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- PDB-6rf0: Crystal structure of the light-driven sodium pump KR2 in the pent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rf0
タイトルCrystal structure of the light-driven sodium pump KR2 in the pentameric "dry" form
要素Sodium pumping rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / light-driven sodium pump / ion translocation / retinal / rhodopsin
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Sodium pumping rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Dokdonia eikasta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Gushchin, I. / Borshchevskiy, V. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, ロシア, 5件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0029-02 フランス
Russian Foundation for Basic Research6.3157.2017/PP ロシア
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INSB-05-02 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell BiologyANR-10-LABX-49-01 フランス
Russian Science FoundationRSF 16-15-00242 ロシア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structure and mechanisms of sodium-pumping KR2 rhodopsin.
著者: Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Gushchin, I. / Alekseev, A. / Shevchenko, V. / Borshchevskiy, V. / Astashkin, R. / Balandin, T. / Bratanov, D. / Vaganova, S. / Popov, A. / Chupin, V. / Buldt, ...著者: Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Gushchin, I. / Alekseev, A. / Shevchenko, V. / Borshchevskiy, V. / Astashkin, R. / Balandin, T. / Bratanov, D. / Vaganova, S. / Popov, A. / Chupin, V. / Buldt, G. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sodium pumping rhodopsin
B: Sodium pumping rhodopsin
C: Sodium pumping rhodopsin
D: Sodium pumping rhodopsin
E: Sodium pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,20330
ポリマ－163,0585
非ポリマー6,14525
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26130 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area41570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.184, 239.719, 131.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUVALVALAA4 - 2764 - 276
21GLUGLUVALVALBB4 - 2764 - 276
12GLUGLUGLUGLUAA4 - 2774 - 277
22GLUGLUGLUGLUCC4 - 2774 - 277
13GLUGLUVALVALAA4 - 2764 - 276
23GLUGLUVALVALDD4 - 2764 - 276
14GLUGLUVALVALAA4 - 2764 - 276
24GLUGLUVALVALEE4 - 2764 - 276
15GLUGLUVALVALBB4 - 2764 - 276
25GLUGLUVALVALCC4 - 2764 - 276
16GLUGLUVALVALBB4 - 2764 - 276
26GLUGLUVALVALDD4 - 2764 - 276
17GLNGLNGLUGLUBB3 - 2773 - 277
27GLNGLNGLUGLUEE3 - 2773 - 277
18GLUGLUALAALACC4 - 2784 - 278
28GLUGLUALAALADD4 - 2784 - 278
19GLUGLUVALVALCC4 - 2764 - 276
29GLUGLUVALVALEE4 - 2764 - 276
110GLUGLUVALVALDD4 - 2764 - 276
210GLUGLUVALVALEE4 - 2764 - 276

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

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要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Sodium pumping rhodopsin


分子量: 32611.580 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dokdonia eikasta (バクテリア) / 遺伝子: NaR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N0DKS8

-
非ポリマー , 5種, 66分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#5: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 3.4 M Sodium Malonate pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.28 Å / Num. obs: 41018 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.304 / Rpim(I) all: 0.127 / Rrim(I) all: 0.33 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 271542
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.126.61.4753021845620.6620.6181.6011.4100
10.82-47.285.40.06251949550.9960.0310.0716.998.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XTO

4xto


解像度: 3→47.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 21.126 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.411
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 2059 5 %RANDOM
Rwork0.2166 ---
obs0.2184 38937 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.36 Å2 / Biso mean: 43.925 Å2 / Biso min: 19.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3 Å20 Å20 Å2
2---6.49 Å20 Å2
3---1.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→47.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10841 0 206 41 11088
Biso mean--55.55 36.14 -
残基数----1370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01411328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.591.65315355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7661.68924216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.63751363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.26123.362473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.243151676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.7131520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0280.21458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022516
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A95490.08
12B95490.08
21A96050.09
22C96050.09
31A95300.09
32D95300.09
41A95820.09
42E95820.09
51B94860.09
52C94860.09
61B94790.09
62D94790.09
71B96080.08
72E96080.08
81C95830.09
82D95830.09
91C95250.08
92E95250.08
101D95220.08
102E95220.08
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 136 -
Rwork0.326 2846 -
all-2982 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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