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万見
- PDB-6rn8: RIP2 Kinase Catalytic Domain complex with 2(4[(1,3benzothiazol5yl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rn8
タイトルRIP2 Kinase Catalytic Domain complex with 2(4[(1,3benzothiazol5yl)amino]6(2methylpropane2sulfonyl)quinazolin7yl)oxy)ethyl phosphate
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Structure Based drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-18 / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / LIM domain binding / xenophagy / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway ...response to interleukin-18 / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / LIM domain binding / xenophagy / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / caspase binding / cellular response to muramyl dipeptide / CARD domain binding / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / JUN kinase kinase kinase activity / cellular response to peptidoglycan / response to interleukin-12 / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / activation of cysteine-type endopeptidase activity / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor 4 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / signaling adaptor activity / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-12 production / p75NTR recruits signalling complexes / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of interferon-beta production / response to interleukin-1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / protein homooligomerization / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / positive regulation of protein binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / vesicle / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / innate immune response / protein serine/threonine kinase activity / signaling receptor binding / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K9T / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Convery, M.A. / Haile, P.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of a First-in-Class Receptor Interacting Protein 2 (RIP2) Kinase Specific Clinical Candidate, 2-((4-(Benzo[d]thiazol-5-ylamino)-6-(tert-butylsulfonyl)quinazolin-7-yl)oxy)ethyl ...タイトル: Discovery of a First-in-Class Receptor Interacting Protein 2 (RIP2) Kinase Specific Clinical Candidate, 2-((4-(Benzo[d]thiazol-5-ylamino)-6-(tert-butylsulfonyl)quinazolin-7-yl)oxy)ethyl Dihydrogen Phosphate, for the Treatment of Inflammatory Diseases.
著者: Haile, P.A. / Casillas, L.N. / Votta, B.J. / Wang, G.Z. / Charnley, A.K. / Dong, X. / Bury, M.J. / Romano, J.J. / Mehlmann, J.F. / King, B.W. / Erhard, K.F. / Hanning, C.R. / Lipshutz, D.B. / ...著者: Haile, P.A. / Casillas, L.N. / Votta, B.J. / Wang, G.Z. / Charnley, A.K. / Dong, X. / Bury, M.J. / Romano, J.J. / Mehlmann, J.F. / King, B.W. / Erhard, K.F. / Hanning, C.R. / Lipshutz, D.B. / Desai, B.M. / Capriotti, C.A. / Schaeffer, M.C. / Berger, S.B. / Mahajan, M.K. / Reilly, M.A. / Nagilla, R. / Rivera, E.J. / Sun, H.H. / Kenna, J.K. / Beal, A.M. / Ouellette, M.T. / Kelly, M. / Stemp, G. / Convery, M.A. / Vossenkamper, A. / MacDonald, T.T. / Gough, P.J. / Bertin, J. / Marquis, R.W.
履歴
登録2019年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4835
ポリマ－71,3662
非ポリマー1,1173
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.060, 132.060, 107.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / CARD-containing interleukin-1 beta-converting enzyme-associated kinase / CARD-containing IL-1 beta ...CARD-containing interleukin-1 beta-converting enzyme-associated kinase / CARD-containing IL-1 beta ICE-kinase / RIP-like-interacting CLARP kinase / Receptor-interacting protein 2 / RIP-2 / Tyrosine-protein kinase RIPK2


分子量: 35682.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: RIPK2, CARDIAK, RICK, RIP2, UNQ277/PRO314/PRO34092
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43353, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-K9T / 2-[4-(1,3-benzothiazol-5-ylamino)-6-~{tert}-butylsulfonyl-quinazolin-7-yl]oxyethyl dihydrogen phosphate


分子量: 538.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23N4O7PS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus G2. 0.1M Carboxylic acids, 0.1M buffer system 1 pH6.5, 50% Precipitant Mix 2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→78.32 Å / Num. obs: 30432 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 58.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.835 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2189 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5AR4

5ar4


解像度: 2.69→34.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.343 / SU Rfree Blow DPI: 0.231 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.23
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1537 5.06 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 30387 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6243 Å20 Å20 Å2
2---2.6243 Å20 Å2
3---5.2485 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.69→34.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4598 0 71 306 4975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014795HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16529HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1628SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes778HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4795HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion614SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5558SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.71 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 -5.26 %
Rwork0.2278 576 -
all0.2267 608 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70620.5965-0.27471.62980.3011.9177-0.0041-0.07370.00270.05240.0462-0.3069-0.01780.3604-0.0421-0.1462-0.0150.0168-0.0324-0.0122-0.0826-47.69240.2184.2418
20.82840.0704-0.35972.46750.13121.6772-0.13180.0275-0.0593-0.39030.0169-0.14760.50510.02130.11490.05520.02760.0723-0.17720.0033-0.1592-54.869914.6728-13.5423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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