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万見
- PDB-6ra0: A ubiquitin-like dimerization domain controls protein kinase D ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ra0
タイトルA ubiquitin-like dimerization domain controls protein kinase D activation by trans-autophosphorylation
要素Serine/threonine-protein kinase dkf-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / ubiquitin-like domain / zinc finger / DAG-binding / C1
機能・相同性
機能・相同性情報


Sphingolipid de novo biosynthesis / : / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / activation of immune response / protein kinase C / determination of adult lifespan / positive regulation of protein import into nucleus / cell cortex / peptidyl-serine phosphorylation / defense response to Gram-positive bacterium ...Sphingolipid de novo biosynthesis / : / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / activation of immune response / protein kinase C / determination of adult lifespan / positive regulation of protein import into nucleus / cell cortex / peptidyl-serine phosphorylation / defense response to Gram-positive bacterium / axon / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of gene expression / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C mu-related / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Protein kinase C mu-related / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase dkf-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Elsner, D.J. / Leonard, T.A.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundP28135 オーストリア
Austrian Science FundP30584 オーストリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: A ubiquitin-like domain controls protein kinase D dimerization and activation by trans-autophosphorylation.
著者: Elsner, D.J. / Siess, K.M. / Gossenreiter, T. / Hartl, M. / Leonard, T.A.
履歴
登録2019年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase dkf-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2873
ポリマ－17,1571
非ポリマー1312
水00
1
A: Serine/threonine-protein kinase dkf-1
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase dkf-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5756
ポリマ－34,3132
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.413, 83.018, 37.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase dkf-1


分子量: 17156.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: dkf-1, W09C5.5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q9XUJ7, protein kinase C
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 6.8% PEG8000 18% ethylene glycol 0.1 M MES, pH 6.5 0.03 M NaF 0.03 M NaBr 0.03 M NaI

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.97626
シンクロトロンESRF ID2921.28254
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2015年6月21日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2015年6月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976261
21.282541
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 6939 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 57.34 Å2 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.26→2.38 Å / Num. unique obs: 641

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.26→41.51 Å / SU ML: 0.304 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.6171
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2762 350 5.07 %
Rwork0.2317 --
obs0.2339 6910 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 72.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→41.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1095 0 2 0 1097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00871115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07081503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0617165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5351680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.590.37871080.31752116X-RAY DIFFRACTION98.76
2.59-3.260.36791290.30592160X-RAY DIFFRACTION99.35
3.26-41.520.23651130.20112284X-RAY DIFFRACTION99.63
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.5467500026 Å / Origin y: 9.74707700077 Å / Origin z: -5.52593846825 Å
111213212223313233
T0.481015541219 Å20.0648093085188 Å20.0279585604037 Å2-0.500713396558 Å2-0.0112260742284 Å2--0.581513945844 Å2
L1.48582795069 °2-0.799773042442 °20.707191284895 °2-4.26394444438 °2-1.12041184521 °2--2.0374996774 °2
S0.141111713507 Å °0.0268571595094 Å °-0.208242585252 Å °-0.196061025667 Å °-0.0954576663593 Å °0.382624591759 Å °-0.241715544491 Å °-0.254065239378 Å °-0.0277004875458 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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