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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rnt | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RIBONUCLEASE T1 COMPLEXED WITH ADENOSINE 2'-MONOPHOSPHATE AT 1.8-ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE T1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus oryzae (米麹菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ding, J. / Koellner, G. / Grunert, H.-P. / Saenger, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991 タイトル: Crystal structure of ribonuclease T1 complexed with adenosine 2'-monophosphate at 1.8-A resolution. 著者: Ding, J. / Koellner, G. / Grunert, H.P. / Saenger, W. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Tyr45Trp Mutant of Ribonuclease T1 in a Complex with 2'-Adenylic Acid 著者: Koellner, G. / Grunert, H.-P. / Landt, O. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rnt.cif.gz | 32 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rnt.ent.gz | 23.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rnt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6rnt_validation.pdf.gz | 459.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6rnt_full_validation.pdf.gz | 470 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6rnt_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6rnt_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/6rnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/6rnt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO 39 AND PRO 55 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11094.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-2AM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.2 / 手法: microdialysis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 7473 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): 1 / Num. measured all: 10702 / Rmerge(I) obs: 0.039 |
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反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 75 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROFFT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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