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- PDB-6rfu: In cellulo crystallization of Trypanosoma brucei IMP dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rfu
タイトルIn cellulo crystallization of Trypanosoma brucei IMP dehydrogenase enables the identification of ATP and GMP as genuine co-factors
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / IMP dehydrogenase / Trypanosoma brucei / in cellulo crystallization / FEL
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nass, K. / Redecke, L. / Perbandt, M. / Yefanov, O. / Gabdulkhakov, A. / Duszenko, M. / Chapman, H.N. / Betzel, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationEXC 1074 - project ID 194651731. ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research05K2018-2017-06734 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: In cellulo crystallization of Trypanosoma brucei IMP dehydrogenase enables the identification of genuine co-factors.
著者: Nass, K. / Redecke, L. / Perbandt, M. / Yefanov, O. / Klinge, M. / Koopmann, R. / Stellato, F. / Gabdulkhakov, A. / Schonherr, R. / Rehders, D. / Lahey-Rudolph, J.M. / Aquila, A. / Barty, A. ...著者: Nass, K. / Redecke, L. / Perbandt, M. / Yefanov, O. / Klinge, M. / Koopmann, R. / Stellato, F. / Gabdulkhakov, A. / Schonherr, R. / Rehders, D. / Lahey-Rudolph, J.M. / Aquila, A. / Barty, A. / Basu, S. / Doak, R.B. / Duden, R. / Frank, M. / Fromme, R. / Kassemeyer, S. / Katona, G. / Kirian, R. / Liu, H. / Majoul, I. / Martin-Garcia, J.M. / Messerschmidt, M. / Shoeman, R.L. / Weierstall, U. / Westenhoff, S. / White, T.A. / Williams, G.J. / Yoon, C.H. / Zatsepin, N. / Fromme, P. / Duszenko, M. / Chapman, H.N. / Betzel, C.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3006
ポリマ－111,5592
非ポリマー1,7414
水39622
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)453,20124
ポリマ－446,2378
非ポリマー6,96316
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area40300 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area136030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.000, 209.000, 92.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 55779.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P50098, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: in cell / 詳細: In cellulo upon cell growth

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 2.07 Å
検出器タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→52.3 Å / Num. obs: 50656 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 187 % / Net I/σ(I): 4.14
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Num. unique obs: 3557

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JCN

1jcn


解像度: 2.8→52.3 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs50656 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→52.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6777 0 110 22 6909

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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