PDB-6rvn: aFtsz-GDP-Wat

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rvn

タイトル

aFtsz-GDP-Wat

要素

Cell division protein FtsZ

キーワード

CELL CYCLE / Cell division protein

機能・相同性

機能・相同性情報

division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.242 Å

データ登録者

Fernandez-Tornero, C. / Andreu, J.M.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Nucleotide-induced folding of cell division protein FtsZ from Staphylococcus aureus.
著者: Huecas, S. / Canosa-Valls, A.J. / Araujo-Bazan, L. / Ruiz, F.M. / Laurents, D.V. / Fernandez-Tornero, C. / Andreu, J.M.

履歴

登録	2019年5月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rvn.cif.gz	123.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rvn.ent.gz	95.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rvn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rvn_validation.pdf.gz	759.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rvn_full_validation.pdf.gz	761.7 KB	表示
XML形式データ	6rvn_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	6rvn_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/6rvn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/6rvn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rvmC 6rvpC 6rvqC 6si9C 5mn4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6si9-d 6rvp-d 5xdw-d 6rvq-d 6qfl-d 2pbp-d 4pag-2 6yg0-d 6xf0-1 6bru-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (8) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.670, 51.324, 88.171
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cell division protein FtsZ 分子量: 31825.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: ftsZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A031
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG5K MME, 10% EthGly, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→41.19 Å / Num. obs: 84186 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 1.24→1.31 Å / Num. unique obs: 12233 / CC_1/2: 0.71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MN4

5mn4

解像度: 1.242→41.19 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 24.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2098	3983	4.75 %
R_work	0.1949	-	-
obs	0.1957	83877	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.242→41.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2221	0	29	190	2440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	2268
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.682	3067
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.145	832
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.114	366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2416-1.2567	0.3581	134	0.3318	2809	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2567-1.2727	0.3073	147	0.3063	2752	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2727-1.2894	0.3062	120	0.2963	2851	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2894-1.3071	0.3	142	0.2857	2779	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3071-1.3257	0.2835	137	0.2799	2822	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3257-1.3455	0.3358	133	0.2722	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3455-1.3666	0.2813	131	0.2541	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3666-1.389	0.2563	133	0.2453	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.389-1.4129	0.2245	134	0.2486	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4129-1.4386	0.2715	143	0.2316	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4386-1.4663	0.2644	135	0.2292	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4663-1.4962	0.2483	126	0.229	2819	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4962-1.5287	0.2267	146	0.2181	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5287-1.5643	0.2527	155	0.2062	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5643-1.6034	0.2285	165	0.1982	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6034-1.6468	0.2403	151	0.2002	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6468-1.6952	0.2029	152	0.1875	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6952-1.75	0.2377	134	0.1961	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.8125	0.2156	127	0.1983	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8125-1.8851	0.2191	152	0.1982	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.9709	0.2609	136	0.2027	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9709-2.0748	0.1993	136	0.1867	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.2048	0.2082	168	0.1833	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.375	0.1938	122	0.1827	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.6139	0.1965	124	0.1863	2916	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6139-2.9921	0.2016	153	0.1941	2873	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9921-3.7693	0.2104	174	0.1842	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7693-41.2122	0.1733	173	0.1754	2938	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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