PDB-6r5x: 8-bladed beta-propeller formed by four 2-bladed fragments

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r5x

タイトル

8-bladed beta-propeller formed by four 2-bladed fragments

要素

WD-40 repeat protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Repeat Protein / Fragment Amplification / Protein Evolution / Protein Design

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule organizing center organization / microtubule plus-end binding / retrograde axonal transport / microtubule associated complex / dynein complex binding / cytoplasmic microtubule / kinetochore / neuron projection / neuronal cell body / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc punctiforme (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Martin, J. / Lupas, A.N. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structural diversity of oligomeric beta-propellers with different numbers of identical blades.
著者: Afanasieva, E. / Chaudhuri, I. / Martin, J. / Hertle, E. / Ursinus, A. / Alva, V. / Hartmann, M.D. / Lupas, A.N.

履歴

登録	2019年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r5x.cif.gz	135.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r5x.ent.gz	107.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r5x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r5x_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r5x_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	6r5x_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	6r5x_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r5x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r5yC 6r5zC 6r60C 2ymuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ax2-d 6g6p-d 6tjg-d 5nnz-2 6g6q-2 6g6q-5 6g6o-3 5naf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WD-40 repeat protein

B: WD-40 repeat protein

C: WD-40 repeat protein

D: WD-40 repeat protein

36.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD-40 repeat protein

B: WD-40 repeat protein

A: WD-40 repeat protein

B: WD-40 repeat protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: WD-40 repeat protein

D: WD-40 repeat protein

C: WD-40 repeat protein

D: WD-40 repeat protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.235, 119.673, 84.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-181- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	6 - 81	8 - 83
2	1	LEU	LEU	B	B	6 - 81	8 - 83
1	2	GLY	GLY	A	A	6 - 83	8 - 85
2	2	GLY	GLY	C	C	6 - 83	8 - 85
1	3	LEU	LEU	A	A	6 - 81	8 - 83
2	3	LEU	LEU	D	D	6 - 81	8 - 83
1	4	LEU	LEU	B	B	6 - 81	8 - 83
2	4	LEU	LEU	C	C	6 - 81	8 - 83
1	5	THR	THR	B	B	6 - 82	8 - 84
2	5	THR	THR	D	D	6 - 82	8 - 84
1	6	LEU	LEU	C	C	6 - 81	8 - 83
2	6	LEU	LEU	D	D	6 - 81	8 - 83

NCSアンサンブル:

ID
6
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	WD-40 repeat protein / 8-bladed beta-propeller formed by four 2-bladed fragments 分子量: 9053.927 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 遺伝子: Npun_R6612 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J0I0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.94 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium acetate 0.1 M TRIS.HCl pH 8.5 30 %(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→32.3 Å / Num. obs: 31066 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.31 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 4.38 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 4842 / CC_1/2: 0.861 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YMU

2ymu

解像度: 1.7→32.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.769 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23857	1552	5 %	RANDOM
R_work	0.19778	-	-	-
obs	0.19982	29426	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.908 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→32.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2344	0	0	314	2658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.547	1.909	3302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.444	3	5154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.316	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.423	25.769	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.449	15	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.264	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.775	1.248	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.775	1.247	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.257	1.867	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.257	1.867	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.022	1.391	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.021	1.391	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.604	2.038	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.521	12.124	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.399	11.011	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3869	0.14
1	2	B	3869	0.14
2	1	A	4120	0.09
2	2	C	4120	0.09
3	1	A	3867	0.14
3	2	D	3867	0.14
4	1	B	3840	0.14
4	2	C	3840	0.14
5	1	B	4278	0.07
5	2	D	4278	0.07
6	1	C	3853	0.14
6	2	D	3853	0.14

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	114	-
R_work	0.379	2129	-
obs	-	-	99.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.949	0.9977	0.8417	2.6895	-0.437	4.4087	0.0846	-0.2681	-0.1532	0.1987	-0.1274	0.0451	0.1867	0.0858	0.0428	0.0899	-0.014	0.038	0.0446	0.0223	0.1009	16.6998	19.1395	32.1973
2	4.9289	1.5526	0.3603	5.0533	0.4879	3.5719	0.0802	-0.0167	-0.1968	0.1565	0.0479	0.431	0.1686	-0.1679	-0.128	0.015	-0.0055	-0.0091	0.0091	0.0115	0.1218	10.5776	18.7503	22.1969
3	3.632	0.2257	-0.619	3.0398	2.4489	5.7802	-0.0235	0.0931	-0.3161	-0.0649	-0.0871	0.325	0.1909	-0.0806	0.1106	0.0468	0.0014	-0.0317	0.0094	-0.0119	0.098	15.1488	19.7779	10.6694
4	4.1759	1.3359	-1.2791	4.9575	1.4021	4.5404	0.0417	0.2885	0.0556	-0.3621	-0.0086	0.0276	-0.1072	0.1283	-0.0331	0.0854	0.0205	-0.0175	0.0482	-0.0085	0.0547	25.6025	18.5116	5.6347
5	3.389	0.0267	-1.5459	2.667	-0.5475	4.2314	0.0651	-0.1833	0.219	0.1494	-0.0079	-0.0085	-0.1681	-0.0394	-0.0573	0.0799	-0.0024	-0.0303	0.0483	-0.0189	0.0704	11.3416	-11.4835	31.7841
6	5.035	1.0462	0.7193	3.6191	-0.044	4.2133	0.0201	-0.0452	0.1775	0.0895	-0.0581	-0.3957	-0.2269	0.2109	0.038	0.0205	-0.0122	-0.0002	0.0125	0.0053	0.0773	17.0994	-11.08	21.5559
7	3.615	0.9436	0.831	3.1736	-1.7336	6.1254	-0.0124	0.1002	0.2239	-0.075	-0.0195	-0.2174	-0.2331	0.12	0.0319	0.0369	0.0069	0.0183	0.0152	0.0068	0.053	12.1111	-12.1251	10.3333
8	3.0771	1.2023	1.0704	4.6194	-1.8327	3.5052	-0.0136	0.1808	-0.0605	-0.2112	0.0633	0.0717	0.0244	-0.0398	-0.0498	0.0568	0.0137	-0.0016	0.0284	0.0065	0.0157	1.4263	-10.9244	5.6891

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	43 - 999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	-10 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	43 - 999
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	-10 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	43 - 999
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	-10 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	43 - 999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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