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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rcx | |||||||||
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タイトル | Mycobacterial 4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb in complex with the ACP domain of PpsC. | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/TRANSPORT PROTEIN / TRANSFERASE-TRANSPORT PROTEIN complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity ...(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (バクテリア) Mycobacterium abscessus ATCC 19977 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen, M.C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2020 タイトル: Conformational flexibility of coenzyme A and its impact on the post-translational modification of acyl carrier proteins by 4'-phosphopantetheinyl transferases. 著者: Nguyen, M.C. / Saurel, O. / Carivenc, C. / Gavalda, S. / Saitta, S. / Tran, M.P. / Milon, A. / Chalut, C. / Guilhot, C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rcx.cif.gz | 138.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rcx.ent.gz | 105.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rcx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6rcx_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6rcx_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6rcx_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6rcx_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rcx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 25432.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (バクテリア) 遺伝子: MAB_3117c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MD73 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16791.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ACP fragment from position 2056 to 2188 mutation S2105A 由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus ATCC 19977 (バクテリア) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ppsC, Rv2933 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P96202, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I |
-非ポリマー , 4種, 149分子
#3: 化合物 | ChemComp-COA / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CAC / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Na Cacodylate 30 % PEG 8K 0.2 M (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→41.15 Å / Num. obs: 23870 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.072 Å / Num. unique obs: 12069 / CC1/2: 0.929 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4u89 解像度: 2→41.15 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.96
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.45 Å2 / Biso mean: 50.3859 Å2 / Biso min: 22.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→41.15 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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