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- PDB-6rg4: Crystal structure of human Carbonic anhydrase II in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rg4
タイトルCrystal structure of human Carbonic anhydrase II in complex with (R)-4-(2-benzyl-4-methylpiperazin-1-yl)benzenesulfonamide
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K45 / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Angeli, A. / Supuran, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2019
タイトル: Sulfonamides incorporating piperazine bioisosteres as potent human carbonic anhydrase I, II, IV and IX inhibitors.
著者: Chiaramonte, N. / Bua, S. / Angeli, A. / Ferraroni, M. / Picchioni, I. / Bartolucci, G. / Braconi, L. / Dei, S. / Teodori, E. / Supuran, C.T. / Romanelli, M.N.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9125
ポリマ－29,2891
非ポリマー6234
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area560 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.370, 41.299, 71.936
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-K45 / 4-[(3~{S})-4-methyl-3-(phenylmethyl)piperazin-1-yl]carbonylbenzenesulfonamide


分子量: 373.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N3O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 1.6 sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.827 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→41.08 Å / Num. obs: 66147 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.332 % / Biso Wilson estimate: 21.135 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 9.39 / Num. measured all: 220412 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.25-1.333.2270.9920.793600211257111560.5411.18999.1
1.33-1.443.3960.5371.773931011707115770.8150.63798.9
1.44-1.583.1880.2613.793296510535103410.9370.31498.2
1.58-1.763.4460.1427.6331136912490350.9770.16899
1.76-2.043.3140.07813.228282855085350.9910.09399.8
2.04-2.493.5130.05419.9824370695469380.9950.06499.8
2.49-3.523.3070.04125.0118151552054880.9970.04999.4
3.52-41.083.3140.03230.910196310630770.9980.03899.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4FIK

4fik


解像度: 1.25→41.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.349 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.0485 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.05
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 3239 4.9 %RANDOM
Rwork0.1556 ---
obs0.1577 62531 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.44 Å2 / Biso mean: 18.175 Å2 / Biso min: 8.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0 Å2-0.31 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→41.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2059 0 39 279 2377
Biso mean--39.53 30.32 -
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0081.6383021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5271.5994722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1635275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.27523.853109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.01815367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.003157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02450
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.70834229
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.564 235 -
Rwork0.619 4596 -
all-4831 -
obs--98.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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