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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rkn | ||||||
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タイトル | Human Carbonic Anhydrase II in complex with a fluorinated Benzenesulfonamide. | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
キーワード | LYASE / Inhibitor / Complex / CO2 Conversion | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.959 Å | ||||||
データ登録者 | Gloeckner, S. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020 タイトル: The Influence of Varying Fluorination Patterns on the Thermodynamics and Kinetics of Benzenesulfonamide Binding to Human Carbonic Anhydrase II. 著者: Glockner, S. / Ngo, K. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rkn.cif.gz | 196.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rkn.ent.gz | 158.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rkn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/6rkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/6rkn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6rh4C 6ritC 6rjjC 6rl9C 6rnpC 6robC 6roeC 6rqiC 6rrgC 6rriC 6rs5C 6rszC 6s9gC 6sd7C 3ks3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29806.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The first 5 amino acids (GSPEF) are remnants of an expression tag. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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-糖 , 2種, 3分子
#6: 糖 | #7: 糖 | ChemComp-GLC / | |
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-非ポリマー , 5種, 250分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-HG / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-BE7 / ( | ||
#5: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.42 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: Ammonium sulfate 2.7 M, TRIS 0.1 M, pH = 7.8, saturated with para-Chloromercuribenzoic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月3日 / 詳細: Sagitally bended Si(111) crystal |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.959→41.555 Å / Num. obs: 139058 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.71 % / Biso Wilson estimate: 7.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 13.32 |
反射 シェル | 解像度: 0.96→1.02 Å / 冗長度: 3.53 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 21525 / CC1/2: 0.934 / Rsym value: 0.239 / % possible all: 90.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KS3 解像度: 0.959→40.977 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 8.63
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.959→40.977 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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