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万見
- PDB-6r7e: N-terminally reversed variant of FimA E. coli with alanine insert... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r7e
タイトルN-terminally reversed variant of FimA E. coli with alanine insertion at position 20
要素FimA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / FimA / pilus / monomer / subunit / pili / synthetic / construct / main structural subunit / high resolution / N terminus / reversed
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell adhesion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Type-1 fimbrial protein, A chain / FimA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Zyla, D. / Echeverria, B. / Glockshuber, R.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_176403/1 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_156304 スイス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Donor strand sequence, rather than donor strand orientation, determines the stability and non-equilibrium folding of the type 1 pilus subunit FimA.
著者: Zyla, D. / Echeverria, B. / Glockshuber, R.
履歴
登録2019年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FimA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0983
ポリマ－15,9061
非ポリマー1922
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Single peak corresponding to the protein of a size of 15-20 kDa
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.100, 87.100, 163.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

SO4

21A-341-

HOH

31A-354-

HOH

41A-427-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 FimA / Fimbrial protein / Type-1 fimbrial protein subunit A / Type-1 fimbrial protein / A chain


分子量: 15906.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: fimA, fimA_3, fimA_4, AKG99_10950, AM464_16225, AUQ13_11250, B1K96_24765, B9M99_24745, B9T59_08995, C4J69_04805, C5P44_07805, C6B13_05790, CIJ94_16820, CR538_22075, DNQ45_01525, DS732_ ...遺伝子: fimA, fimA_3, fimA_4, AKG99_10950, AM464_16225, AUQ13_11250, B1K96_24765, B9M99_24745, B9T59_08995, C4J69_04805, C5P44_07805, C6B13_05790, CIJ94_16820, CR538_22075, DNQ45_01525, DS732_03935, DTM27_25935, ECONIH1_25830, HMPREF3040_05526, MS6198_50780, NCTC9010_04482, NCTC9036_04290, NCTC9117_05374, SAMEA3472056_01238
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q547G4, UniProt: P04128*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.1 / 詳細: 45% NH4SO2 and 0.1 M Sodium Malonate buffer pH 3.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月16日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.55 Å / Num. obs: 26259 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.094 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 10.63
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.7510.2687.9690.2118920.1228.37798.2
1.75-1.810.545.6760.3318690.1095.9698.7
1.8-1.8510.4954.5080.4818150.1764.73598.9
1.85-1.9110.3693.0080.7717620.2773.16198.8
1.91-1.9710.2352.0581.1517080.4222.16499
1.97-2.049.971.331.8616590.6681.40299.1
2.04-2.119.30.9612.4616020.7761.01799.3
2.11-2.210.320.6973.6915480.8970.73399.3
2.2-2.310.1430.5754.3914760.9160.60699.4
2.3-2.419.5540.485.0514340.9350.50799.4
2.41-2.5410.3470.3257.7913540.9730.34299.6
2.54-2.6910.5380.24210.4112860.9870.25499.6
2.69-2.8810.4110.15915.2212210.9930.16799.8
2.88-3.1110.2230.12419.111400.9960.1399.5
3.11-3.419.8880.07628.1610410.9980.0899.9
3.41-3.819.0070.05235.899600.9990.055100
3.81-4.49.9780.04244.138530.9990.04499.9
4.4-5.399.2940.03747.987250.9990.039100
5.39-7.6210.1970.03849.395740.9990.041100
7.62-43.559.0260.02954.853400.9990.03199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NKT

5nkt


解像度: 1.79→43.55 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2007 1136 5 %
Rwork0.1752 --
obs0.1765 22729 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.24 Å2 / Biso mean: 55.233 Å2 / Biso min: 23.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→43.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1105 0 10 161 1276
Biso mean--50.62 52.56 -
残基数----159
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7901-1.87150.29851390.31052641278099
1.8715-1.97020.28481400.247426702810100
1.9702-2.09370.27391400.207926562796100
2.0937-2.25530.22591420.172426922834100
2.2553-2.48220.17871410.167626882829100
2.4822-2.84140.18591420.161726872829100
2.8414-3.57960.19321440.163827342878100
3.5796-43.56290.18661480.167628252973100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2123-0.2344-0.00770.534-0.14740.0818-0.04850.34640.0386-0.52720.03810.02260.15140.17850.01960.6461-0.04550.03370.4910.05010.3256-4.622412.9057-34.7547
20.21950.00380.1550.1688-0.19460.24070.1799-0.15720.3735-0.07560.11620.3007-0.61-0.07600.41340.03320.04670.34580.01020.4417-2.741813.7649-13.9514
32.3743-0.0630.90770.09710.46183.5570.01210.33530.3419-1.3408-0.20860.04780.57610.0511-0.18891.04-0.0907-0.10170.37370.00130.4373-7.37298.4296-39.9193
40.8388-0.3704-0.66830.15580.28950.5335-0.03220.57130.0354-0.4531-0.09710.33740.1073-0.4883-0.0161.1981-0.2576-0.56060.5498-0.0330.5093-19.2899.4715-41.8577
50.43890.55470.37431.02940.18430.6776-0.01570.00810.0293-0.29970.25510.25470.1887-0.11830.04070.32890.014-0.00740.31240.07460.3474-10.633312.6061-20.7897
60.4486-0.53880.1790.8142-0.11690.1274-0.05390.2905-0.012-1.05420.41450.68290.4594-0.4255-0.04370.6907-0.1161-0.0860.41380.13620.4243-12.583915.7268-34.9129
71.115-0.2853-0.03351.29620.55930.30150.02010.1593-0.0577-0.6430.30.44740.0679-0.2060.26180.5044-0.0863-0.1020.30830.06850.3767-12.257310.1668-27.333
80.09380.16250.1060.2410.01270.1241-0.03310.14470.1418-0.23260.34520.3281-0.2267-0.22350.00210.43530.0340.0390.32730.06420.3493-8.495516.1578-19.4472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 13 )A1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 28 )A14 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 42 )A29 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 51 )A43 - 51
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 52 through 84 )A52 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 85 through 114 )A85 - 114
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 115 through 149 )A115 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 150 through 159 )A150 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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