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- PDB-6r5f: Crystal structure of RIP1 kinase in complex with DHP77 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r5f
タイトルCrystal structure of RIP1 kinase in complex with DHP77
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / peptidyl-serine autophosphorylation / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death ...ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / peptidyl-serine autophosphorylation / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / TNF signaling / programmed necrotic cell death / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of macrophage differentiation / JUN kinase kinase kinase activity / T cell apoptotic process / necroptotic signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / death-inducing signaling complex / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of necroptotic process / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / death receptor binding / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of programmed necrotic cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / necroptotic process / response to tumor necrosis factor / positive regulation of execution phase of apoptosis / canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway / signaling adaptor activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / Regulation of TNFR1 signaling / protein catabolic process / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to growth factor stimulus / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / response to oxidative stress / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / receptor complex / protein kinase activity / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JSW / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Thorpe, J.H. / Campobasso, N. / Harris, P.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and Lead-Optimization of 4,5-Dihydropyrazoles as Mono-Kinase Selective, Orally Bioavailable and Efficacious Inhibitors of Receptor Interacting Protein 1 (RIP1) Kinase.
著者: Harris, P.A. / Faucher, N. / George, N. / Eidam, P.M. / King, B.W. / White, G.V. / Anderson, N.A. / Bandyopadhyay, D. / Beal, A.M. / Beneton, V. / Berger, S.B. / Campobasso, N. / Campos, S. / ...著者: Harris, P.A. / Faucher, N. / George, N. / Eidam, P.M. / King, B.W. / White, G.V. / Anderson, N.A. / Bandyopadhyay, D. / Beal, A.M. / Beneton, V. / Berger, S.B. / Campobasso, N. / Campos, S. / Capriotti, C.A. / Cox, J.A. / Daugan, A. / Donche, F. / Fouchet, M.H. / Finger, J.N. / Geddes, B. / Gough, P.J. / Grondin, P. / Hoffman, B.L. / Hoffman, S.J. / Hutchinson, S.E. / Jeong, J.U. / Jigorel, E. / Lamoureux, P. / Leister, L.K. / Lich, J.D. / Mahajan, M.K. / Meslamani, J. / Mosley, J.E. / Nagilla, R. / Nassau, P.M. / Ng, S.L. / Ouellette, M.T. / Pasikanti, K.K. / Potvain, F. / Reilly, M.A. / Rivera, E.J. / Sautet, S. / Schaeffer, M.C. / Sehon, C.A. / Sun, H. / Thorpe, J.H. / Totoritis, R.D. / Ward, P. / Wellaway, N. / Wisnoski, D.D. / Woolven, J.M. / Bertin, J. / Marquis, R.W.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
C: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
D: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,8978
ポリマ－138,3884
非ポリマー1,5104
水00
1
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9742
ポリマ－34,5971
非ポリマー3771
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9742
ポリマ－34,5971
非ポリマー3771
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9742
ポリマ－34,5971
非ポリマー3771
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9742
ポリマ－34,5971
非ポリマー3771
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.858, 138.919, 96.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1 / Cell death protein RIP / Receptor-interacting protein 1 / RIP-1 / Serine/threonine-protein kinase RIP


分子量: 34596.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIPK1, RIP, RIP1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q13546, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-JSW / [(5~{S})-5-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]pyrazolidin-1-yl]-[1-(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)piperidin-4-yl]methanone / DHP77


分子量: 377.388 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21F2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M Ammonium Fluoride, 20% PEG3350 and 4mM DHP77

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→69.46 Å / Num. obs: 18831 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 88.89 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.25→3.98 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Num. unique obs: 8493 / CC1/2: 0.772 / Rpim(I) all: 0.297 / Rrim(I) all: 0.543 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ITJ

4itj


解像度: 3.25→69.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.864 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.595
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 926 4.93 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.245 18790 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 85.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.4685 Å20 Å25.6557 Å2
2--7.0639 Å20 Å2
3---8.4046 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.25→69.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8122 0 108 0 8230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018402HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1311318HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3021SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes208HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1165HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8402HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1076SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9211SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.45 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 147 4.87 %
Rwork0.244 2869 -
all0.246 3016 -
obs--98.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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