PDB-6rix: Crystal structure of MchDnaB-1 intein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rix

タイトル

Crystal structure of MchDnaB-1 intein

要素

(Replicative DNA helicase) x 2

キーワード

HYDROLASE / intein / protein-splicing / SPLICING

機能・相同性

機能・相同性情報

intein-mediated protein splicing / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / endonuclease activity / DNA helicase / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium chimaera (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.655 Å

データ登録者

Beyer, H.M. / Lountos, G.T. / Mikula, M.K. / Wlodawer, A. / Iwai, H.

資金援助

フィンランド, 3件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: The Convergence of the Hedgehog/Intein Fold in Different Protein Splicing Mechanisms.
著者: Beyer, H.M. / Virtanen, S.I. / Aranko, A.S. / Mikula, K.M. / Lountos, G.T. / Wlodawer, A. / Ollila, O.H.S. / Iwai, H.

履歴

登録	2019年4月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rix.cif.gz	117.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rix.ent.gz	90.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rix_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rix_full_validation.pdf.gz	434 KB	表示
XML形式データ	6rix_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	6rix_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/6rix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/6rix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6riyC 6rizC 6bs8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tzu-5 6riy-2 6own-3 2z0t-4 6bs8-2 6qaz-d 6riy-1 1fla-d 6bs8-3 6bs8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (14) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (8) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Replicative DNA helicase

B: Replicative DNA helicase

ヘテロ分子

30.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Replicative DNA helicase

登録者が定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Replicative DNA helicase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.246, 95.344, 35.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Replicative DNA helicase 分子量: 15083.017 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium chimaera (バクテリア) 遺伝子: BWK49_00400, MYCOZU1_00080 / プラスミド: pHBRSF073 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: A0A220Y4A5, DNA helicase
#2: タンパク質	Replicative DNA helicase 分子量: 15067.017 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium chimaera (バクテリア) 遺伝子: BWK49_00400, MYCOZU1_00080 / プラスミド: pHBRSF073 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: A0A220Y4A5, DNA helicase
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 27.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Tris-HCl pH 9, magnesium chloride, polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月9日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.655→50 Å / Num. obs: 22641 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.655→1.68 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.367 / Num. unique obs: 731 / CC_1/2: 0.543 / % possible all: 60.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.16_3549	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BS8

6bs8

解像度: 1.655→47.672 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	1037	4.82 %
R_work	0.1586	20484	-
obs	0.1612	21521	90.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.79 Å² / B_iso mean: 18.4114 Å² / B_iso min: 3.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.655→47.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1911	0	1	220	2132
B_iso mean	-	-	17.35	32.96	-
残基数	-	-	-	-	261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	1999
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8474	2751
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0565	330
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.5315	1594

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6555-1.7428	0.2973	78	0.2278	1453	45
1.7428-1.852	0.2442	160	0.204	2833	89
1.852-1.995	0.2096	170	0.1675	3227	99
1.995-2.1957	0.218	140	0.1508	3202	99
2.1957-2.5134	0.201	175	0.1549	3223	100
2.5134-3.1666	0.2038	138	0.1647	3280	100
3.1666-47.6	0.2075	176	0.14	3266	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2396	-0.3304	-0.1012	1.7745	-0.3635	2.6148	0.1311	-0.205	0.1359	0.1848	-0.0176	0.0314	-0.1585	0.0109	-0.1039	0.0545	-0.0221	0.0116	0.0585	-0.0009	0.0631	-3.5959	13.3412	17.1909
2	5.3601	0.1385	-1.2663	0.9854	-0.3579	3.1539	0.0022	-0.4154	-0.1242	0.139	-0.0415	0.0155	0.0229	0.1308	0.0288	0.1051	-0.0084	-0.0067	0.0258	0.0082	0.0609	-1.5516	6.0659	19.4477
3	7.725	-0.9192	3.3789	2.5122	-0.9864	3.1892	-0.1011	0.2979	0.194	-0.2543	0.0374	0.12	-0.194	-0.0961	0.0466	0.0946	0.0204	-0.0174	0.1295	-0.0067	0.0801	-2.079	6.3811	1.783
4	1.5882	-0.068	-0.2578	3.9108	-0.4273	2.0293	0.0428	0.1738	-0.2253	-0.0645	-0.0687	-0.3284	0.1833	0.0758	0.0334	0.0833	0.0229	-0.0048	0.0503	-0.0137	0.1013	-0.2059	-1.7459	7.4351
5	5.6373	-0.7666	-4.5895	7.3389	0.8062	7.4326	-0.1979	0.3802	-0.288	-0.6723	-0.0324	0.1112	0.5659	-0.2619	0.2335	0.1853	0.009	-0.007	0.1789	-0.0187	0.1133	-6.9403	-3.3839	1.675
6	3.5148	0.1006	0.5942	1.262	0.6132	2.8899	-0.0467	0.2576	-0.1385	-0.0851	-0.0116	0.1108	0.0924	-0.0073	0.0318	0.0913	0.0072	0.0006	0.0709	0.0226	0.0847	-0.9465	3.6504	6.1057
7	6.0777	4.9006	-0.7707	7.1965	-0.4064	4.1735	0.0945	-0.287	-0.4995	0.3222	-0.2021	-0.0133	0.8155	-0.067	0.095	0.2556	-0.0276	0.0224	0.1278	0.0398	0.1728	-6.3889	-0.4652	22.0525
8	6.0364	0.8779	-0.5223	5.7441	0.8605	4.9352	0.0248	-0.0624	-0.0606	-0.031	-0.0416	-0.0263	0.2284	0.006	-0.0187	0.0579	0.0019	0.0101	0.0383	0.0044	0.0579	-7.3564	4.7221	12.2489
9	3.6945	0.6332	0.1474	2.6789	0.1798	2.5745	0.1487	-0.1271	0.0155	0.226	-0.0545	-0.1761	-0.1472	0.1348	-0.0566	0.0791	-0.0077	0.0059	0.055	0.0127	0.0688	-0.5646	25.5567	13.1653
10	3.3703	0.9387	-0.8172	2.0741	0.8512	2.1383	0.1044	-0.2743	0.5383	0.0636	-0.1617	0.4262	-0.2841	-0.2274	0.1027	0.1127	0.0089	0.0292	0.1055	0.0208	0.1237	-9.8965	30.8671	12.0898
11	3.5053	-3.3906	-1.914	4.4326	1.7799	1.4298	-0.2359	0.0592	-0.3953	-0.0897	0.158	0.0816	0.1756	-0.0027	0.0679	0.1221	-0.0033	0.0062	0.1301	0.0067	0.0812	-4.0542	20.125	-2.7158
12	4.3008	2.6421	-1.3682	4.2679	-2.3666	2.0197	0.0376	0.1999	0.2295	-0.2279	0.1472	0.2594	-0.0534	-0.165	-0.1708	0.1019	0.0131	0.0246	0.0743	0.0186	0.086	-5.8889	29.8187	-2.973
13	8.1275	1.1144	4.0302	8.1778	3.3474	3.3169	-0.2757	1.0204	-0.1765	-0.3171	0.2315	-0.3443	-0.4123	0.9795	0.0201	0.2365	-0.0252	0.0322	0.3015	0.0252	0.1656	2.3643	29.0192	-8.3061
14	5.2406	-0.1902	-0.9989	1.7895	0.4578	2.8692	-0.0171	0.464	-0.0255	-0.1851	-0.0236	0.0067	0.1024	-0.0348	0.0351	0.0865	-0.0079	-0.0225	0.0531	0.0224	0.0755	-6.5168	23.7077	-1.1511
15	6.8254	6.296	-3.9892	7.5774	-3.0631	6.3811	0.0594	0.0037	0.4646	-0.0011	-0.0449	0.5915	-0.4359	0.0361	-0.0213	0.2228	-0.0203	-0.0006	0.0646	-0.0272	0.1787	-0.5521	37.57	9.7705
16	3.6832	2.2212	0.7565	5.4644	-0.534	5.9687	-0.0062	0.0099	0.2008	-0.0062	-0.0449	0.1174	-0.2592	-0.0563	0.0278	0.0405	0.0004	0.0137	0.0557	-0.0009	0.0698	0.7513	27.888	4.7937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )	A	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 47 )	A	25 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 57 )	A	48 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 58 through 78 )	A	58 - 78
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 88 )	A	79 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 89 through 124 )	A	89 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 125 through 132 )	A	125 - 132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 133 through 145 )	A	133 - 145
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 32 )	B	1 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 33 through 47 )	B	33 - 47
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 48 through 57 )	B	48 - 57
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 58 through 78 )	B	58 - 78
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 79 through 105 )	B	79 - 105
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 106 through 124 )	B	106 - 124
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 125 through 132 )	B	125 - 132
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 133 through 145 )	B	133 - 145

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)