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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rnp | ||||||
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タイトル | Human Carbonic Anhydrase II in complex with fluorinated benzenesulfonamide | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
![]() | LYASE / Inhibitor / complex / CO2 conversion | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gloeckner, S. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Influence of Varying Fluorination Patterns on the Thermodynamics and Kinetics of Benzenesulfonamide Binding to Human Carbonic Anhydrase II. 著者: Glockner, S. / Ngo, K. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6rh4C ![]() 6ritC ![]() 6rjjC ![]() 6rknC ![]() 6rl9C ![]() 6robC ![]() 6roeC ![]() 6rqiC ![]() 6rrgC ![]() 6rriC ![]() 6rs5C ![]() 6rszC ![]() 6s9gC ![]() 6sd7C ![]() 3ks3S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29806.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The first 5 amino acids (GSPEF) are remnants of an expression tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/BGC.gif)
![](data/chem/img/GLC.gif)
![](data/chem/img/GLC.gif)
#6: 糖 | #7: 糖 | ChemComp-GLC / | |
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-非ポリマー , 5種, 277分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HG.gif)
![](data/chem/img/KBB.gif)
![](data/chem/img/BE7.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HG.gif)
![](data/chem/img/KBB.gif)
![](data/chem/img/BE7.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-HG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-BE7 / ( | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.37 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: Ammonium sulfate 2.7 M, TRIS 0.1 M, saturated with para-Chloromercuribenzoic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月30日 / 詳細: Sagitally bended Si111-crystal |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.07→41.454 Å / Num. obs: 104839 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.67 % / Biso Wilson estimate: 8.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 10.92 |
反射 シェル | 解像度: 1.07→1.13 Å / 冗長度: 3.55 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 16391 / CC1/2: 0.831 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 95.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3KS3 解像度: 1.07→40.971 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.69
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.07→40.971 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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