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万見
- PDB-6rv4: Crystal structure of the human two pore domain potassium ion chan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rv4
タイトルCrystal structure of the human two pore domain potassium ion channel TASK-1 (K2P3.1) in a closed conformation with a bound inhibitor BAY 2341237
要素Potassium channel subfamily K member 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium channel / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


open rectifier potassium channel activity / TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / regulation of resting membrane potential / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / S100 protein binding / cellular response to zinc ion / cochlea development ...open rectifier potassium channel activity / TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / regulation of resting membrane potential / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / S100 protein binding / cellular response to zinc ion / cochlea development / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / potassium channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / monoatomic ion channel activity / cellular response to hypoxia / chemical synaptic transmission / response to xenobiotic stimulus / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel subfamily K member 3 / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-KKZ / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Potassium channel subfamily K member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Rodstrom, K.E.J. / Pike, A.C.W. / Zhang, W. / Quigley, A. / Speedman, D. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Shrestha, L. / Chalk, R. / Venkaya, S. / Bushell, S.R. ...Rodstrom, K.E.J. / Pike, A.C.W. / Zhang, W. / Quigley, A. / Speedman, D. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Shrestha, L. / Chalk, R. / Venkaya, S. / Bushell, S.R. / Tessitore, A. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
European Commission115766 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N009274/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: A lower X-gate in TASK channels traps inhibitors within the vestibule.
著者: Rodstrom, K.E.J. / Kiper, A.K. / Zhang, W. / Rinne, S. / Pike, A.C.W. / Goldstein, M. / Conrad, L.J. / Delbeck, M. / Hahn, M.G. / Meier, H. / Platzk, M. / Quigley, A. / Speedman, D. / ...著者: Rodstrom, K.E.J. / Kiper, A.K. / Zhang, W. / Rinne, S. / Pike, A.C.W. / Goldstein, M. / Conrad, L.J. / Delbeck, M. / Hahn, M.G. / Meier, H. / Platzk, M. / Quigley, A. / Speedman, D. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Burgess-Brown, N.A. / Tucker, S.J. / Muller, T. / Decher, N. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2019年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily K member 3
B: Potassium channel subfamily K member 3
C: Potassium channel subfamily K member 3
D: Potassium channel subfamily K member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,89424
ポリマ－120,4684
非ポリマー7,42620
水00
1
A: Potassium channel subfamily K member 3
B: Potassium channel subfamily K member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,43413
ポリマ－60,2342
非ポリマー4,20011
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12600 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area24000 Å2
手法PISA
2
C: Potassium channel subfamily K member 3
D: Potassium channel subfamily K member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,46011
ポリマ－60,2342
非ポリマー3,2269
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12900 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area23770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.100, 201.330, 238.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
Potassium channel subfamily K member 3 / Acid-sensitive potassium channel protein TASK-1 / TWIK-related acid-sensitive K(+) channel 1 / Two ...Acid-sensitive potassium channel protein TASK-1 / TWIK-related acid-sensitive K(+) channel 1 / Two pore potassium channel KT3.1 / Two pore K(+) channel KT3.1


分子量: 30117.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Two-pore domain potassium channel K2P3.1 (TASK-1) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK3, TASK, TASK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14649
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#4: 化合物 ChemComp-KKZ / [4-[[2-(4-chlorophenyl)imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]methyl]piperazin-1-yl]-[6-(trifluoromethyloxy)pyridin-2-yl]methanone


分子量: 515.915 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21ClF3N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.05 M KCl, 31% v/v PEG400, 3% w/v sucrose
Temp details: Ambient

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.099→43.116 Å / Num. obs: 33101 / % possible obs: 80.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 61.74 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.153 / Rrim(I) all: 0.219 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.099→3.232 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1654 / CC1/2: 0.792 / Rpim(I) all: 0.348 / Rrim(I) all: 0.702 / % possible all: 34.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018データ削減
XDSVERSION Jan 26, 2018データスケーリング
STARANISO2.2.19データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BW5

4bw5


解像度: 3.1→41.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.801 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.826 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.419
詳細: REFINED AGAINST STARANISO ANISOTROPICALLY TRUNCAED DATA. POSITIVE DIFFRERENCE PEAKS FOR WATER MOLECULES WERE SEEN, CORRESPONDING TO WATER POSITIONS IN 6RV2 and 6RV3, BUT WERE NOT MODELLED AT THIS RESOLUTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1587 4.8 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.251 33045 80.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.94 Å20 Å20 Å2
2--5.7793 Å20 Å2
3---1.1607 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→41.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7985 0 405 0 8390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088585HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.911657HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3013SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1402HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8585HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.41
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1131SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance64HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10109SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 -3.33 %
Rwork0.2653 639 -
all0.2635 661 -
obs--32.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7745-0.22260.17762.0745-0.40832.41880.07710.1962-0.1295-0.1747-0.0421-0.0440.06770.1007-0.035-0.2828-0.00180.01980.02770.2076-0.09922.7485-41.21525.5404
22.84220.2642-0.16121.1679-0.62022.11810.0797-0.02670.1217-0.043-0.0510.1805-0.0504-0.1452-0.0287-0.2233-0.0133-0.0399-0.0070.1969-0.034-8.6706-37.241829.0082
33.46180.08230.64972.6158-0.76532.2062-0.02210.18910.2304-0.133-0.05930.1753-0.0625-0.23060.0814-0.32980.03050.03640.00330.0497-0.1193-25.12622.442433.3418
42.90840.0551-0.06282.18910.04482.2573-0.0431-0.0615-0.0249-0.12960.1215-0.04460.10580.1286-0.0784-0.27340.00670.03660.00230.0891-0.0574-13.579518.361936.767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 304}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|1 - 261}
3X-RAY DIFFRACTION3{C|1 - 304}
4X-RAY DIFFRACTION4{D|1 - 261}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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