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万見
- PDB-6r8e: SC14 G-hairpin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r8e
タイトルSC14 G-hairpin
要素DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
キーワードDNA / G-hairpin DNA NMR spectroscopy structure dynamics
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lenarcic Zivkovic, M. / Trantirek, L. / Plavec, J.
資金援助 スロベニア, チェコ, 6件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-242 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ1-6733 スロベニア
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)MSCAfellow2@MUNI チェコ
Czech Science FoundationGA17-12075S チェコ
Czech Science Foundation19-26041X チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000477 チェコ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Insight into formation propensity of pseudocircular DNA G-hairpins.
著者: Zivkovic, M.L. / Gajarsky, M. / Bekova, K. / Stadlbauer, P. / Vicherek, L. / Petrova, M. / Fiala, R. / Rosenberg, I. / Sponer, J. / Plavec, J. / Trantirek, L.
履歴
登録2019年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4141
ポリマ－4,4141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2770 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')


分子量: 4413.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D NOESY
222isotropic12D NOESY
272isotropic52D NOESY
161isotropic42D NOESY
232isotropic12D TOCSY
242isotropic22D DQF-COSY
151isotropic31D 15N-edited HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM / DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3'), 90% H2O/10% D2OSC14_H2O90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM / DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3'), 100% D2OSC14_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMDNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')/1
0.6 mMDNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')/2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1120 mMH2O71 atm283 K
2120 mMD2O7.0 pD1 atm283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6005
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9504
Agilent DD2AgilentDD26003

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
VNMRVarian解析
TopSpinBruker Biospin解析
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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