PDB-6rk7: Inter-dimeric interface controls function and stability of S-meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rk7

タイトル

Inter-dimeric interface controls function and stability of S-methionine adenosyltransferase from U. urealiticum

要素

Methionine adenosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / synthetase

機能・相同性

GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / S-ADENOSYLMETHIONINE / :

機能・相同性情報

生物種

Ureaplasma urealyticum serovar 7 str. ATCC 27819 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Shahar, A. / Zarivach, R. / Bershtein, S. / Kleiner, D. / Shmulevich, F.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: The interdimeric interface controls function and stability of Ureaplasma urealiticum methionine S-adenosyltransferase.
著者: Kleiner, D. / Shmulevich, F. / Zarivach, R. / Shahar, A. / Sharon, M. / Ben-Nissan, G. / Bershtein, S.

履歴

登録	2019年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rk7.cif.gz	909.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rk7.ent.gz	750.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rk7_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rk7_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	6rk7_validation.xml.gz	97.8 KB	表示
CIF形式データ	6rk7_validation.cif.gz	137.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/6rk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/6rk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rjsSC 6rk5C 6rkaC 6rkcC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zre-d 2d0v-d 3ct4-4 5ydi-d 5elo-d 1fwx-d 2eq8-d 2fyi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methionine adenosyltransferase

B: Methionine adenosyltransferase

E: Methionine adenosyltransferase

F: Methionine adenosyltransferase

G: Methionine adenosyltransferase

H: Methionine adenosyltransferase

ヘテロ分子

262 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.999, 106.139, 234.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.86, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	SER	SER	A	A	4 - 375	4 - 375
2	1	LYS	LYS	SER	SER	B	B	4 - 375	4 - 375
1	2	LYS	LYS	SER	SER	A	A	4 - 375	4 - 375
2	2	LYS	LYS	SER	SER	E	C	4 - 375	4 - 375
1	3	LYS	LYS	SER	SER	A	A	4 - 375	4 - 375
2	3	LYS	LYS	SER	SER	F	D	4 - 375	4 - 375
1	4	LYS	LYS	LYS	LYS	A	A	4 - 376	4 - 376
2	4	LYS	LYS	LYS	LYS	G	E	4 - 376	4 - 376
1	5	LYS	LYS	SER	SER	A	A	4 - 375	4 - 375
2	5	LYS	LYS	SER	SER	H	F	4 - 375	4 - 375
1	6	TYR	TYR	SER	SER	B	B	3 - 375	3 - 375
2	6	TYR	TYR	SER	SER	E	C	3 - 375	3 - 375
1	7	TYR	TYR	LYS	LYS	B	B	3 - 376	3 - 376
2	7	TYR	TYR	LYS	LYS	F	D	3 - 376	3 - 376
1	8	TYR	TYR	SER	SER	B	B	3 - 375	3 - 375
2	8	TYR	TYR	SER	SER	G	E	3 - 375	3 - 375
1	9	LYS	LYS	SER	SER	B	B	4 - 375	4 - 375
2	9	LYS	LYS	SER	SER	H	F	4 - 375	4 - 375
1	10	TYR	TYR	SER	SER	E	C	3 - 375	3 - 375
2	10	TYR	TYR	SER	SER	F	D	3 - 375	3 - 375
1	11	TYR	TYR	SER	SER	E	C	3 - 375	3 - 375
2	11	TYR	TYR	SER	SER	G	E	3 - 375	3 - 375
1	12	LYS	LYS	SER	SER	E	C	4 - 375	4 - 375
2	12	LYS	LYS	SER	SER	H	F	4 - 375	4 - 375
1	13	TYR	TYR	SER	SER	F	D	3 - 375	3 - 375
2	13	TYR	TYR	SER	SER	G	E	3 - 375	3 - 375
1	14	LYS	LYS	SER	SER	F	D	4 - 375	4 - 375
2	14	LYS	LYS	SER	SER	H	F	4 - 375	4 - 375
1	15	LYS	LYS	SER	SER	G	E	4 - 375	4 - 375
2	15	LYS	LYS	SER	SER	H	F	4 - 375	4 - 375

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	A, B
2	A, E
3	A, F
4	A, G
5	A, H
6	B, E
7	B, F
8	B, G
9	B, H
10	E, F
11	E, G
12	E, H
13	F, G
14	F, H
15	G, H

#1: タンパク質	Methionine adenosyltransferase 分子量: 42880.602 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ureaplasma urealyticum serovar 7 str. ATCC 27819 (バクテリア) 遺伝子: metK, UUR7_0462 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: B2NE58, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes pH 7.0 and 30% Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.66 Å / Num. obs: 255563 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.566 / Num. unique obs: 12581 / CC_1/2: 0.503

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RJS

6rjs

解像度: 1.8→48.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 6.344 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19448	12863	5 %	RANDOM
R_work	0.16886	-	-	-
obs	0.17017	242580	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.234 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.72 Å²	0 Å²	1.08 Å²
2-	-	-1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→48.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17633	0	330	1420	19383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.019	18530
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	17207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.154	1.971	25146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.122	3	40169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.266	5	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.567	25.59	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.031	15	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.448	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	20451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.218	2.422	9104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.217	2.422	9104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.087	3.613	11372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.087	3.613	11373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.149	2.794	9426
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.148	2.794	9427
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.783	4.042	13742
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.66	30.118	21532
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.629	29.575	21210
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	25096	0.07
1	2	B	25096	0.07
2	1	A	24926	0.09
2	2	E	24926	0.09
3	1	A	25020	0.08
3	2	F	25020	0.08
4	1	A	25074	0.08
4	2	G	25074	0.08
5	1	A	25046	0.08
5	2	H	25046	0.08
6	1	B	25064	0.08
6	2	E	25064	0.08
7	1	B	25084	0.07
7	2	F	25084	0.07
8	1	B	24940	0.08
8	2	G	24940	0.08
9	1	B	25056	0.08
9	2	H	25056	0.08
10	1	E	25116	0.08
10	2	F	25116	0.08
11	1	E	25212	0.08
11	2	G	25212	0.08
12	1	E	25118	0.08
12	2	H	25118	0.08
13	1	F	25050	0.07
13	2	G	25050	0.07
14	1	F	24902	0.07
14	2	H	24902	0.07
15	1	G	24860	0.07
15	2	H	24860	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	947	-
R_work	0.368	17744	-
obs	-	-	99.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.194	0.0068	-0.1972	0.0367	0.0631	0.3553	0.0162	0.0155	0.0183	0.016	0.0287	-0.0146	0.0309	-0.007	-0.0449	0.1069	-0.0278	0.0278	0.1216	-0.0084	0.1128	-44.9093	0.2509	-24.4186
2	0.1904	0.1366	-0.185	0.2362	0.0351	0.4082	0.1252	0.0525	0.1067	0.003	0.0589	0.0309	-0.212	-0.0604	-0.1841	0.146	0.0068	0.087	0.0755	0.0453	0.1372	-52.1806	22.675	-26.7796
3	0.1282	-0.0433	-0.1163	0.2621	0.0103	0.2416	0.0487	0.0479	-0.0196	-0.0152	-0.0347	0.0164	-0.0692	-0.0143	-0.014	0.1081	0.0029	0.0175	0.1117	-0.0127	0.1138	-20.146	-31.9845	-48.099
4	0.2117	0.0647	-0.056	0.2225	0.0114	0.1866	0.0014	-0.1038	-0.0748	0.0304	-0.0183	0.0431	-0.0363	0.0101	0.0169	0.1008	-0.0149	0.0276	0.1313	0.0068	0.1046	-21.9098	-42.2505	-26.8793
5	0.2761	0.1995	-0.1511	0.3676	-0.0423	0.1079	0.0914	-0.2406	-0.0962	0.0306	-0.1383	-0.0232	-0.057	0.1341	0.0469	0.037	-0.0797	-0.0485	0.2917	0.127	0.1284	32.7092	-39.2616	-23.9655
6	0.3719	0.0225	-0.058	0.3005	-0.0383	0.0214	0.0052	-0.0511	-0.0963	-0.0408	-0.0317	-0.0626	-0.0004	0.0431	0.0265	0.0167	0.0025	0.0095	0.1615	0.0502	0.1953	32.8225	-43.9118	-47.2701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 402
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	2 - 402
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	3 - 402
5	X-RAY DIFFRACTION	5	G	3 - 402
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	4 - 402

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