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- PDB-6rcc: Domain C P140 Mycoplasma genitalium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rcc
タイトルDomain C P140 Mycoplasma genitalium
要素Adhesin P1
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / extracellular
機能・相同性Adhesin P1, C-terminal domain / Adhesin P1, N-terminal / Adhesin P1 / Mycoplasma adhesin P1, C-terminal / Mycoplasma adhesin P1, N-terminal / adhesion of symbiont to microvasculature / 細胞膜 / Adhesin P1
機能・相同性情報
生物種Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Vizarraga, D. / Aparicio, D. / Perez, R. / Illanes, R. / Fita, I.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness スペイン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Alternative conformation of the C-domain of the P140 protein from Mycoplasma genitalium.
著者: Vizarraga, D. / Perez-Luque, R. / Martin, J. / Fita, I. / Aparicio, D.
履歴
登録2019年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Adhesin P1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5943
ポリマ－11,5361
非ポリマー582
水2,252125
1
X: Adhesin P1
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,75524
ポリマ－92,2888
非ポリマー46816
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area31330 Å2
ΔGint-462 kcal/mol
Surface area32820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.090, 90.090, 58.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-201-

NA

21X-308-

HOH

31X-395-

HOH

41X-399-

HOH

51X-410-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Adhesin P1 / Attachment protein / Cytadhesin P1 / MgPa


分子量: 11535.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
遺伝子: mgpA, MG191 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P20796
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG3350, mgCl2 x 6H20 and TRIS buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.07216 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07216 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→45.04 Å / Num. obs: 20650 / % possible obs: 92.41 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 22.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.43→1.51 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.43→45.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU R Cruickshank DPI: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.07 / SU Rfree Blow DPI: 0.067 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.064
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1055 5.11 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.184 20650 92.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8345 Å20 Å20 Å2
2---2.8345 Å20 Å2
3---5.6691 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.43→45.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数798 0 2 125 925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01887HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.11222HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d302SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes157HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it887HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion114SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1131SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.51 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2687 162 5.1 %
Rwork0.2384 3012 -
all0.2398 3174 -
obs--99.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 56.7773 Å / Origin y: 34.3883 Å / Origin z: 15.636 Å
111213212223313233
T0.0086 Å2-0.0008 Å20.01 Å2-0.0123 Å2-0.0078 Å2--0.0076 Å2
L0.4682 °2-0.0182 °2-0.2549 °2-0.126 °2-0.1317 °2--0.3185 °2
S0.0332 Å °0.0409 Å °0.0227 Å °-0.032 Å °-0.0434 Å °-0.0043 Å °-0.0212 Å °-0.0054 Å °0.0102 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { X|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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