PDB-6rsx: Regulatory Subunit of cAMP-dependant Protein Kinase A from Euglen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rsx

タイトル

Regulatory Subunit of cAMP-dependant Protein Kinase A from Euglena gracilis at 1.6 A resolution

要素

Regulatory Subunit of Protein Kinase A (cAMP-dependent) from Euglena gracilis

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Protein kinase A / Regulatory Subunit / cAMP / Euglena gracilis

機能・相同性

ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Euglena gracilis (ミドリムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Volpato Santos, Y. / Ober, V. / Basquin, J. / Boshart, M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Regulatory Subunit of Protein Kinase A (cAMP-dependent) from Euglena gracilis at 1.6 A resolution
著者: Volpato Santos, Y. / Ober, V. / Basquin, J. / Boshart, M.

履歴

登録	2019年5月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rsx.cif.gz	90.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rsx.ent.gz	54.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rsx_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rsx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6rsx_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	6rsx_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/6rsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/6rsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rgsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xa8-d 4c04-d 6hwt-d 4yza-d 2r62-1 5ay6-1 3ba1-d 3gcp-d 5vj2-2 1zpq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulatory Subunit of Protein Kinase A (cAMP-dependent) from Euglena gracilis

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.586, 80.586, 110.755
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Regulatory Subunit of Protein Kinase A (cAMP-dependent) from Euglena gracilis 分子量: 33119.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Bill Martin laboratory Duesseldorf via Thankgod Ebenezer, Cambridge 由来: (組換発現) Euglena gracilis (ミドリムシ) / 株: Z1 / 遺伝子: EG_transcript_11236 詳細 (発現宿主): synthetic PKAR sequence, codon optimized 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP 分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₅O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1) 50mM MES pH 6.0 , 4% MPD , 80mM Ammonium sulfate , 18% PEG 8000 2) 50mM MES pH 6.0, 20% PEG 3350 3) 50mM MES pH 6.0 , 4% MPD , 0.2M Ammonium sulfate , 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→69.79 Å / Num. all: 104899 / Num. obs: 52962 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.7817722306 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.33
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / R_merge(I) obs: 0.08069 / Num. unique obs: 7528 / CC_1/2: 0.483 / R_rim(I) all: 0.0851

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RGS

1rgs

解像度: 1.6→69.79 Å / SU ML: 0.314493451728 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33057047932 / 位相誤差: 32.3220349819

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216302265951	5067	4.87506855114 %
R_work	0.192252314238	-	-
obs	0.193489922461	52599	99.0867057534 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.5093514939 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→69.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2094	0	44	159	2297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0110016187995	2282
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.08436789528	3103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0760290362523	341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00656436908538	403
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2829177784	1375

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6064-1.6247	0.554216300958	126	0.58548462412	2667	X-RAY DIFFRACTION	80.0745412844
1.6247-1.6438	0.63648078182	142	0.571857004521	3362	X-RAY DIFFRACTION	99.3760635281
1.6438-1.6639	0.520747328492	177	0.495215892329	3242	X-RAY DIFFRACTION	98.8435964151
1.6639-1.6849	0.548115274323	174	0.460993106289	3325	X-RAY DIFFRACTION	99.6014802163
1.6849-1.7071	0.388079318087	145	0.438643464744	3335	X-RAY DIFFRACTION	99.3434199258
1.7071-1.7305	0.388889184024	159	0.388314638285	3339	X-RAY DIFFRACTION	99.375
1.7305-1.7552	0.386282311982	168	0.355203204626	3324	X-RAY DIFFRACTION	99.430523918
1.7552-1.7814	0.323052056087	140	0.320250969575	3297	X-RAY DIFFRACTION	99.4502314815
1.7814-1.8092	0.36398392244	171	0.320134469149	3320	X-RAY DIFFRACTION	99.4870333428
1.8092-1.8389	0.31493821601	134	0.278674264987	3371	X-RAY DIFFRACTION	99.8575498575
1.8389-1.8706	0.272765450819	160	0.263291786322	3319	X-RAY DIFFRACTION	99.9138426192
1.8706-1.9046	0.279075965191	128	0.263644483043	3326	X-RAY DIFFRACTION	99.8554495519
1.9046-1.9413	0.292551876584	170	0.250717662012	3320	X-RAY DIFFRACTION	99.4868871152
1.9413-1.9809	0.277281553152	162	0.235891921587	3334	X-RAY DIFFRACTION	99.8286693318
1.9809-2.024	0.217089595874	196	0.210530108705	3304	X-RAY DIFFRACTION	99.7150997151
2.024-2.071	0.240005335209	204	0.206427578282	3306	X-RAY DIFFRACTION	99.7442455243
2.071-2.1228	0.220869331581	192	0.205906575882	3304	X-RAY DIFFRACTION	99.9428244711
2.1228-2.1802	0.271712660823	172	0.20652458414	3310	X-RAY DIFFRACTION	99.8852553069
2.1802-2.2444	0.24028325591	200	0.186888795914	3320	X-RAY DIFFRACTION	99.716713881
2.2444-2.3168	0.209205192586	162	0.192047670828	3273	X-RAY DIFFRACTION	99.8836871183
2.3168-2.3996	0.278304121304	152	0.214459514287	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3996-2.4957	0.259960768083	205	0.210670190775	3253	X-RAY DIFFRACTION	99.8844598498
2.4957-2.6092	0.259064768209	168	0.197788066775	3368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6092-2.7468	0.260231435603	142	0.207762032612	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7468-2.9189	0.217548949263	184	0.209971981139	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9189-3.1442	0.245286966109	170	0.209226524379	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1442-3.4604	0.21662120404	152	0.180950995639	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4604-3.9609	0.179665687762	194	0.16308709412	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9609-4.9891	0.156183486322	216	0.140236568748	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9891-43.3957	0.187195841287	202	0.15169748083	3293	X-RAY DIFFRACTION	99.971395881

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