PDB-6rjh: 3D structure of horse spleen apoferritin determined using multifu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rjh

タイトル

3D structure of horse spleen apoferritin determined using multifunctional graphene supports for electron cryomicroscopy

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Naydenova, K. / Peet, M.J. / Russo, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Multifunctional graphene supports for electron cryomicroscopy.
著者: Katerina Naydenova / Mathew J Peet / Christopher J Russo /

要旨: With recent technological advances, the atomic resolution structure of any purified biomolecular complex can, in principle, be determined by single-particle electron cryomicroscopy (cryoEM). In ...

履歴

登録	2019年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / pdbx_database_proc / Item: _em_admin.last_update
改定 1.2	2019年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / em_image_scans Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-4905 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rjh.cif.gz	779.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rjh.ent.gz	649.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rjh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/6rjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/6rjh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4905MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fx8-1 7bd7-1 2v2j-1 5gu0-1 2za7-1 2v2o-1 3u90-1 3o7r-1 2g4h-1 5gu1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-10272 (タイトル: Movies of horse spleen apoferritin on multifunctional ultrastable graphene supports for electron cryomicroscopy Data size: 570.0 Data #1: Movies of apoferritin on functionalized ultrastable graphene support [micrographs - multiframe])

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

B: Ferritin light chain

C: Ferritin light chain

D: Ferritin light chain

E: Ferritin light chain

F: Ferritin light chain

G: Ferritin light chain

H: Ferritin light chain

I: Ferritin light chain

J: Ferritin light chain

K: Ferritin light chain

L: Ferritin light chain

M: Ferritin light chain

N: Ferritin light chain

O: Ferritin light chain

P: Ferritin light chain

Q: Ferritin light chain

R: Ferritin light chain

S: Ferritin light chain

T: Ferritin light chain

U: Ferritin light chain

V: Ferritin light chain

W: Ferritin light chain

X: Ferritin light chain

469 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

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NCSドメイン領域:

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1	41	B	B
2	41	T	T
1	42	B	B
2	42	U	U
1	43	B	B
2	43	V	V
1	44	B	B
2	44	W	W
1	45	B	B
2	45	X	X
1	46	C	C
2	46	D	D
1	47	C	C
2	47	E	E
1	48	C	C
2	48	F	F
1	49	C	C
2	49	G	G
1	50	C	C
2	50	H	H
1	51	C	C
2	51	I	I
1	52	C	C
2	52	J	J
1	53	C	C
2	53	K	K
1	54	C	C
2	54	L	L
1	55	C	C
2	55	M	M
1	56	C	C
2	56	N	N
1	57	C	C
2	57	O	O
1	58	C	C
2	58	P	P
1	59	C	C
2	59	Q	Q
1	60	C	C
2	60	R	R
1	61	C	C
2	61	S	S
1	62	C	C
2	62	T	T
1	63	C	C
2	63	U	U
1	64	C	C
2	64	V	V
1	65	C	C
2	65	W	W
1	66	C	C
2	66	X	X
1	67	D	D
2	67	E	E
1	68	D	D
2	68	F	F
1	69	D	D
2	69	G	G
1	70	D	D
2	70	H	H
1	71	D	D
2	71	I	I
1	72	D	D
2	72	J	J
1	73	D	D
2	73	K	K
1	74	D	D
2	74	L	L
1	75	D	D
2	75	M	M
1	76	D	D
2	76	N	N
1	77	D	D
2	77	O	O
1	78	D	D
2	78	P	P
1	79	D	D
2	79	Q	Q
1	80	D	D
2	80	R	R
1	81	D	D
2	81	S	S
1	82	D	D
2	82	T	T
1	83	D	D
2	83	U	U
1	84	D	D
2	84	V	V
1	85	D	D
2	85	W	W
1	86	D	D
2	86	X	X
1	87	E	E
2	87	F	F
1	88	E	E
2	88	G	G
1	89	E	E
2	89	H	H
1	90	E	E
2	90	I	I
1	91	E	E
2	91	J	J
1	92	E	E
2	92	K	K
1	93	E	E
2	93	L	L
1	94	E	E
2	94	M	M
1	95	E	E
2	95	N	N
1	96	E	E
2	96	O	O
1	97	E	E
2	97	P	P
1	98	E	E
2	98	Q	Q
1	99	E	E
2	99	R	R
1	100	E	E
2	100	S	S
1	101	E	E
2	101	T	T
1	102	E	E
2	102	U	U
1	103	E	E
2	103	V	V
1	104	E	E
2	104	W	W
1	105	E	E
2	105	X	X
1	106	F	F
2	106	G	G
1	107	F	F
2	107	H	H
1	108	F	F
2	108	I	I
1	109	F	F
2	109	J	J
1	110	F	F
2	110	K	K
1	111	F	F
2	111	L	L
1	112	F	F
2	112	M	M
1	113	F	F
2	113	N	N
1	114	F	F
2	114	O	O
1	115	F	F
2	115	P	P
1	116	F	F
2	116	Q	Q
1	117	F	F
2	117	R	R
1	118	F	F
2	118	S	S
1	119	F	F
2	119	T	T
1	120	F	F
2	120	U	U
1	121	F	F
2	121	V	V
1	122	F	F
2	122	W	W
1	123	F	F
2	123	X	X
1	124	G	G
2	124	H	H
1	125	G	G
2	125	I	I
1	126	G	G
2	126	J	J
1	127	G	G
2	127	K	K
1	128	G	G
2	128	L	L
1	129	G	G
2	129	M	M
1	130	G	G
2	130	N	N
1	131	G	G
2	131	O	O
1	132	G	G
2	132	P	P
1	133	G	G
2	133	Q	Q
1	134	G	G
2	134	R	R
1	135	G	G
2	135	S	S
1	136	G	G
2	136	T	T
1	137	G	G
2	137	U	U
1	138	G	G
2	138	V	V
1	139	G	G
2	139	W	W
1	140	G	G
2	140	X	X
1	141	H	H
2	141	I	I
1	142	H	H
2	142	J	J
1	143	H	H
2	143	K	K
1	144	H	H
2	144	L	L
1	145	H	H
2	145	M	M
1	146	H	H
2	146	N	N
1	147	H	H
2	147	O	O
1	148	H	H
2	148	P	P
1	149	H	H
2	149	Q	Q
1	150	H	H
2	150	R	R
1	151	H	H
2	151	S	S
1	152	H	H
2	152	T	T
1	153	H	H
2	153	U	U
1	154	H	H
2	154	V	V
1	155	H	H
2	155	W	W
1	156	H	H
2	156	X	X
1	157	I	I
2	157	J	J
1	158	I	I
2	158	K	K
1	159	I	I
2	159	L	L
1	160	I	I
2	160	M	M
1	161	I	I
2	161	N	N
1	162	I	I
2	162	O	O
1	163	I	I
2	163	P	P
1	164	I	I
2	164	Q	Q
1	165	I	I
2	165	R	R
1	166	I	I
2	166	S	S
1	167	I	I
2	167	T	T
1	168	I	I
2	168	U	U
1	169	I	I
2	169	V	V
1	170	I	I
2	170	W	W
1	171	I	I
2	171	X	X
1	172	J	J
2	172	K	K
1	173	J	J
2	173	L	L
1	174	J	J
2	174	M	M
1	175	J	J
2	175	N	N
1	176	J	J
2	176	O	O
1	177	J	J
2	177	P	P
1	178	J	J
2	178	Q	Q
1	179	J	J
2	179	R	R
1	180	J	J
2	180	S	S
1	181	J	J
2	181	T	T
1	182	J	J
2	182	U	U
1	183	J	J
2	183	V	V
1	184	J	J
2	184	W	W
1	185	J	J
2	185	X	X
1	186	K	K
2	186	L	L
1	187	K	K
2	187	M	M
1	188	K	K
2	188	N	N
1	189	K	K
2	189	O	O
1	190	K	K
2	190	P	P
1	191	K	K
2	191	Q	Q
1	192	K	K
2	192	R	R
1	193	K	K
2	193	S	S
1	194	K	K
2	194	T	T
1	195	K	K
2	195	U	U
1	196	K	K
2	196	V	V
1	197	K	K
2	197	W	W
1	198	K	K
2	198	X	X
1	199	L	L
2	199	M	M
1	200	L	L
2	200	N	N
1	201	L	L
2	201	O	O
1	202	L	L
2	202	P	P
1	203	L	L
2	203	Q	Q
1	204	L	L
2	204	R	R
1	205	L	L
2	205	S	S
1	206	L	L
2	206	T	T
1	207	L	L
2	207	U	U
1	208	L	L
2	208	V	V
1	209	L	L
2	209	W	W
1	210	L	L
2	210	X	X
1	211	M	M
2	211	N	N
1	212	M	M
2	212	O	O
1	213	M	M
2	213	P	P
1	214	M	M
2	214	Q	Q
1	215	M	M
2	215	R	R
1	216	M	M
2	216	S	S
1	217	M	M
2	217	T	T
1	218	M	M
2	218	U	U
1	219	M	M
2	219	V	V
1	220	M	M
2	220	W	W
1	221	M	M
2	221	X	X
1	222	N	N
2	222	O	O
1	223	N	N
2	223	P	P
1	224	N	N
2	224	Q	Q
1	225	N	N
2	225	R	R
1	226	N	N
2	226	S	S
1	227	N	N
2	227	T	T
1	228	N	N
2	228	U	U
1	229	N	N
2	229	V	V
1	230	N	N
2	230	W	W
1	231	N	N
2	231	X	X
1	232	O	O
2	232	P	P
1	233	O	O
2	233	Q	Q
1	234	O	O
2	234	R	R
1	235	O	O
2	235	S	S
1	236	O	O
2	236	T	T
1	237	O	O
2	237	U	U
1	238	O	O
2	238	V	V
1	239	O	O
2	239	W	W
1	240	O	O
2	240	X	X
1	241	P	P
2	241	Q	Q
1	242	P	P
2	242	R	R
1	243	P	P
2	243	S	S
1	244	P	P
2	244	T	T
1	245	P	P
2	245	U	U
1	246	P	P
2	246	V	V
1	247	P	P
2	247	W	W
1	248	P	P
2	248	X	X
1	249	Q	Q
2	249	R	R
1	250	Q	Q
2	250	S	S
1	251	Q	Q
2	251	T	T
1	252	Q	Q
2	252	U	U
1	253	Q	Q
2	253	V	V
1	254	Q	Q
2	254	W	W
1	255	Q	Q
2	255	X	X
1	256	R	R
2	256	S	S
1	257	R	R
2	257	T	T
1	258	R	R
2	258	U	U
1	259	R	R
2	259	V	V
1	260	R	R
2	260	W	W
1	261	R	R
2	261	X	X
1	262	S	S
2	262	T	T
1	263	S	S
2	263	U	U
1	264	S	S
2	264	V	V
1	265	S	S
2	265	W	W
1	266	S	S
2	266	X	X
1	267	T	T
2	267	U	U
1	268	T	T
2	268	V	V
1	269	T	T
2	269	W	W
1	270	T	T
2	270	X	X
1	271	U	U
2	271	V	V
1	272	U	U
2	272	W	W
1	273	U	U
2	273	X	X
1	274	V	V
2	274	W	W
1	275	V	V
2	275	X	X
1	276	W	W
2	276	X	X

NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(1, 2.4E-5, -8.0E-6), (8.0E-6, 3.2E-5, 1), (2.4E-5, -1, 3.2E-5)	-0.00014, -0.00474, 220.82561

#1: タンパク質	... Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19532.113 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02791

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Apoferritin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Equus caballus (ウマ)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 37 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0231 / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
7	Coot	モデルフィッティング
12	RELION	３次元再構成
13	REFMAC	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: O (正8面体型対称)

3次元再構成

解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41202 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

PDB-ID: 4V1W

4v1w

Accession code: 4V1W / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

解像度: 2.1→2.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.829 / SU B: 1.588 / SU ML: 0.037 / ESU R: 0.077
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.3484	-	-
obs	0.3484	2820029	100 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.175 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→220.83 Å / 合計: 32736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.037	0.012	33264
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	5.566	1.627	44784
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	8.394	5	4056
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	36.469	22.471	2040
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	20.604	15	6048
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg	23.543	15	264
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.325	0.2	4056
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.033	0.02	25584
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	7.724	2.114	16296
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	10.514	3.234	20328
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	15.117	3.184	16968
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_refined	20.657	44.748	151159
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

数: 1364 / Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
10	10	A	tight positional	0.01	0.24
11	11	A	tight positional	0.01	0.24
12	12	A	tight positional	0.01	0.24
13	13	A	tight positional	0.03	0.24
14	14	A	tight positional	0.03	0.24
15	15	A	tight positional	0.01	0.24
16	16	A	tight positional	0.03	0.24
17	17	A	tight positional	0.01	0.24
18	18	A	tight positional	0.01	0.24
19	19	A	tight positional	0.01	0.24
20	20	A	tight positional	0.01	0.24
21	21	A	tight positional	0.03	0.24
22	22	A	tight positional	0.01	0.24
23	23	A	tight positional	0.01	0.24
24	24	A	tight positional	0	0.24
25	25	A	tight positional	0.03	0.24
26	26	A	tight positional	0.01	0.24
27	27	A	tight positional	0.01	0.24
28	28	A	tight positional	0	0.24
29	29	A	tight positional	0	0.24
30	30	A	tight positional	0.01	0.24
31	31	A	tight positional	0.01	0.24
32	32	A	tight positional	0.01	0.24
33	33	A	tight positional	0	0.24
34	34	A	tight positional	0.01	0.24
35	35	A	tight positional	0.03	0.24
36	36	A	tight positional	0.03	0.24
37	37	A	tight positional	0.01	0.24
38	38	A	tight positional	0.03	0.24
39	39	A	tight positional	0	0.24
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124	124	G	tight thermal	0.18	2.4
125	125	G	tight thermal	0.18	2.4
126	126	G	tight thermal	0.14	2.4
127	127	G	tight thermal	0.11	2.4
128	128	G	tight thermal	0.08	2.4
129	129	G	tight thermal	0.07	2.4
130	130	G	tight thermal	0.98	2.4
131	131	G	tight thermal	1.06	2.4
132	132	G	tight thermal	0.09	2.4
133	133	G	tight thermal	1.05	2.4
134	134	G	tight thermal	0.15	2.4
135	135	G	tight thermal	0.16	2.4
136	136	G	tight thermal	0.16	2.4
137	137	G	tight thermal	0.14	2.4
138	138	G	tight thermal	1.05	2.4
139	139	G	tight thermal	0.09	2.4
140	140	G	tight thermal	0.09	2.4
141	141	H	tight thermal	0.28	2.4
142	142	H	tight thermal	0.2	2.4
143	143	H	tight thermal	0.15	2.4
144	144	H	tight thermal	0.18	2.4
145	145	H	tight thermal	0.17	2.4
146	146	H	tight thermal	1	2.4
147	147	H	tight thermal	1.07	2.4
148	148	H	tight thermal	0.18	2.4
149	149	H	tight thermal	1.06	2.4
150	150	H	tight thermal	0.11	2.4
151	151	H	tight thermal	0.1	2.4
152	152	H	tight thermal	0.13	2.4
153	153	H	tight thermal	0.11	2.4
154	154	H	tight thermal	1.06	2.4
155	155	H	tight thermal	0.16	2.4
156	156	H	tight thermal	0.18	2.4
157	157	I	tight thermal	0.15	2.4
158	158	I	tight thermal	0.22	2.4
159	159	I	tight thermal	0.18	2.4
160	160	I	tight thermal	0.19	2.4
161	161	I	tight thermal	0.99	2.4
162	162	I	tight thermal	1.06	2.4
163	163	I	tight thermal	0.17	2.4
164	164	I	tight thermal	1.06	2.4
165	165	I	tight thermal	0.25	2.4
166	166	I	tight thermal	0.25	2.4
167	167	I	tight thermal	0.26	2.4
168	168	I	tight thermal	0.24	2.4
169	169	I	tight thermal	1.06	2.4
170	170	I	tight thermal	0.19	2.4
171	171	I	tight thermal	0.2	2.4
172	172	J	tight thermal	0.16	2.4
173	173	J	tight thermal	0.12	2.4
174	174	J	tight thermal	0.12	2.4
175	175	J	tight thermal	0.97	2.4
176	176	J	tight thermal	1.05	2.4
177	177	J	tight thermal	0.11	2.4
178	178	J	tight thermal	1.04	2.4
179	179	J	tight thermal	0.18	2.4
180	180	J	tight thermal	0.17	2.4
181	181	J	tight thermal	0.19	2.4
182	182	J	tight thermal	0.17	2.4
183	183	J	tight thermal	1.04	2.4
184	184	J	tight thermal	0.13	2.4
185	185	J	tight thermal	0.16	2.4
186	186	K	tight thermal	0.12	2.4
187	187	K	tight thermal	0.1	2.4
188	188	K	tight thermal	0.99	2.4
189	189	K	tight thermal	1.06	2.4
190	190	K	tight thermal	0.11	2.4
191	191	K	tight thermal	1.06	2.4
192	192	K	tight thermal	0.13	2.4
193	193	K	tight thermal	0.15	2.4
194	194	K	tight thermal	0.16	2.4
195	195	K	tight thermal	0.15	2.4
196	196	K	tight thermal	1.06	2.4
197	197	K	tight thermal	0.11	2.4
198	198	K	tight thermal	0.12	2.4
199	199	L	tight thermal	0.07	2.4
200	200	L	tight thermal	0.98	2.4
201	201	L	tight thermal	1.06	2.4
202	202	L	tight thermal	0.08	2.4
203	203	L	tight thermal	1.05	2.4
204	204	L	tight thermal	0.16	2.4
205	205	L	tight thermal	0.16	2.4
206	206	L	tight thermal	0.17	2.4
207	207	L	tight thermal	0.15	2.4
208	208	L	tight thermal	1.05	2.4
209	209	L	tight thermal	0.11	2.4
210	210	L	tight thermal	0.12	2.4
211	211	M	tight thermal	0.98	2.4
212	212	M	tight thermal	1.06	2.4
213	213	M	tight thermal	0.07	2.4
214	214	M	tight thermal	1.05	2.4
215	215	M	tight thermal	0.14	2.4
216	216	M	tight thermal	0.15	2.4
217	217	M	tight thermal	0.16	2.4
218	218	M	tight thermal	0.14	2.4
219	219	M	tight thermal	1.06	2.4
220	220	M	tight thermal	0.09	2.4
221	221	M	tight thermal	0.11	2.4
222	222	N	tight thermal	0.13	2.4
223	223	N	tight thermal	0.98	2.4
224	224	N	tight thermal	0.12	2.4
225	225	N	tight thermal	0.99	2.4
226	226	N	tight thermal	0.99	2.4
227	227	N	tight thermal	0.98	2.4
228	228	N	tight thermal	0.99	2.4
229	229	N	tight thermal	0.11	2.4
230	230	N	tight thermal	0.98	2.4
231	231	N	tight thermal	0.99	2.4
232	232	O	tight thermal	1.05	2.4
233	233	O	tight thermal	0.08	2.4
234	234	O	tight thermal	1.06	2.4
235	235	O	tight thermal	1.07	2.4
236	236	O	tight thermal	1.06	2.4
237	237	O	tight thermal	1.07	2.4
238	238	O	tight thermal	0.11	2.4
239	239	O	tight thermal	1.06	2.4
240	240	O	tight thermal	1.06	2.4
241	241	P	tight thermal	1.04	2.4
242	242	P	tight thermal	0.16	2.4
243	243	P	tight thermal	0.16	2.4
244	244	P	tight thermal	0.17	2.4
245	245	P	tight thermal	0.15	2.4
246	246	P	tight thermal	1.05	2.4
247	247	P	tight thermal	0.09	2.4
248	248	P	tight thermal	0.11	2.4
249	249	Q	tight thermal	1.06	2.4
250	250	Q	tight thermal	1.06	2.4
251	251	Q	tight thermal	1.05	2.4
252	252	Q	tight thermal	1.06	2.4
253	253	Q	tight thermal	0.1	2.4
254	254	Q	tight thermal	1.05	2.4
255	255	Q	tight thermal	1.06	2.4
256	256	R	tight thermal	0.09	2.4
257	257	R	tight thermal	0.11	2.4
258	258	R	tight thermal	0.08	2.4
259	259	R	tight thermal	1.06	2.4
260	260	R	tight thermal	0.15	2.4
261	261	R	tight thermal	0.15	2.4
262	262	S	tight thermal	0.12	2.4
263	263	S	tight thermal	0.09	2.4
264	264	S	tight thermal	1.06	2.4
265	265	S	tight thermal	0.16	2.4
266	266	S	tight thermal	0.17	2.4
267	267	T	tight thermal	0.11	2.4
268	268	T	tight thermal	1.05	2.4
269	269	T	tight thermal	0.16	2.4
270	270	T	tight thermal	0.16	2.4
271	271	U	tight thermal	1.06	2.4
272	272	U	tight thermal	0.14	2.4
273	273	U	tight thermal	0.15	2.4
274	274	U	tight thermal	1.05	2.4
275	275	V	tight thermal	1.06	2.4
276	276	W	tight thermal	0.1	2.4

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0	0	-
R_work	3.076	207865	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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