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- PDB-6rqq: X-ray crystal structure of protiated (H) large monoclinic unit ce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rqq
タイトルX-ray crystal structure of protiated (H) large monoclinic unit cell CA IX SV.
要素Carbonic anhydrase 9
キーワードPROTON TRANSPORT / carbonic anhydrase / CA IX / surface variant
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / molecular function activator activity / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / basolateral plasma membrane ...Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / molecular function activator activity / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / nucleolus / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Carbonic anhydrase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.276 Å
データ登録者Fisher, Z. / Koruza, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Structural comparison of protiated, H/D-exchanged and deuterated human carbonic anhydrase IX.
著者: Koruza, K. / Lafumat, B. / Nyblom, M. / Mahon, B.P. / Knecht, W. / McKenna, R. / Fisher, S.Z.
履歴
登録2019年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 9
C: Carbonic anhydrase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4086
ポリマ－56,1852
非ポリマー2234
水12,142674
1
A: Carbonic anhydrase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2043
ポリマ－28,0931
非ポリマー1112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Carbonic anhydrase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2043
ポリマ－28,0931
非ポリマー1112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.940, 65.100, 76.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 9 / Carbonate dehydratase IX / Carbonic anhydrase IX / CAIX / Membrane antigen MN / P54/58N / Renal ...Carbonate dehydratase IX / Carbonic anhydrase IX / CAIX / Membrane antigen MN / P54/58N / Renal cell carcinoma-associated antigen G250 / RCC-associated antigen G250 / pMW1


分子量: 28092.580 Da / 分子数: 2 / 変異: C174S L183S A213K A258K F259Y M350S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA9, G250, MN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16790, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2 M ammonium formate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→49.5 Å / Num. obs: 122208 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.27→1.28 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5995 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5dvx

5dvx


解像度: 1.276→48.879 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1961 6050 4.96 %
Rwork0.1811 116012 -
obs0.1818 122062 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.71 Å2 / Biso mean: 22.8766 Å2 / Biso min: 8.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.276→48.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3960 0 8 678 4646
Biso mean--20.54 33.24 -
残基数----509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.946046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.2521678
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.276-1.29050.35631860.30713812399897
1.2905-1.30570.32982030.30613756395997
1.3057-1.32160.29292240.28873834405897
1.3216-1.33830.2821680.27063814398297
1.3383-1.35590.26282230.26173768399197
1.3559-1.37450.24672080.25163789399798
1.3745-1.39410.28412190.24633802402197
1.3941-1.41490.27621950.23523778397397
1.4149-1.43710.24092020.22293835403798
1.4371-1.46060.22922140.22053811402598
1.4606-1.48580.2382180.21493857407598
1.4858-1.51280.20661820.20883874405698
1.5128-1.54190.20941960.19943884408099
1.5419-1.57340.20581680.20013932410099
1.5734-1.60760.20622320.19653825405799
1.6076-1.6450.21452120.18173849406199
1.645-1.68620.2131960.18043908410499
1.6862-1.73170.19682220.17373909413199
1.7317-1.78270.18811850.17183871405699
1.7827-1.84030.20642180.18243846406499
1.8403-1.9060.19112010.17433917411899
1.906-1.98230.16442150.17183866408198
1.9823-2.07260.17081730.16123913408699
2.0726-2.18180.19551610.171139824143100
2.1818-2.31850.18871960.175239574153100
2.3185-2.49750.232160.176539004116100
2.4975-2.74890.18832350.18423907414299
2.7489-3.14660.21850.176639674152100
3.1466-3.96410.16622160.15263937415399
3.9641-48.91510.16441810.16853912409396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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