[日本語] English
万見
- PDB-6r65: Crystal Structure of human TMEM16K / Anoctamin 10 (Form 2) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r65
タイトルCrystal Structure of human TMEM16K / Anoctamin 10 (Form 2)
要素Anoctamin-10
キーワードLIPID TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / CALCIUM ACTIVATION / TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellularly calcium-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity / chloride channel activity / chloride transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / monoatomic ion transmembrane transport / Induction of Cell-Cell Fusion / cilium / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anoctamin / : / Calcium-activated chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bushell, S.R. / Pike, A.C.W. / Chu, A. / Tessitore, A. / Rotty, B. / Mukhopadhyay, S. / Kupinska, K. / Shrestha, L. / Borkowska, O. / Chalk, R. ...Bushell, S.R. / Pike, A.C.W. / Chu, A. / Tessitore, A. / Rotty, B. / Mukhopadhyay, S. / Kupinska, K. / Shrestha, L. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Love, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
European Commission115766 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The structural basis of lipid scrambling and inactivation in the endoplasmic reticulum scramblase TMEM16K.
著者: Simon R Bushell / Ashley C W Pike / Maria E Falzone / Nils J G Rorsman / Chau M Ta / Robin A Corey / Thomas D Newport / John C Christianson / Lara F Scofano / Chitra A Shintre / Annamaria ...著者: Simon R Bushell / Ashley C W Pike / Maria E Falzone / Nils J G Rorsman / Chau M Ta / Robin A Corey / Thomas D Newport / John C Christianson / Lara F Scofano / Chitra A Shintre / Annamaria Tessitore / Amy Chu / Qinrui Wang / Leela Shrestha / Shubhashish M M Mukhopadhyay / James D Love / Nicola A Burgess-Brown / Rebecca Sitsapesan / Phillip J Stansfeld / Juha T Huiskonen / Paolo Tammaro / Alessio Accardi / Elisabeth P Carpenter /
要旨: Membranes in cells have defined distributions of lipids in each leaflet, controlled by lipid scramblases and flip/floppases. However, for some intracellular membranes such as the endoplasmic ...Membranes in cells have defined distributions of lipids in each leaflet, controlled by lipid scramblases and flip/floppases. However, for some intracellular membranes such as the endoplasmic reticulum (ER) the scramblases have not been identified. Members of the TMEM16 family have either lipid scramblase or chloride channel activity. Although TMEM16K is widely distributed and associated with the neurological disorder autosomal recessive spinocerebellar ataxia type 10 (SCAR10), its location in cells, function and structure are largely uncharacterised. Here we show that TMEM16K is an ER-resident lipid scramblase with a requirement for short chain lipids and calcium for robust activity. Crystal structures of TMEM16K show a scramblase fold, with an open lipid transporting groove. Additional cryo-EM structures reveal extensive conformational changes from the cytoplasmic to the ER side of the membrane, giving a state with a closed lipid permeation pathway. Molecular dynamics simulations showed that the open-groove conformation is necessary for scramblase activity.
履歴
登録2019年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_diffrn_id / _reflns_shell.pdbx_diffrn_id
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Anoctamin-10
B: Anoctamin-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,7938
ポリマ－154,5522
非ポリマー2406
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area57310 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area57310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.158, 152.267, 153.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Anoctamin-10 / Transmembrane protein 16K


分子量: 77276.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANO10, TMEM16K / プラスミド: PFB-CT10HF-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NW15
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M calcium acetate 0.1M HEPES pH 7.0 22% PEG400 1CMC C12E9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射

Entry-ID: 6R65

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
3.497-78.1962623776.43.60.9980.130.120.17817.1
3.5-78.193401099.63.710.1720.1030.20125.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
3.5-3.6063.50.7031.713120.5080.6510.96144.1
3.5-3.593.81.8940.824940.3521.1042.2299.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSVERSION Oct 15, 2015データ削減
XDSVERSION Oct 15, 2015データスケーリング
STARANISO1.0.5データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OC9

5oc9


解像度: 3.5→39.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.817 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.794 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.605
詳細: Structure refined using STARANISO anistropically truncated data. Reference model (LSSR) restraints to PDB:5OC9 were also used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1191 4.99 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.238 23883 70 %-
原子変位パラメータBiso max: 229.57 Å2 / Biso mean: 92.15 Å2 / Biso min: 57.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.8649 Å20 Å20 Å2
2---14.5408 Å20 Å2
3---0.6758 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.59 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→39.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9642 0 6 0 9648
Biso mean--80.44 --
残基数----1234
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4418SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1636HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9878HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1312SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11593SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9878HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13455HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.8
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.65 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2363 68 4.74 %
Rwork0.2281 1367 -
all0.2285 1435 -
obs--34.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6263-0.57960.4781.5143-0.72022.02180.105-0.0445-0.2020.1074-0.05620.03350.1624-0.0905-0.0487-0.0680.03280.0447-0.27950.0285-0.2285-55.19472.1671-20.6089
21.6155-0.0469-0.09470.7248-0.63642.21190.10040.15390.1680.05990.0536-0.0121-0.04320.0361-0.154-0.06920.0787-0.0092-0.2765-0.0103-0.2074-9.14126.4423-14.8697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|14 - 703}A14 - 703
2X-RAY DIFFRACTION2{B|15 - 703}B15 - 703

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る