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万見
- PDB-6r6d: [Ru(TAP)2(11,12-CN2-dppz)]2+ bound to d(TCGGCGCCGA)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r6d
タイトル[Ru(TAP)2(11,12-CN2-dppz)]2+ bound to d(TCGGCGCCGA)2
要素DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
キーワードDNA / Ruthenium / intercalation / asymmetric
機能・相同性: / Chem-EQQ / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.838 Å
データ登録者McQuaid, K.T. / Hall, J.P. / Cardin, C.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K019279/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M004635/1 英国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: X-ray Crystal Structures Show DNA Stacking Advantage of Terminal Nitrile Substitution in Ru-dppz Complexes.
著者: McQuaid, K. / Hall, J.P. / Brazier, J.A. / Cardin, D.J. / Cardin, C.J.
履歴
登録2019年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22020年11月11日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32021年5月19日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_refine_tls_group
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0044
ポリマ－3,0461
非ポリマー9583
水32418
1
A: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0088
ポリマ－6,0922
非ポリマー1,9166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area4340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.704, 46.704, 34.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-EQQ / Ruthenium (bis-(tetraazaphenanthrene)) (11,12-dicyano-dipyridophenazine)


分子量: 797.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H20N14Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.95 % / 解説: Orthorhombic
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1uL 1mM dsDNA, 1ul 5mM rac[Ru(TAP)2(11,12-CN2-dppz)]2+, 6ul of a solution containing 10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 80mM NaCl, 20mM Na-cacodylate pH 7, 20mM BaCl2 and 12mM spermine tetra- ...詳細: 1uL 1mM dsDNA, 1ul 5mM rac[Ru(TAP)2(11,12-CN2-dppz)]2+, 6ul of a solution containing 10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 80mM NaCl, 20mM Na-cacodylate pH 7, 20mM BaCl2 and 12mM spermine tetra-HCl equilibrated against 500uL 35% 2-methyl-2,4-pentanediol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.838→34.31 Å / Num. obs: 6316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 24.5 % / Num. unique obs: 180 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15rc2_3433: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.838→33.025 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1866 310 4.91 %
Rwork0.1786 --
obs0.179 6316 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.838→33.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 57 18 277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.202101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8384-2.31610.30911520.20683013X-RAY DIFFRACTION100
2.3161-33.030.16661580.17292993X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.8231-5.10142.69688.4054-5.23523.24560.09240.19220.181-0.2833-0.2389-0.12130.20870.07720.22390.3641-0.0370.04790.34270.0230.298133.958935.1409-3.4908
23.0523-2.83931.63717.33963.33685.93530.08050.326-0.08030.3297-0.37840.5280.2641-1.29730.5190.3713-0.0210.00970.4929-0.0170.317646.071530.77711.1266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:10 )A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 102:102 )A102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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