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- PDB-6rfv: Revisiting pH-gated conformational switch. Complex HK853-RR468 pH 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rfv
タイトルRevisiting pH-gated conformational switch. Complex HK853-RR468 pH 7
要素
  • Response regulator
  • Sensor histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Histidine Kinase / Response Regulator / Phosphotransfer / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain ...Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Response regulator / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Mideros-Mora, C. / Casino, P. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-78571-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-78606-P スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Revisiting the pH-gated conformational switch on the activities of HisKA-family histidine kinases.
著者: Mideros-Mora, C. / Miguel-Romero, L. / Felipe-Ruiz, A. / Casino, P. / Marina, A.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase
B: Sensor histidine kinase
C: Response regulator
D: Response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,83122
ポリマ－86,5834
非ポリマー2,24818
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12340 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area30030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.673, 93.579, 172.703
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase


分子量: 29378.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Some residues remain as Alanine in the .pdb because the side chain can not be traced
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
遺伝子: TM_0853 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZV7
#2: タンパク質 Response regulator


分子量: 13913.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0468 / Variant: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYT9

-
非ポリマー , 4種, 174分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1,8 M HH4SO4, 0,1 M citrato pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→28.76 Å / Num. obs: 24854 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.83→2.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.451 / Num. unique obs: 3270

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3DGE

3dge


解像度: 2.83→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 40.066 / SU ML: 0.423 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.518 / ESU R Free: 0.448 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30923 1189 4.8 %RANDOM
Rwork0.24284 ---
obs0.24606 23662 95.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.463 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.17 Å20 Å20.4 Å2
2--2 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5481 0 134 172 5787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195709
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5712.0027756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.992312456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0475706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.08925.167240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.166151004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4581527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9563.4212824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9563.4212823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6675.1313524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6675.1313525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0033.6222885
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8743.5022824
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4965.234141
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.9740.6666214
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.52140.5446193
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.831→2.904 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 67 -
Rwork0.344 1335 -
obs--74.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82631.18021.68883.26063.84686.17620.10920.3599-0.36730.2278-0.26590.21690.6849-0.69910.15670.1381-0.12690.03290.3229-0.14520.2078-8.459-43.9158-34.037
21.45841.2415-1.73242.6832-2.95185.57250.04260.18120.30570.0596-0.2283-0.1611-0.55080.61110.18570.1418-0.0842-0.03680.26330.13660.224813.4282-18.2608-33.8156
35.6438-1.55642.06524.3806-2.71876.8675-0.3963-0.15730.5450.34640.84230.7645-0.7549-1.1118-0.4460.09130.12320.03420.24980.19330.2728-17.5312-16.6305-21.2415
46.6086-3.2754-2.60313.46282.66326.2041-0.4063-0.4822-0.4840.45520.8768-0.59410.73111.3698-0.47050.09660.1812-0.08830.3759-0.26050.41422.3322-45.4009-21.0056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A246 - 478
2X-RAY DIFFRACTION2B247 - 478
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 121
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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