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- PDB-6rsl: Cytochrome c co-crystallized with 10 eq. sulfonato-calix[8]arene ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rsl
タイトルCytochrome c co-crystallized with 10 eq. sulfonato-calix[8]arene and 25 eq. spermine (dry-coating method) - structure III
要素Cytochrome c iso-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Molecular glues / Molecular switch / spermine / polyamine / calixarene / supramolecular chemistry / cytc
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sulfonato-calix[8]arene / HEME C / SPERMINE / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.988 Å
データ登録者Engilberge, S. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
引用ジャーナル: Acs Nano / 年: 2019
タイトル: Tuning Protein Frameworks via Auxiliary Supramolecular Interactions.
著者: Engilberge, S. / Rennie, M.L. / Dumont, E. / Crowley, P.B.
履歴
登録2019年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,26022
ポリマ－24,0842
非ポリマー12,17720
水3,981221
1
A: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,13011
ポリマ－12,0421
非ポリマー6,08810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,13011
ポリマ－12,0421
非ポリマー6,08810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.036, 105.036, 86.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-410-

HOH

21B-411-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 12041.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044

-
非ポリマー , 5種, 241分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-EVB / sulfonato-calix[8]arene / カリックス[8]アレ-ン-p-スルホン酸


分子量: 1489.481 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H48O32S8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.10 M HEPES pH 7.5, 0.15 M NaCl, 2.20 M Ammonium sulfate, 0.02 M sulfonato-calix[8]arene, 0.05 M spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.988→74.272 Å / Num. obs: 33926 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.344 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.351 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.988→2.022 Å / 冗長度: 26.7 % / Rmerge(I) obs: 2.169 / Num. unique obs: 1668 / CC1/2: 0.928 / Rpim(I) all: 0.428 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GD9

6gd9


解像度: 1.988→56.383 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 42.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 1657 4.93 %
Rwork0.2414 --
obs0.2425 33634 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.988→56.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 794 221 2707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3923606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.064904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9876-2.04610.31651290.32052642X-RAY DIFFRACTION100
2.0461-2.11210.28931290.31472656X-RAY DIFFRACTION100
2.1121-2.18760.30941350.30022629X-RAY DIFFRACTION100
2.1876-2.27520.34011420.28632652X-RAY DIFFRACTION100
2.2752-2.37880.35471480.27832605X-RAY DIFFRACTION99
2.3788-2.50420.26261490.26362648X-RAY DIFFRACTION100
2.5042-2.66110.33721170.25922683X-RAY DIFFRACTION100
2.6611-2.86650.28671540.25742654X-RAY DIFFRACTION100
2.8665-3.1550.23961330.25972695X-RAY DIFFRACTION100
3.155-3.61150.28911380.21762692X-RAY DIFFRACTION99
3.6115-4.54970.19731400.1972682X-RAY DIFFRACTION98
4.5497-56.40610.2361430.21512739X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4912.01352.62547.14911.28667.7482-0.619-0.2002-0.31880.8483-0.43341.90460.1698-1.54421.05330.7597-0.74980.0010.72750.08010.722522.2854-15.8968-14.9952
28.49615.8594-1.36789.561-3.4969.32160.0310.9501-1.02210.2782-0.0005-0.1620.4983-0.68090.03060.324-0.12330.06720.5266-0.10210.36733.066-18.2625-26.0241
33.50350.45125.96542.53211.56192.02320.2936-0.1835-0.43450.2840.0215-0.13910.5725-0.0563-0.3020.25610.01350.06390.33420.06540.381442.6029-12.6564-21.4486
43.79480.66861.18653.0273-0.53551.70120.0323-0.05160.13950.3124-0.162-0.50680.01010.64970.09440.1779-0.015-0.05550.3928-0.0120.352941.6468-7.4786-14.5738
55.4057-5.1917-0.62697.34332.69769.1073-0.1534-0.1517-0.11960.95950.1554-1.5807-0.10040.58920.01580.3037-0.0387-0.07140.3616-0.13990.653945.0619-0.445-16.0538
61.79020.3811-1.0644.271-0.25125.2225-0.2540.409-0.05240.31630.00310.06270.1923-0.39420.28770.19870.0063-0.02160.4048-0.13490.362830.5286-1.7073-15.6282
79.46624.9954-2.46316.41742.06153.7277-0.485-0.09940.7038-0.94320.5410.2971-0.4707-0.05750.02890.20760.0576-0.09760.320.08740.388831.3229-1.9258-25.1744
88.8149-0.83252.10429.29280.74775.1343-0.1321-0.3104-0.74050.32970.02320.48710.9416-0.87310.10370.4754-0.17610.0920.4096-0.02770.330129.9197-16.4179-17.895
92.0498-2.8158-0.92215.72710.08052.41050.0168-0.08680.3529-0.2175-0.19330.0852-0.252-0.61960.11070.42340.167-0.03210.2944-0.07810.452729.099517.3866-43.0119
103.4011-0.817-0.1020.2925-0.66374.32790.2139-0.00540.24260.13130.2714-0.2765-0.390.1532-0.50610.31540.0548-0.01830.1877-0.10640.47842.377410.5858-46.6538
115.1569-1.15050.14125.42980.50276.7360.06590.372-0.2713-0.25310.1227-0.09510.0603-0.3806-0.20530.20790.025-0.06170.1944-0.04210.303335.08682.0108-51.1081
127.612-2.7203-1.33824.53162.8045.7462-0.1163-0.5801-0.0281-0.2582-0.06580.02450.0008-0.54960.08980.20220.0028-0.07980.2601-0.03640.355730.2850.9605-40.9634
135.6281-0.0032-1.61429.0634-0.17016.99030.24660.21730.6156-0.4984-0.0808-0.1271-0.3071-0.5787-0.22870.27810.1418-0.04510.328-0.0430.3529.924116.4194-47.0747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -5 through 2 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 3 through 13 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 14 through 23 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 24 through 43 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 44 through 49 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 50 through 74 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 75 through 87 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 88 through 103 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid -5 through 13 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 14 through 38 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 39 through 69 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 70 through 87 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 88 through 103 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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