+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rce | ||||||
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Title | Pmar-Lig_PreS3 | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / DNA ligase / ATP-dependent / ligase-DNA co-crystal structure / determinants in DNA binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Prochlorococcus marinus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.946 Å | ||||||
Authors | Leiros, H.K.S. / Williamson, A. | ||||||
Funding support | Norway, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2019 Title: Structural intermediates of a DNA-ligase complex illuminate the role of the catalytic metal ion and mechanism of phosphodiester bond formation. Authors: Williamson, A. / Leiros, H.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6rce.cif.gz | 335.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6rce.ent.gz | 270.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6rce.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6rce_validation.pdf.gz | 806.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6rce_full_validation.pdf.gz | 815.2 KB | Display | |
Data in XML | 6rce_validation.xml.gz | 25.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6rce_validation.cif.gz | 38.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rce | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6rarC 6rasC 6rauSC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 3 types, 3 molecules BCD
#1: DNA chain | Mass: 6479.183 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#2: DNA chain | Mass: 3035.007 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 3342.212 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Protein , 1 types, 1 molecules I
#4: Protein | Mass: 49886.480 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Prochlorococcus marinus (bacteria) / Gene: EU96_0746 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0A2ACP7 |
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-Non-polymers , 3 types, 494 molecules
#5: Chemical | ChemComp-AMP / |
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#6: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.71 Å3/Da / Density % sol: 66.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion Details: 17-18% PEG 8K, 100 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9919 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 25, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.946→69 Å / Num. obs: 57869 / % possible obs: 89 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 10.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.946→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.946 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2893 / CC1/2: 0.502 / Rpim(I) all: 0.622 / % possible all: 39.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6rau Resolution: 1.946→24.261 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.43
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.946→24.261 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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