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万見
- PDB-6rsa: NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND NEUTRON DIFFRACTION STUDIES OF THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rsa
タイトルNUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND NEUTRON DIFFRACTION STUDIES OF THE COMPLEX OF RIBONUCLEASE*A WITH URIDINE VANADATE, A TRANSITION-STATE ANALOGUE
要素RIBONUCLEASE A
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / URIDINE-2',3'-VANADATE / Ribonuclease pancreatic / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法中性子回折 / 溶液NMR / 解像度: 2 Å
データ登録者Wlodawer, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985
タイトル: Nuclear magnetic resonance and neutron diffraction studies of the complex of ribonuclease A with uridine vanadate, a transition-state analogue.
著者: Borah, B. / Chen, C.W. / Egan, W. / Miller, M. / Wlodawer, A. / Cohen, J.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986
タイトル: Comparison of Two Independently Refined Models of Ribonuclease-A
著者: Wlodawer, A. / Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Howlin, B.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983
タイトル: Structure of Ribonuclease A. Results of Joint Neutron and X-Ray Refinement at 2.0-Angstroms Resolution
著者: Wlodawer, A. / Sjolin, L.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1983
タイトル: Active Site of Rnase. Neutron Diffraction Study of a Complex with Uridine Vanadate, a Transition-State Analog
著者: Wlodawer, A. / Miller, M. / Sjolin, L.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: The Refined Crystal Structure of Ribonuclease A at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Wlodawer, A. / Bott, R. / Sjolin, L.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Hydrogen Exchange in Rnase A. Neutron Diffraction Study
著者: Wlodawer, A. / Sjolin, L.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A (Supplement) / 年: 1981
タイトル: Structure of Ribonuclease A. X-Ray and Neutron Refinement
著者: Wlodawer, A. / Bott, R. / Sjolin, L.
#7: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A (Supplement) / 年: 1981
タイトル: Joint Refinement of Macromolecular Structures with X-Ray and Neutron Single-Crystal Diffraction Data
著者: Wlodawer, A. / Hendrickson, W.A.
#8: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: Orientation of Histidine Residues in Rnase A. Neutron Diffraction Study
著者: Wlodawer, A. / Sjolin, L.
#9: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1980
タイトル: Studies of Ribonuclease-A by X-Ray and Neutron Diffraction
著者: Wlodawer, A.
履歴
登録1986年2月25日処理サイト: BNL
改定 1.01986年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Data collection / Non-polymer description
改定 1.42011年10月5日Group: Derived calculations
改定 1.52024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS TWO SHEETS. SHEET S1 COMPRISES THREE STRANDS. IN THE SECOND STRAND OF ...SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS TWO SHEETS. SHEET S1 COMPRISES THREE STRANDS. IN THE SECOND STRAND OF SHEET S1, RESIDUES 88 AND 89 *BULGE OUT*. IN ORDER TO REPRESENT THIS BREAK IN STRAND 2, TWO SHEETS (S1A AND S1B) ARE DEFINED BELOW. STRANDS 1 AND 3 OF *SHEETS* S1A AND S1B ARE, THEREFORE, IDENTICAL AND STRAND 2 DIFFERS. SHEET S2 COMPRISES FOUR STRANDS. RESIDUE 120 DOES NOT PROPERLY BELONG IN STRAND 4 OF SHEET S2. IN ORDER TO REPRESENT THIS BREAK IN STRAND 4, TWO SHEETS (S2A AND S2B) ARE DEFINED BELOW. STRANDS 1,2,3 OF *SHEETS* S2A AND S2B ARE, THEREFORE, IDENTICAL AND STRAND 4 DIFFERS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0512
ポリマ－13,7081
非ポリマー3431
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.300, 38.350, 53.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES 93 AND 114 ARE CIS-PROLINES.
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: S2 / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00656, UniProt: P61823*PLUS, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-UVC / URIDINE-2',3'-VANADATE


分子量: 343.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O9V
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
非ポリマーの詳細COORDINATES ARE NOT INCLUDED FOR THREE DEUTERIUMS IN HET GROUP *UVC*.

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実験情報

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実験

実験
手法
中性子回折
溶液NMR

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
解説: DATA WERE COLLECTED ON DEUTERATED CRYSTALS. THE SOLVENT IS TERTIARY BUTANOL. AMIDE HYDROGENS WHICH EXCHANGED LESS THAN 50 PER CENT ARE ENTERED AS H, OTHERS ARE ENTERED AS D.
結晶化
*PLUS
pH: 5.3 / 手法: unknown
詳細: Wlodawer, A., (1983) Proc.Nat.Acad.Sci.USA, 80, 3628.
溶液の組成
*PLUS
濃度: 43 % / 一般名: t-butyl alcohol

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解析

精密化解像度: 2→10 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONo_bond_d0.23
NEUTRON DIFFRACTIONo_bond_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONo_bond_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_deg
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_deg_na
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
NEUTRON DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONo_improper_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONo_mcbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONo_mcangle_it
NEUTRON DIFFRACTIONo_scbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONo_scangle_it
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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