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- PDB-6rky: STRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH1AB1 FROM THE METAGENOME OF LAKE A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rky
タイトルSTRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH1AB1 FROM THE METAGENOME OF LAKE ARREO COMPLEXED WITH A DERIVATIVE OF BIPYRIDINE PHOSPHONATE
要素EH1AB1
キーワードHYDROLASE / Ester Hydrolase / Complex
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-ZK8
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Cea-Rama, I. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessProject BIO2016-76601-C3-3-R スペイン
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2020
タイトル: Genetically engineered proteins with two active sites for enhanced biocatalysis and synergistic chemo- and biocatalysis
著者: Alonso, S. / Santiago, G. / Cea-Rama, I. / Fernandez-Lopez, L. / Coscolin, C. / Modregger, J. / Ressmann, A.K. / Martinez-Martinez, M. / Marrero, H. / Bargiela, R. / Pita, M. / Gonzalez- ...著者: Alonso, S. / Santiago, G. / Cea-Rama, I. / Fernandez-Lopez, L. / Coscolin, C. / Modregger, J. / Ressmann, A.K. / Martinez-Martinez, M. / Marrero, H. / Bargiela, R. / Pita, M. / Gonzalez-Alfonso, J.L. / Briand, M.L. / Rojo, D. / Barbas, C. / Plou, F.J. / Golyshin, P.N. / Shahgaldian, P. / Sanz-Aparicio, J. / Guallar, V. / Ferrer, M.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年10月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 3.02021年6月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _chem_comp.formula ..._atom_site.label_seq_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 3.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 4.02023年7月5日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id
改定 4.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EH1AB1
B: EH1AB1
C: EH1AB1
D: EH1AB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,73818
ポリマ－142,4154
非ポリマー2,32214
水1,29772
1
A: EH1AB1
C: EH1AB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,47510
ポリマ－71,2082
非ポリマー1,2678
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area23260 Å2
手法PISA
2
B: EH1AB1
D: EH1AB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2638
ポリマ－71,2082
非ポリマー1,0556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area23090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.766, 201.920, 90.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 315 / Label seq-ID: 15 - 329

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
EH1AB1


分子量: 35603.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ZK8 / hexyl-[2-(3-oxidanylpyridin-2-yl)pyridin-3-yl]oxy-phosphinic acid


分子量: 336.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N2O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 % / 解説: prism
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M NaF

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月28日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→49.08 Å / Num. obs: 37139 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 51.388 Å2 / CC1/2: 0.919 / Rmerge(I) obs: 0.277 / Rpim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 2.79→2.91 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4557 / CC1/2: 0.752 / Rpim(I) all: 0.327 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless1.11.17データスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I8F

6i8f


解像度: 2.79→49.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 18.657 / SU ML: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27602 1823 4.9 %RANDOM
Rwork0.23905 ---
obs0.24092 35315 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2 Å20 Å2-2 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→49.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9628 0 64 72 9764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0139922
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0179028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.66413462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2511.58920824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.53351256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.69820.515544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.826151432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1961592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8464.9025036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8424.9015035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8627.3556288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8637.3556289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6395.4984886
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6395.4994887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2998.0347175
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.92358.310513
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.91958.30310512
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A102340.02
12B102340.02
21A101600.02
22C101600.02
31A101630.03
32D101630.03
41B101760.02
42C101760.02
51B101780.03
52D101780.03
61C101800.03
62D101800.03
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.862 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 119 -
Rwork0.264 2649 -
obs--99.28 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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