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- PDB-6rt2: Crystal structure of Trypanosoma Brucei PEX14 N-terminal domain i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rt2
タイトルCrystal structure of Trypanosoma Brucei PEX14 N-terminal domain in complex with small molecules designed to investigate the water envelope
要素Peroxin 14
キーワードSIGNALING PROTEIN / Peroxisomal Translocation / PPI inhibition / Protein-Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome membrane / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / protein targeting to vacuole / glycosome / post-transcriptional regulation of gene expression / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-CV5 / Peroxisomal membrane protein PEX14
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Napolitano, V. / Ratkova, E.L. / Dawidowski, M. / Dubin, G. / Fino, R. / Popowicz, G. / Sattler, M. / Tetko, I.V.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Accelerated Early staGe drug dIScovery675555 ポーランド
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Water envelope has a critical impact on the design of protein-protein interaction inhibitors.
著者: Ratkova, E.L. / Dawidowski, M. / Napolitano, V. / Dubin, G. / Fino, R. / Ostertag, M.S. / Sattler, M. / Popowicz, G. / Tetko, I.V.
履歴
登録2019年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxin 14
B: Peroxin 14
C: Peroxin 14
D: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,02318
ポリマ－31,0204
非ポリマー3,00314
水8,845491
1
A: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4584
ポリマ－7,7551
非ポリマー7033
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6506
ポリマ－7,7551
非ポリマー8955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3623
ポリマ－7,7551
非ポリマー6072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5545
ポリマ－7,7551
非ポリマー7994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.780, 115.520, 38.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISLEULEUAA4 - 655 - 66
21HISHISLEULEUBB4 - 655 - 66
12HISHISLEULEUAA4 - 655 - 66
22HISHISLEULEUCC4 - 655 - 66
13HISHISSERSERAA4 - 665 - 67
23HISHISSERSERDD4 - 665 - 67
14METMETSERSERBB0 - 661 - 67
24METMETSERSERCC0 - 661 - 67
15HISHISLEULEUBB4 - 655 - 66
25HISHISLEULEUDD4 - 655 - 66
16HISHISLEULEUCC4 - 655 - 66
26HISHISLEULEUDD4 - 655 - 66

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Peroxin 14


分子量: 7754.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PEX14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IEW2
#2: 化合物
ChemComp-CV5 / (3~{S})-3-[[1-(2-hydroxyethyl)-5-[(4-methoxynaphthalen-1-yl)methyl]-6,7-dihydro-4~{H}-pyrazolo[4,3-c]pyridin-3-yl]carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid


分子量: 528.599 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H32N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Na2SO4, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 145521 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.512 % / Biso Wilson estimate: 23.445 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.035 / Χ2: 1.152 / Net I/σ(I): 14.55 / Num. measured all: 365510 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.352.4060.4681.813818516140158740.8240.57798.4
1.35-1.42.4230.3682.343313513840136740.8820.45398.8
1.4-1.52.4580.2423.585459422495222120.9410.29998.7
1.5-1.62.470.146.334164817211168600.9750.17498
1.6-1.852.5190.07511.76874728435272940.9920.09496
1.85-1.92.7210.05118.4110692404339300.9960.06297.2
1.9-22.6620.04321.2717746687766660.9970.05396.9
2-2.52.5960.0329.494957120121190930.9980.03794.9
2.5-32.3640.02434.4819368893281930.9980.03191.7
3-42.6450.0240.8917727709367020.9990.02694.5
4-52.8290.01943.886874249224300.9990.02397.5
5-62.8310.01842.893075112610860.9990.02296.4
6-102.8060.01843.243311120211800.9990.02298.2
10-202.560.02141.278373443270.9980.02695.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AON

5aon


解像度: 1.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.723 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.051
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1889 3575 4.7 %RANDOM
Rwork0.1614 ---
obs0.1627 71864 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.17 Å2 / Biso mean: 21.234 Å2 / Biso min: 9.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å2-0.71 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2076 0 202 492 2770
Biso mean--20.54 31.51 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0370.022599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0220.022595
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1252.0653540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.1183.0186038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9775334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.81922.294109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12715523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6321531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.022828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02595
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A78280.13
12B78280.13
21A78480.15
22C78480.15
31A78640.16
32D78640.16
41B83660.14
42C83660.14
51B77480.16
52D77480.16
61C78860.13
62D78860.13
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 263 -
Rwork0.274 5329 -
all-5592 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28650.09420.02960.56640.39430.81120.0961-0.1078-0.0119-0.0798-0.08250.04790.0587-0.0214-0.01360.06910.0071-0.0120.0374-0.00420.012335.685-3.866618.0947
21.19820.4029-0.46261.10020.23671.2665-0.1045-0.10690.0432-0.1206-0.00760.105-0.0276-0.04040.11220.01830.0134-0.01830.0469-0.02640.047431.167421.064922.5722
30.7121-0.30690.57891.32010.17671.0740.03530.0127-0.05850.09740.0296-0.0340.0451-0.0093-0.06490.018-0.0083-0.00620.0483-0.01720.047550.236224.387837.0779
40.52-0.39870.22281.2921-0.11692.0091-0.0044-0.00340.00130.0074-0.054-0.0369-0.30360.05570.05840.0908-0.0232-0.00620.0350.01080.017843.8702-6.879339.7386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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