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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rk6
タイトルCharacterization of an intertidal zone metagenome oligoribonuclease and the role of the intermolecular disulfide bond for homodimer formation and nuclease activity.
要素Oligoribonuclease
キーワードHYDROLASE / oligoribonuclease / metagenome / RNA / homodimer
機能・相同性Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Piotrowski, Y. / Berg, K. / Klebl, D.P. / Leiros, I. / Larsen, A.N.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway ノルウェー
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2019
タイトル: Characterization of an intertidal zone metagenome oligoribonuclease and the role of the intermolecular disulfide bond for homodimer formation and nuclease activity.
著者: Piotrowski, Y. / Berg, K. / Klebl, D.P. / Leiros, I. / Larsen, A.N.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年10月23日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligoribonuclease
B: Oligoribonuclease
C: Oligoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8206
ポリマ－64,6553
非ポリマー1653
水00
1
A: Oligoribonuclease
C: Oligoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2134
ポリマ－43,1032
非ポリマー1102
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
2
B: Oligoribonuclease
ヘテロ分子

B: Oligoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2134
ポリマ－43,1032
非ポリマー1102
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_345-x-2,-x+y-1,-z+1/31
Buried area3100 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.322, 108.322, 101.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Oligoribonuclease


分子量: 21551.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 遺伝子: orn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: EC: 3.1.13.3
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.0, 5% (v/v) PEG 8000. / PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月14日 / 詳細: Focussing mirror
放射モノクロメーター: Si111 single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→44.58 Å / Num. obs: 12264 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 79.0105713424 Å2 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.15→3.37 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2200 / Rpim(I) all: 0.551 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GBZ

2gbz


解像度: 3.15→44.58 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 926 7.57 %
Rwork0.2452 --
obs0.2467 12228 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→44.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4376 0 3 0 4379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6786031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5872729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004770
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1501-3.31610.35971560.361554X-RAY DIFFRACTION100
3.3161-3.52380.34321440.31951588X-RAY DIFFRACTION100
3.5238-3.79570.30141290.28721579X-RAY DIFFRACTION100
3.7957-4.17750.27021510.25011599X-RAY DIFFRACTION100
4.1775-4.78140.21411220.21531629X-RAY DIFFRACTION100
4.7814-6.02170.27251080.22391641X-RAY DIFFRACTION100
6.0217-44.58470.22241160.21131712X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0869-1.7646-0.84520.8797-0.15554.38740.39460.2906-0.35840.3569-0.26950.28091.120.1632-0.08480.8646-0.02070.06290.47060.0370.6295-60.809814.99869.9456
24.2433-0.49471.25992.5841-1.79534.6230.02640.19680.3174-0.3642-0.2125-0.29480.33320.48020.12850.65990.07080.10710.6251-0.1130.7182-54.046316.527710.2349
3-0.07110.14970.06837.4621-1.73884.2896-0.0382-0.6309-0.21661.07620.15970.20830.0597-0.2339-0.15290.6909-0.0980.11090.7456-0.06490.56-75.632919.030617.3481
43.722-0.4297-0.15424.42371.30164.3859-0.0557-0.07030.3254-0.35510.30790.3505-0.29750.7903-0.18270.5844-0.21420.05730.8924-0.16710.791-93.5522.743816.5879
51.68321.00351.28971.708-0.12223.6391-0.0242-0.87860.24460.25920.1816-0.46310.16860.570.06480.62820.1642-0.10820.9699-0.10450.6974-89.7459-16.671123.31
60.46620.9220.35122.9509-1.11835.42510.2962-0.09350.39310.2731-0.26360.6156-0.8876-0.10160.06750.67890.06350.02270.5333-0.11140.598-66.643543.539910.8711
75.23754.89052.8425.30610.66717.1664-0.16490.3299-0.3531-0.6135-0.155-0.4338-1.20710.35750.46230.88320.0222-0.11510.4806-0.01490.6715-54.841249.4258-1.7044
82.83751.96091.50846.6454-0.43013.0505-0.1901-0.7948-0.24210.0792-0.1993-0.1349-0.7729-0.11940.3670.7213-0.00420.01180.6437-0.05250.5822-65.730138.401915.2088
90.1678-0.56890.38652.3209-1.96082.01080.05890.4476-0.3225-0.33650.3797-0.63040.2702-0.7167-0.56161.15210.10680.01130.7657-0.0330.8511-80.196336.7402-1.8976
104.43126.1426-2.16948.5672-2.47724.95590.03661.26730.4910.20270.67641.7620.114-1.1357-0.88660.57490.009-0.21730.86180.05910.7082-81.036636.69227.79
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 130 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 131 through 181 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 130 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 131 through 181 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 5 through 47 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 48 through 81 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 82 through 144 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 145 through 159 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 160 through 182 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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