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- PDB-6rkf: Structure of human DASPO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rkf
タイトルStructure of human DASPO
要素D-aspartate oxidase
キーワードFLAVOPROTEIN / D-aspartate oxidase / D-aspartate / oxidase / DASPO / hDASPO / DDO / hDDO Oxidoreductase / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


D-aspartate oxidase / D-aspartate oxidase activity / D-glutamate oxidase activity / L-aspartate catabolic process / insemination / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / grooming behavior / regulation of cell communication / hormone metabolic process ...D-aspartate oxidase / D-aspartate oxidase activity / D-glutamate oxidase activity / L-aspartate catabolic process / insemination / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / grooming behavior / regulation of cell communication / hormone metabolic process / nervous system process / peroxisomal matrix / FAD binding / Peroxisomal protein import / peroxisome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / D-aspartate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.219 Å
データ登録者Chaves-Sanjuan, A. / Nardini, M.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2020
タイトル: Structure and kinetic properties of human d-aspartate oxidase, the enzyme-controlling d-aspartate levels in brain.
著者: Molla, G. / Chaves-Sanjuan, A. / Savinelli, A. / Nardini, M. / Pollegioni, L.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-aspartate oxidase
B: D-aspartate oxidase
C: D-aspartate oxidase
D: D-aspartate oxidase
E: D-aspartate oxidase
F: D-aspartate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,10623
ポリマ－232,2846
非ポリマー5,82217
水3,225179
1
A: D-aspartate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8095
ポリマ－38,7141
非ポリマー1,0954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-aspartate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5923
ポリマ－38,7141
非ポリマー8782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: D-aspartate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7144
ポリマ－38,7141
非ポリマー1,0003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: D-aspartate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5923
ポリマ－38,7141
非ポリマー8782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: D-aspartate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5923
ポリマ－38,7141
非ポリマー8782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: D-aspartate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8095
ポリマ－38,7141
非ポリマー1,0954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.397, 159.715, 288.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
D-aspartate oxidase / DDO


分子量: 38714.043 Da / 分子数: 6 / 変異: C141Y, C143G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99489, D-aspartate oxidase

-
非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 % / 解説: Rod-shaped yellow crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 % glycerol, 50 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.219→144.29 Å / Num. obs: 23134 / % possible obs: 53.5 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.219→3.66 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 114 / CC1/2: 0.535 / Rpim(I) all: 0.518 / % possible all: 8.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15_3448: ???)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DAO

1dao


解像度: 3.219→93.002 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2708 1203 5.21 %
Rwork0.2307 --
obs0.2328 23111 53.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.219→93.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15568 0 388 179 16135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72722388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.6195771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2186-3.34750.50260.3712132X-RAY DIFFRACTION3
3.3475-3.49990.2485190.3366399X-RAY DIFFRACTION9
3.4999-3.68440.4043330.2862706X-RAY DIFFRACTION16
3.6844-3.91520.2811810.27481218X-RAY DIFFRACTION27
3.9152-4.21750.30931330.24342437X-RAY DIFFRACTION54
4.2175-4.64190.25181830.21593528X-RAY DIFFRACTION77
4.6419-5.31360.27392260.21574180X-RAY DIFFRACTION92
5.3136-6.69430.28062590.25314594X-RAY DIFFRACTION100
6.6943-93.04070.24542630.21434714X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46720.04570.02661.8355-0.30260.7768-0.12410.0741-0.07660.0048-0.01990.30460.1561-0.2449-0.23120.0087-0.07260.07070.3399-0.05180.1818-39.68-37.9899-24.3248
20.3118-0.4666-0.08311.1944-0.04690.0788-0.14850.0538-0.3648-0.2810.09060.29830.2265-0.0510.03760.3723-0.12540.21660.33980.06080.2094-29.164-35.196-19.6574
30.5976-0.01380.08190.9641-0.28750.43090.0401-0.1944-0.06290.01830.18760.3210.143-0.09630.64240.08490.1520.08180.2656-0.1557-0.0537-19.7034-42.3993-4.7652
40.0216-0.0546-0.01230.26850.20690.1939-0.0889-0.09830.141-0.0234-0.2267-0.0672-0.0863-0.02-0.26770.3924-0.1526-0.06310.3743-0.02260.2598-6.9812-39.7714-2.8621
50.1856-0.0557-0.20680.0861-0.03260.37750.36940.06530.1595-0.40540.03690.2897-0.2139-0.61480.0330.37560.0456-0.00880.44490.0310.3636-35.0988-35.0473-29.7353
60.021-0.0496-0.05730.312-0.03830.51790.14350.1816-0.1431-0.00750.11670.03020.0222-0.20420.6855-0.0487-0.1555-0.19810.137-0.13880.1221-26.3199-24.1342-19.9082
70.62040.2605-0.10.26810.13781.9826-0.2839-0.1115-0.1117-0.149-0.13030.02810.0603-0.1229-1.51510.2651-0.20980.10360.3262-0.14040.1197-9.5278-32.0991-15.3687
80.08040.0161-0.05480.01770.01930.14270.0207-0.00760.08760.0564-0.0635-0.16880.11950.0539-0.02530.67690.21060.1080.23550.00730.3626-0.0296-30.2139-15.7347
90.13520.0178-0.16550.26890.01470.21820.07110.3255-0.00490.12480.04630.14050.0743-0.17620.27090.11080.22330.21980.52840.05460.3738-37.2032-30.2324-17.1384
100.6101-0.19450.24850.23150.19430.38990.1307-0.1199-0.34820.1297-0.39-0.05360.1469-0.052-0.2381-0.0026-0.011-0.15260.43050.17610.05518.9801-60.0252-11.3915
110.8244-0.3497-0.22910.78760.37370.6472-0.1588-0.36410.15110.28770.3893-0.1760.19770.19030.33880.3831-0.0088-0.16580.31770.08220.1739-2.823-56.3821-1.7864
120.15790.04550.14680.13170.15010.22390.1248-0.0976-0.17960.1382-0.0160.04030.18610.04060.10120.13-0.1358-0.24240.20270.05760.23517.3957-53.2811-12.1178
130.5594-0.2189-0.40770.94250.14990.31120.0926-0.05380.04160.15260.0581-0.15580.01430.25260.38820.3004-0.0685-0.11780.47510.0290.178827.697-67.0594-16.6754
140.10750.1615-0.00420.26390.04170.36110.0855-0.0918-0.25910.2373-0.1563-0.32480.12810.3012-0.30360.2032-0.1246-0.57670.0849-0.2027-0.4003-0.6804-66.6128-16.1259
150.0017-0.01150.00570.0726-0.05930.0750.1298-0.1263-0.1431-0.00330.0510.07580.0479-0.14670.09360.1165-0.10140.02060.3633-0.09060.5199-13.2074-66.6981-19.8433
160.47050.10260.06940.27960.02120.00340.20560.1586-0.26630.3493-0.02910.06770.23780.23070.05530.39360.013-0.0730.48040.07830.181316.5602-69.2203-10.8799
170.5304-0.01810.03560.4063-0.47070.7045-0.0624-0.25370.2490.1499-0.19160.0196-0.13660.0528-1.47780.4751-0.1709-0.16960.351-0.04170.339227.4276-59.4972-1.1883
180.12440.00520.09930.10110.05190.08430.128-0.1782-0.20540.06850.0167-0.16480.2481-0.12480.32440.6559-0.2948-0.14460.2078-0.03340.2398-17.2068-71.7246-35.5246
190.2154-0.29930.05640.4804-0.16180.1112-0.05840.06590.1480.145-0.0269-0.2773-0.00970.1439-0.1810.1644-0.0303-0.20930.1655-0.13880.1266-15.5637-64.3797-55.2923
200.30940.0880.30720.02810.07830.420.2221-0.0742-0.18270.07920.05770.03740.2434-0.06680.62710.3274-0.3232-0.34290.38920.10410.1325-28.1336-67.8945-53.7002
210.3368-0.0694-0.08420.0945-0.03730.05290.29560.1172-0.1838-0.1158-0.1276-0.07210.2116-0.29410.00170.40620.0308-0.05870.2858-0.04080.4585-25.1941-57.3147-61.0825
220.07770.0309-0.1030.09150.05750.3893-0.10210.18470.0536-0.0443-0.00640.0859-0.11880.33280.20550.0949-0.0168-0.00490.197-0.01290.3224-26.1853-54.5984-67.318
230.02180.0109-0.09210.03260.08790.59390.0549-0.02330.08890.17510.2924-0.11130.37310.41420.21560.4665-0.0135-0.44870.2415-0.18880.3928-12.07-69.5153-35.5927
240.16110.0205-0.14020.0211-0.04910.17830.1367-0.06310.03220.05140.0357-0.0895-0.0170.01310.22020.39430.3931-0.08520.3792-0.47430.4773-10.1675-58.8847-57.0446
250.56440.23490.09980.23180.2510.3098-0.05060.06550.1039-0.15790.0509-0.53680.37880.221-0.00110.6113-0.01750.04150.3717-0.04390.5814-8.1923-60.7514-54.8074
260.1211-0.0680.07380.162-0.20990.28560.0417-0.094-0.12880.38270.04-0.07740.5819-0.04920.03031.1622-0.0483-0.11690.2330.00840.4302-20.9354-77.4426-44.2438
271.9901-0.81960.52290.3396-0.21830.13760.07550.18250.5899-0.3859-0.1543-0.0425-0.3743-0.04770.04260.86840.1291-0.17640.3626-0.21510.3894-30.0691-15.0312-69.2387
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460.2684-0.05750.12130.15290.02630.0722-0.2469-0.10570.24530.02360.01580.0555-0.4309-0.1193-0.04210.4127-0.0255-0.0880.245-0.05940.31431.551-32.1115-47.7742
470.2238-0.11470.07510.0492-0.02440.02380.14770.0612-0.2549-0.17840.053-0.17140.07240.21060.00630.5118-0.2698-0.05040.5328-0.21320.265231.1654-37.2322-54.0022
480.41060.349-0.51320.4797-0.69581.00630.36290.09670.56230.07050.20410.3995-0.3692-0.28180.53740.19730.0770.01130.3222-0.06760.43235.6803-23.8105-29.2599
490.24340.29720.14920.3770.2510.3793-0.2121-0.03730.0775-0.039-0.03940.3451-0.1305-0.1687-0.10280.4648-0.156-0.02280.33280.04870.358515.6139-34.6183-50.2101
500.61-0.0467-0.29260.50460.2350.46660.1120.19460.1289-0.43790.01940.3076-0.4106-0.14120.00460.6637-0.00670.10880.30540.07440.455811.9618-24.3359-42.4
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 120 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 121 through 142 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 143 through 177 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 178 through 206 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 207 through 247 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 248 through 271 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 272 through 335 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2 through 60 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 61 through 131 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 132 through 155 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 156 through 189 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 190 through 247 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 248 through 267 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 268 through 313 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 314 through 335 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1 through 40 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 41 through 60 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 61 through 79 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 80 through 108 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 109 through 142 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 143 through 183 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 184 through 222 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 223 through 304 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 305 through 335 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 3 through 24 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 25 through 44 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 45 through 79 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 80 through 122 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 123 through 156 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 157 through 190 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 191 through 216 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 217 through 247 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 248 through 267 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 268 through 293 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 294 through 335 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 3 through 46 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 47 through 79 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resid 80 through 142 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resid 143 through 216 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 217 through 259 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'E' and (resid 260 through 335 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 3 through 46 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 47 through 80 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'F' and (resid 81 through 120 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'F' and (resid 121 through 142 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'F' and (resid 143 through 188 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'F' and (resid 189 through 239 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'F' and (resid 240 through 335 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る