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- PDB-6rs1: Dipeptide Gly-Pro binds to a glycolytic enzyme fructose bisphosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rs1
タイトルDipeptide Gly-Pro binds to a glycolytic enzyme fructose bisphosphate aldolase
要素Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / ----
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondria-nucleus signaling pathway / salicylic acid binding / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / plasmodesma / gluconeogenesis / glycolytic process / cellular response to hypoxia / copper ion binding / mRNA binding ...mitochondria-nucleus signaling pathway / salicylic acid binding / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / plasmodesma / gluconeogenesis / glycolytic process / cellular response to hypoxia / copper ion binding / mRNA binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Shahar, A. / Zarivach, R. / Skirycz, A. / Wojciechowska, I.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dipeptide Gly-Pro binds to a glycolytic enzyme fructose bisphosphate aldolase
著者: Wojciechowska, I. / Vogeli, B. / Shahar, A. / Szlachetko, J. / Gorka, M. / Sokolowska, E.M. / Veyel, D. / Silva, D.V. / Erb, T. / Zarivach, R. / Skirycz, A.
履歴
登録2019年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic
B: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic
C: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic
D: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,60013
ポリマ－153,7354
非ポリマー8659
水11,061614
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area50390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.567, 67.636, 88.908
Angle α, β, γ (deg.)79.95, 73.13, 65.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 340 / Label seq-ID: 4 - 340

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic / AtFBA6 / Cytosolic aldolase 2 / cAld2


分子量: 38433.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FBA6, At2g36460 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9SJQ9, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.2 and 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.37 Å / Num. obs: 88957 / % possible obs: 83.45 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 7.04
反射 シェル解像度: 1.9→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 1.194 / Num. unique obs: 4572 / CC1/2: 0.623 / Rpim(I) all: 0.6 / Rrim(I) all: 1.34

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KY6

5ky6


解像度: 1.9→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 11.687 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.212 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25381 3860 5 %RANDOM
Rwork0.21435 ---
obs0.21631 73398 71.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.153 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å2-0.21 Å20.03 Å2
2--0.11 Å20.04 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10156 0 45 614 10815
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01410534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.6614298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.981.63623121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.60351396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9622.931481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.854151859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.2571559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7150.9965440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7140.9955439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2961.4866806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2961.4876807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6221.0855094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4881.0565056
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8831.557412
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.60412.34612010
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.46212.2211874
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A110720.08
12B110720.08
21A110150.09
22C110150.09
31A111660.07
32D111660.07
41B110120.07
42C110120.07
51B109910.08
52D109910.08
61C109320.08
62D109320.08
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.945 Å /
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork-0 -
obs--0 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0465-0.0349-0.36711.4942-0.29561.22-0.0039-0.19620.05360.2005-0.0122-0.0944-0.13440.12220.01610.0374-0.0038-0.02230.0428-0.01920.044715.77-2.031616.5542
21.31150.0340.2081.38720.07150.6568-0.0077-0.2904-0.09380.25590.02060.02530.0549-0.0392-0.01290.05180.0080.01290.06530.02510.048-15.854417.129119.7705
31.1824-0.08390.00951.27160.19410.76650.00670.20690.0075-0.31520.0013-0.0468-0.00480.0567-0.0080.0824-0.00010.020.0403-0.00190.0493-7.934422.3286-20.79
41.28690.0204-0.32731.1969-0.33720.9539-0.02330.1996-0.0241-0.22150.02960.13570.0527-0.15-0.00630.0423-0.0053-0.03060.0454-0.01480.0567-3.5932-14.4202-17.7444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 340
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 340
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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