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万見
- PDB-6rnx: Crystal structure of the essential repressor DdrO from radiation-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rnx
タイトルCrystal structure of the essential repressor DdrO from radiation-resistant Deinococcus bacteria (Deinococcus deserti)
要素HTH-type transcriptional regulator DdrOC
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性: / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / HTH-type transcriptional regulator DdrOC
機能・相同性情報
生物種Deinococcus deserti (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Arnoux, P. / Siponen, M.I. / Pignol, D. / De Groot, A. / Blanchard, L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the transcriptional repressor DdrO: insight into the metalloprotease/repressor-controlled radiation response in Deinococcus.
著者: de Groot, A. / Siponen, M.I. / Magerand, R. / Eugenie, N. / Martin-Arevalillo, R. / Doloy, J. / Lemaire, D. / Brandelet, G. / Parcy, F. / Dumas, R. / Roche, P. / Servant, P. / Confalonieri, F. ...著者: de Groot, A. / Siponen, M.I. / Magerand, R. / Eugenie, N. / Martin-Arevalillo, R. / Doloy, J. / Lemaire, D. / Brandelet, G. / Parcy, F. / Dumas, R. / Roche, P. / Servant, P. / Confalonieri, F. / Arnoux, P. / Pignol, D. / Blanchard, L.
履歴
登録2019年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator DdrOC
B: HTH-type transcriptional regulator DdrOC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5533
ポリマ－29,5182
非ポリマー351
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, also exists in a dimer / tetramer equilibium (SEC-MALS).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.902, 130.188, 154.766
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator DdrOC


分子量: 14758.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus deserti (strain VCD115 / DSM 17065 / LMG 22923) (バクテリア)
株: VCD115 / DSM 17065 / LMG 22923 / 遺伝子: ddrOC, Deide_20570
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: C1CYP4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Na-thiocyanate, 2.3 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 8234 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 66.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.84→2.94 Å / Num. unique obs: 764 / CC1/2: 0.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RMQ

6rmq


解像度: 2.84→49.81 Å / SU ML: 0.5939 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.6037
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2958 380 4.63 %RANDOM
Rwork0.2222 7825 --
obs0.2258 8205 99.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→49.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 1 15 2044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01052063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19412789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0509316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.02991272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-3.260.43041330.29932534X-RAY DIFFRACTION98.85
3.26-4.10.32441170.23012594X-RAY DIFFRACTION99.71
4.1-49.810.24581300.19662697X-RAY DIFFRACTION99.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.753951025390.6069027382450.6337566335971.13640242471-0.8743741369781.583930578180.1151570113950.2751330951530.235583068820.1185399574390.215466462746-0.337622527411-0.3033841920960.5864530452920.001739800211080.3849414163560.0617287999706-0.007079945699690.5453344684550.0330110009270.445067009727.08145013672-21.9308267612-12.3972409733
2-0.1361232030621.78499393943-0.03203975010013.966481405932.113246910010.503060800710.184040822716-0.09938278661680.0217939669838-0.319582558364-0.368782868947-0.1057746344310.0361647563795-0.1202191722760.003252030348530.5309426937040.101998457754-0.1385231026370.452685318724-0.06845409233380.575037777286-8.71208275484-48.1324690557-23.6940926736
34.504197188471.39635535963-0.4978879324832.841581045260.4309686979953.455126220310.0754993523161-0.07386983702990.0750862105093-0.171958238955-0.133240041620.0436180853220.0875091473313-0.4389232005760.001862348835820.4554375474160.0232117873545-0.02309748945380.46217702804-0.06303751484620.501279458504-9.91802465195-43.311423746-12.2411285063
43.342524084640.6957044671440.6766370535642.55045786877-1.355957698722.27894036328-0.0166320697755-0.1983058263640.02212210299580.08164604243090.02236075597090.05266478943780.375888828899-0.09330223157530.0006905148104980.5519974302550.1243536678270.03185427603080.4726190109320.02766176292380.4179698426480.778918559306-10.1895905826-27.7595366955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:37)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 38:129)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1:68)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 69:128)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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