, L. / Blagova, E. / Wu, L. / Gray, M.A. / Henrissat, B. / Rapp, E. / Bertozzi, C.R. / Taron, C.H. / Davies, G.J.
履歴
登録2019年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _refine_hist.d_res_low

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: exosialidase from uncultured bacterium pG7
B: exosialidase from uncultured bacterium pG7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,20921
ポリマ－117,5732
非ポリマー1,63619
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALLS confirmed the dimeric assembly in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area34240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.112, 79.273, 112.214
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 exosialidase from uncultured bacterium pG7


分子量: 58786.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured bacterium pG7 (環境試料)
プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: exo-alpha-sialidase

-
非ポリマー , 5種, 439分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.8 M sodium formate, 15% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→64.67 Å / Num. obs: 75801 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.219 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 412825 / Scaling rejects: 1502
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.045.60.8092479944470.5930.3770.8941.899.7
10-64.675.10.08433346510.9930.0390.09314.199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Unpublished SeMet derivative

解像度: 2→64.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 13.536 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.201
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2856 3839 5.1 %RANDOM
Rwork0.2337 ---
obs0.2363 71915 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.04 Å2 / Biso mean: 23.225 Å2 / Biso min: 7.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å2-0 Å2-0.89 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→64.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8020 0 106 420 8546
Biso mean--35.89 24.02 -
残基数----992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0138405
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8551.65211417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3121.57217783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.75651002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.41719.49529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.723151316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.07815106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022044
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 316 -
Rwork0.305 5211 -
all-5527 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28290.1353-0.16940.8126-0.17821.65470.0234-0.02320.07110.091-0.02820.0364-0.104-0.17630.00480.15840.01420.04860.0268-0.00940.033411.951326.034944.211
20.2677-0.11060.12220.7475-0.14551.58060.03180.0029-0.05-0.0786-0.0260.02880.1319-0.1138-0.00580.1799-0.01190.02290.0104-0.00330.014615.1558.06898.9739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 1301
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 1601

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る