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万見
- PDB-6r8c: HIV capsid hexamer with IP5 ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r8c
タイトルHIV capsid hexamer with IP5 ligand
要素Gag polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MYO-INOSITOL-(1,3,4,5,6)-PENTAKISPHOSPHATE / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者James, L.C.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: HIV hexamer
著者: James, L.C.
履歴
登録2019年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5542
ポリマ－22,9731
非ポリマー5801
水3,531196
1
A: Gag polyprotein
ヘテロ分子

A: Gag polyprotein
ヘテロ分子

A: Gag polyprotein
ヘテロ分子

A: Gag polyprotein
ヘテロ分子

A: Gag polyprotein
ヘテロ分子

A: Gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,32112
ポリマ－137,8416
非ポリマー3,4806
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.663, 90.663, 56.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-536-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Gag polyprotein


分子量: 22973.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: myo-IP5
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0
#2: 化合物 ChemComp-5MY / MYO-INOSITOL-(1,3,4,5,6)-PENTAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5,6-ペンタキスりん酸


分子量: 580.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H17O21P5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化温度: 270 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG 6K, 1M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: OXFORD SAPPHIRE CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.913→78.52 Å / Num. obs: 20758 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1240 / CC1/2: 0.883 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ES8

6es8


解像度: 1.92→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.317 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23426 972 4.7 %RANDOM
Rwork0.19111 ---
obs0.19308 19575 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.456 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1580 0 32 196 1808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0131684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.6642305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4091.5683611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg23.4085.43221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22622.93375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55615281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0911511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2753.505833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.273.503832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3935.2341041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3925.2361042
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7884.08850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7944.055847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5336.0091259
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.2442.9071988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.17942.3141937
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.913→1.963 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 65 -
Rwork0.28 1304 -
obs--90.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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