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- PDB-6rpu: Structure of the ternary complex of the IMPDH enzyme from Ashbya ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rpu
タイトルStructure of the ternary complex of the IMPDH enzyme from Ashbya gossypii bound to the dinucleoside polyphosphate Ap5G and GDP
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / IMP dehydrogenase / Bateman domain / dinucleoside polyphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / P1-(5'-ADENOSYL)-P5-(5'-GUANOSYL) PENTAPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Eremothecium gossypii ATCC 10895 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / Revuelta, J.L.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-79237-P スペイン
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: The Bateman domain of IMP dehydrogenase is a binding target for dinucleoside polyphosphates.
著者: Fernandez-Justel, D. / Pelaez, R. / Revuelta, J.L. / Buey, R.M.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1387
ポリマ－56,5261
非ポリマー1,6126
水93752
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,10556
ポリマ－452,2118
非ポリマー12,89448
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area52160 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area126640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.538, 148.538, 103.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 56526.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eremothecium gossypii ATCC 10895 (菌類)
遺伝子: AGOS_AER117W / Variant: ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q756Z6, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-G5P / P1-(5'-ADENOSYL)-P5-(5'-GUANOSYL) PENTAPHOSPHATE / Ap5G


分子量: 932.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O23P5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Sodium acetate, 20% (w/v) PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97725 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.107→85.099 Å / Num. obs: 22408 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 23.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.107→2.257 Å / 冗長度: 23.4 % / Rmerge(I) obs: 2.409 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1106 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.507 / Rrim(I) all: 2.463 / % possible all: 68.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15rc1_3420: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TC3

5tc3


解像度: 2.11→85.099 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.85
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2835 1090 4.86 %RANDOM
Rwork0.2536 ---
obs0.255 22406 66.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→85.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3171 0 102 53 3326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1124624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5172023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1068-2.20260.4124240.3336472X-RAY DIFFRACTION12
2.2026-2.31880.3118610.32881401X-RAY DIFFRACTION35
2.3188-2.46410.3752990.32241910X-RAY DIFFRACTION48
2.4641-2.65430.33091420.32022466X-RAY DIFFRACTION62
2.6543-2.92150.36551540.31943047X-RAY DIFFRACTION76
2.9215-3.34420.32571990.30263751X-RAY DIFFRACTION94
3.3442-4.21340.26942010.24384060X-RAY DIFFRACTION100
4.2134-85.16870.24992100.21784209X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5509-0.39340.99732.2044-0.4621.5037-0.11290.6698-0.507-0.8011-0.4422-0.10820.0796-0.1976-0.61170.57240.02410.13880.6209-0.26880.3336-7.3406-22.179216.575
20.3032-0.3154-0.02120.4799-0.30610.609-0.1622-0.7908-0.06780.3484-0.3815-0.7582-0.55460.0655-0.00710.6342-0.03880.00290.63540.25450.649413.0594-33.554638.3694
30.09640.1541-0.23060.2103-0.33360.4708-0.18860.09830.12620.73270.03-0.22710.28060.7210.00020.81350.09970.1210.77010.17830.82217.3203-46.882739.5973
41.11770.46480.26590.413-0.30140.7757-0.1995-0.2960.0537-0.18350.5668-1.7443-0.43630.82550.00591.0014-0.10730.04440.9699-0.00680.957819.4081-59.00852.0619
52.9703-0.51350.68342.1367-1.02761.24380.21-0.1692-0.0582-0.3384-0.0036-0.22671.0218-0.00280.0020.9309-0.03310.10930.6436-0.00440.56398.4297-60.398543.7
60.0644-0.21270.12793.2004-1.50860.8026-0.34510.1075-0.9207-0.0068-0.0961-1.87360.2270.7466-0.36030.49670.02270.37330.5290.15351.323225.9559-33.540126.3471
71.2395-0.65960.26736.3479-3.00732.8329-0.5301-0.0857-0.4818-0.2525-0.0302-1.486-0.46460.5618-1.2660.13430.06260.58340.44240.00840.561517.8916-25.395120.1257
81.91990.56080.27871.7899-0.9780.6912-0.35370.0032-0.5834-0.07490.00650.11290.08190.13090.00070.5345-0.02870.23010.4261-0.02770.48678.2535-23.325519.1189
91.08340.4730.02192.7836-0.99540.3703-0.4799-0.7738-0.39630.6853-0.1906-0.2691-0.464-0.1186-0.51770.50330.08960.18080.72680.01360.42093.5353-26.365834.1615
103.4844-1.48430.69662.885-1.07211.9242-0.1036-0.0037-0.7021-0.0419-0.07670.378-0.1299-0.1377-0.0020.44350.01530.15210.4921-0.08430.5208-6.1373-26.214923.4477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 73 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 102 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 103 through 125 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 126 through 159 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 160 through 249 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 250 through 296 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 297 through 345 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 346 through 372 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 373 through 459 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 460 through 502 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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