PDB-6rgs: Crystal Structure of Phenylalanine Ammonia Lyase (PAL) from Petro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rgs

タイトル

Crystal Structure of Phenylalanine Ammonia Lyase (PAL) from Petroselinum crispum bound to cinnamate

要素

Phenylalanine ammonia-lyase 1

キーワード

LYASE / complex / bioctalysis / protein

機能・相同性

機能・相同性情報

phenylalanine ammonia-lyase / cinnamic acid biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase activity / L-phenylalanine catabolic process / amino acid binding / protein-containing complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Petroselinum crispum (オランダゼリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42001023643 Å

データ登録者

Brem, J. / Lang, P. / Bencze, C.-L. / Schofield, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Mapping the Hydrophobic Substrate Binding Site of Phenylalanine Ammonia Lyase from Petroselinum crispum
著者: Nagy, E.Z.A. / Tork, S.D. / Lang, P.A. / Filip, A. / Irimie, F.D. / Poppe, L. / Tosa, M.I. / Schofield, C.J. / Brem, J. / Paizs, C. / Bencze, L.C.

履歴

登録	2019年4月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rgs.cif.gz	806.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rgs.ent.gz	561.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rgs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6rgs_validation.pdf.gz	464.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rgs_full_validation.pdf.gz	469.8 KB	表示
XML形式データ	6rgs_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	6rgs_validation.cif.gz	57.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/6rgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/6rgs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1w27S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3a9c-d 3tvw-1 4asi-2 3ff6-2 1t6p-2 2r7m-1 3tv5-1 1t6p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Phenylalanine ammonia-lyase 1

B: Phenylalanine ammonia-lyase 1

ヘテロ分子

162 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylalanine ammonia-lyase 1

B: Phenylalanine ammonia-lyase 1

ヘテロ分子

A: Phenylalanine ammonia-lyase 1

B: Phenylalanine ammonia-lyase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, tetramer, but dimer in the protein crystal structure
324 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.910, 159.820, 142.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Phenylalanine ammonia-lyase 1 分子量: 80985.945 Da / 分子数: 2 / 変異: C704S, C716S, I460V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Petroselinum crispum (オランダゼリ) 遺伝子: PAL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P24481, phenylalanine ammonia-lyase
#2: 化合物	ChemComp-K3Z / (E)-3-(4-methoxyphenyl)acrylic acid / 4-メトキシけい皮酸分子量: 178.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.2 M Ammonium acetate 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→69.75 Å / Num. obs: 53282 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 45.8908257984 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.166 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.41→2.45 Å / Num. unique obs: 2638 / CC_1/2: 0.776 / R_pim(I) all: 0.529 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1W27

1w27

解像度: 2.42001023643→57.31 Å / SU ML: 0.295164738543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34361291239 / 位相誤差: 28.6282040409

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238355287603	2675	5.11169287803 %
R_work	0.210293176916	-	-
obs	0.211769562404	52331	99.7236832076 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.4249792115 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42001023643→57.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9333	0	0	81	9414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00369895609033	9498
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.58619910151	12896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0380865903658	1513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00299748759111	1676
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7775609831	5704

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.464	0.339732297372	125	0.30884144625	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.7022701898
2.464-2.5114	0.314061294873	145	0.289933108374	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.6370235935
2.5114-2.5627	0.298183587748	130	0.288779510337	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.6351696461
2.5627-2.6184	0.328857308659	140	0.293479284316	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.7430249633
2.6184-2.6793	0.313176891486	129	0.29576941391	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.5978062157
2.6793-2.7463	0.305383046867	156	0.277398500899	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.7801392451
2.7463-2.8206	0.304582673425	119	0.255392001147	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.7438712038
2.8206-2.9036	0.278888729409	132	0.251840723674	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.672489083
2.9036-2.9973	0.308327556934	131	0.263763745379	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.8178506375
2.9973-3.1044	0.294346334475	128	0.246133436192	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.7089850855
3.1044-3.2287	0.289476852024	138	0.235734502762	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.782844734
3.2287-3.3757	0.262248326979	164	0.225996276805	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.8526160648
3.3757-3.5536	0.292140856433	135	0.229470180562	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.6420901933
3.5536-3.7763	0.272734035635	138	0.210656502382	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.4918330309
3.7763-4.0678	0.225598967077	137	0.179816328563	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.4565217391
4.0678-4.4771	0.156213375106	150	0.158996245398	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.9641062455
4.4771-5.1248	0.184986376348	154	0.155016865555	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.9642601858
5.1248-6.4559	0.200674711758	175	0.199335071545	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4559-69.7536	0.202942802685	149	0.181181850207	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.6250852079

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.685821328642	0.78537401894	-0.340100103606	0.833845700037	0.0936149148801	0.889908991936	-0.137807572541	-0.146425432832	-0.48004083778	0.353286209091	0.103370766238	-0.0679084667928	0.259220918382	0.236689246109	0.027367874216	0.581285688546	0.0744151150873	0.049668499128	0.650118591734	0.156516836527	0.554565797154	-51.9745676993	-70.3196065052	61.5610737788
2	0.554665900042	0.0166995358948	-0.338810345311	0.356792562777	-0.179116833817	0.080443509054	-0.0275076233514	-0.141759630634	-0.293246493778	-0.0992325517931	-0.0776929916524	-0.427898427485	0.0878962757913	0.195618351772	0.0934448806838	0.489890286591	-0.0435756738374	0.0224831998953	0.569304951348	0.0481651730156	0.736928765903	-26.9564192967	-43.437356866	33.2992547331
3	0.982216951132	0.491316270312	-0.175834161562	0.954061511766	0.588533447055	1.1753874658	-0.140471018238	0.14432607353	-0.0900978895926	-0.103276479257	0.115624855879	-0.247330470487	0.155055678295	0.16121276286	0.0274513263056	0.501654988764	0.0238915673722	0.115291775413	0.541690345884	-0.00819069019841	0.56831380416	-33.5917643723	-58.8690560667	18.38552537
4	0.501391001569	-0.229440104301	-0.0988139386022	0.936813074039	0.483433358783	0.87929524459	-0.112162541939	0.0933371088303	-0.0271044855078	-0.224324525931	-0.0117520239627	-0.0695106703467	0.108154528518	0.0373086549755	0.107216762027	0.489694617112	-0.00853186725565	0.0984053609548	0.527403061912	0.028887173411	0.515769555696	-39.2531551183	-51.8528320717	17.4875692045
5	1.79775959479	-0.213556876628	0.387438464767	1.1100425134	0.138937408344	0.864675292262	-0.116014346523	-0.112424321734	0.442194453053	0.224238537615	0.0246705292231	-0.472444970201	-0.174828334444	0.232905672163	0.0479967594834	0.409769685851	-0.0253171102172	-0.0887121603788	0.512033606715	-0.0205812226131	0.631825175051	-38.1157821102	-18.9490232071	42.3323968287
6	0.274142092863	-0.320070350538	-0.0232473107729	0.212004441877	0.0935027224652	0.615464503678	-0.135330117958	-0.0870678460487	-0.0866454048793	0.139497187915	0.0596394291449	-0.22102422834	0.0970493200172	0.225021985234	0.0862272285026	0.444065901472	0.0655015924171	0.0170623234891	0.567113646886	0.0380572340832	0.560945039507	-35.9283661904	-52.5176876859	35.4926193654
7	0.1991844352	-0.723264083627	-0.0587855835054	1.48536942015	-0.0235789456616	0.259827325146	-0.14174659322	-0.0332106590292	-0.0544812958778	-0.0491656158687	0.284521022017	0.0631362202916	-0.123323392632	-0.0863129422791	-0.0997858167013	0.444563236444	-0.0147960397388	-0.0714509043262	0.479148765088	0.00639447669116	0.534872959281	-50.7497636035	-21.561481124	28.8611737844
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9	1.76090335668	0.0269339130975	0.0382057461144	1.22724600659	0.256116954505	2.08257300954	-0.345599953904	-0.00572457128067	0.555883338628	0.263871064896	-0.00552866951778	0.520158911173	0.120186071259	-0.0228973829944	0.272347953356	0.639709881785	0.0342072666419	0.0194582217612	0.606015221514	0.112407526996	0.949997608584	-49.9007202709	8.9341797348	29.5638265994
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14	1.95482244105	1.01357702179	-0.00819783436128	1.39844041111	-0.196649325198	1.09024078104	-0.184389178432	-0.0398035010209	-0.305993374313	0.0326599188233	0.0541132336668	-0.521246272923	0.0528013599593	0.1068308073	0.114073227674	0.451612981062	0.070552629354	0.0374361311371	0.574869477261	0.0906506102495	0.695069866675	-38.6655334693	-66.2959373788	44.3843428123
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16	0.515216133834	-0.120176700253	0.400800932776	0.0285823657944	-0.0245998504271	0.910644943362	-0.28581654616	0.144465328883	-0.607238566869	0.145291543003	0.249986425528	0.140124582517	-0.0637890008163	-0.191733996059	0.0662763489416	0.970969976276	0.0160880667446	0.215544928466	0.54677415941	0.0647932253652	1.17138739033	-57.8890522422	-97.8532023927	45.6557968194

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 630 through 716 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 187 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 188 through 293 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 294 through 355 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 356 through 402 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 403 through 455 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 456 through 547 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 548 through 587 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 588 through 715 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 25 through 65 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 66 through 187 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 188 through 293 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 294 through 355 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 356 through 547 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 548 through 629 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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