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- PDB-6rti: X-ray structure of human glutamate carboxypeptidase II (GCPII) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rti
タイトルX-ray structure of human glutamate carboxypeptidase II (GCPII) in complex with aptamer A9g
要素
  • Aptamer A9g, RNA (43-MER)
  • Glutamate carboxypeptidase 2
キーワードHYDROLASE / glutamate carboxypeptidase II (GCPII) / NAALADase / prostate-specific membrane antigen / aptamer
機能・相同性
機能・相同性情報


Ac-Asp-Glu binding / tetrahydrofolyl-poly(glutamate) polymer binding / glutamate carboxypeptidase II / folic acid-containing compound metabolic process / C-terminal protein deglutamylation / Aspartate and asparagine metabolism / dipeptidase activity / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity ...Ac-Asp-Glu binding / tetrahydrofolyl-poly(glutamate) polymer binding / glutamate carboxypeptidase II / folic acid-containing compound metabolic process / C-terminal protein deglutamylation / Aspartate and asparagine metabolism / dipeptidase activity / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A ...Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Glucose Oxidase; domain 1 / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(bba) Sandwich / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / (2S)-2-(PHOSPHONOMETHYL)PENTANEDIOIC ACID / RNA / RNA (> 10) / Glutamate carboxypeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Motlova, L. / Kolenko, P. / Barinka, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of prostate-specific membrane antigen recognition by the A9g RNA aptamer.
著者: Ptacek, J. / Zhang, D. / Qiu, L. / Kruspe, S. / Motlova, L. / Kolenko, P. / Novakova, Z. / Shubham, S. / Havlinova, B. / Baranova, P. / Chen, S.J. / Zou, X. / Giangrande, P. / Barinka, C.
履歴
登録2019年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年12月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate carboxypeptidase 2
X: Aptamer A9g, RNA (43-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,36121
ポリマ－93,3792
非ポリマー4,98219
水7,224401
1
A: Glutamate carboxypeptidase 2
X: Aptamer A9g, RNA (43-MER)
ヘテロ分子

A: Glutamate carboxypeptidase 2
X: Aptamer A9g, RNA (43-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,72242
ポリマ－186,7584
非ポリマー9,96438
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area25440 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area60370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.096, 121.096, 216.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1099-

HOH

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AX

#1: タンパク質 Glutamate carboxypeptidase 2 / Cell growth-inhibiting gene 27 protein / Folate hydrolase 1 / Folylpoly-gamma-glutamate ...Cell growth-inhibiting gene 27 protein / Folate hydrolase 1 / Folylpoly-gamma-glutamate carboxypeptidase / FGCP / Glutamate carboxypeptidase II / GCPII / Membrane glutamate carboxypeptidase / mGCP / N-acetylated-alpha-linked acidic dipeptidase I / NAALADase I / Prostate-specific membrane antigen / PSMA / Pteroylpoly-gamma-glutamate carboxypeptidase


分子量: 79614.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOLH1, FOLH, NAALAD1, PSM, PSMA, GIG27
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Variant (発現宿主): Schneiders S2 cells / 参照: UniProt: Q04609, glutamate carboxypeptidase II
#2: RNA鎖 Aptamer A9g, RNA (43-MER)


分子量: 13764.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: All the pyrimidines were 2' fluoro modified. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
糖 , 3種, 7分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 413分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-G88 / (2S)-2-(PHOSPHONOMETHYL)PENTANEDIOIC ACID / (S)-2-(ホスホノメチル)ペンタン二酸


分子量: 226.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O7P
#10: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H3O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.2 Mg Acet, 40% (v/v) MPD, 1 mM 2-PMPA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→105.66 Å / Num. obs: 82266 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / CC1/2: 0.838 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
5.97-105.6611.90.04631.444990.7340.0160.05
2.2-2.2412.90.985240510.5780.2841.026

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OOT

2oot


解像度: 2.2→105.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / SU B: 5.163 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 4036 5 %Random
Rwork0.192 82168 --
all0.195 ---
obs0.195 82168 99.989 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.711 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.711 Å2-0 Å2
3----3.421 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→105.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5521 907 321 401 7150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0185937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.7489904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3741.73613871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9375703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.27922.313307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.20415948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3671533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.21334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1920.25816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.23298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1080.22657
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0470.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1450.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2070.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3444.2862792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3444.2842789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4966.4263487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4966.4263488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0625.0364378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0625.0374379
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6327.4556412
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6317.4566413
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.16851.7858245
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.15151.668170
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 293 5 %
Rwork0.352 5690 -
obs--99.9499 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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