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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r8e | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | SC14 G-hairpin | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / G-hairpin DNA NMR spectroscopy structure dynamics | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Lenarcic Zivkovic, M. / Trantirek, L. / Plavec, J. | 資金援助 | スロベニア, チェコ, 6件 |
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021 | タイトル: Insight into formation propensity of pseudocircular DNA G-hairpins. 著者: Zivkovic, M.L. / Gajarsky, M. / Bekova, K. / Stadlbauer, P. / Vicherek, L. / Petrova, M. / Fiala, R. / Rosenberg, I. / Sponer, J. / Plavec, J. / Trantirek, L. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r8e.cif.gz | 93.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r8e.ent.gz | 75.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r8e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6r8e_validation.pdf.gz | 202.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6r8e_full_validation.pdf.gz | 240.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6r8e_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6r8e_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r8e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4413.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |