PDB-6r5j: New MAX Effector from Magnaporthe oryzae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r5j

タイトル

New MAX Effector from Magnaporthe oryzae

要素

Uncharacterized protein

キーワード

IMMUNOSUPPRESSANT / Max effector NMR

機能・相同性

ToxB-like N-terminal, ascomycota / ToxB N-terminal domain / ToxB-like N-terminal ascomycota domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Magnaporthe oryzae (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Hoh, F. / Padilla, A. / De Guillen, K.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: New MAX Effector from Magnaporthe oryzae
著者: Hoh, F. / Padilla, A. / De Guillen, K.

履歴

登録	2019年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r5j.cif.gz	43.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r5j.ent.gz	28.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r5j_validation.pdf.gz	652.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r5j_full_validation.pdf.gz	652.8 KB	表示
XML形式データ	6r5j_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	6r5j_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5wzm-d 1m6m-2 2azz-d 1u7r-d 5yov-d 2ekt-d 1a2a-7 1dfx-d 6al3-2 6al3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

14.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: AU

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.341, 24.760, 68.613
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.880, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 7034.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (strain P131) (菌類) 株: P131 / 遺伝子: OOW_P131scaffold00585g1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7J9X7
#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0,1M Hepes pH 7.5 1.6M Ammonium Sulfate 1,6M PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→34.59 Å / Num. obs: 59102 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.38→1.43 Å / Num. unique obs: 2877

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3448	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NMR model

解像度: 1.38→34.589 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1705	1189	5.05 %
R_work	0.1427	-	-
obs	0.1442	23545	92.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.33 Å² / B_iso mean: 15.0328 Å² / B_iso min: 6.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.38→34.589 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	970	0	19	120	1109
B_iso mean	-	-	35.56	27.3	-
残基数	-	-	-	-	135

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.3801-1.4429	0.1896	105	0.1348	2131	72
1.4429-1.5189	0.2039	143	0.1228	2670	90
1.5189-1.6141	0.1827	143	0.1222	2897	96
1.6141-1.7387	0.2023	143	0.1267	2931	98
1.7387-1.9137	0.1596	170	0.1328	2899	97
1.9137-2.1906	0.1707	165	0.1314	2895	97
2.1906-2.7597	0.154	164	0.1483	2919	96
2.7597-10	0.1699	156	0.15	3014	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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