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万見
- PDB-6r4m: Crystal structure of S. cerevisia Niemann-Pick type C protein NPC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r4m
タイトルCrystal structure of S. cerevisia Niemann-Pick type C protein NPC2
要素Phosphatidylglycerol/phosphatidylinositol transfer protein
キーワードLIPID TRANSPORT / Vacuole / Ergosterol
機能・相同性
機能・相同性情報


fungal-type vacuole lumen / intracellular sterol transport / LDL clearance / sterol binding / sterol transport / phosphatidylcholine binding / fungal-type vacuole / phosphatidylserine binding / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding
類似検索 - 分子機能
ML domain, phosphatidylinositol/phosphatidylglycerol transfer protein / GM2-AP, lipid-recognition domain superfamily / Sterol transport protein NPC2-like / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylglycerol/phosphatidylinositol transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Winkler, M.B.L. / Kidmose, R.T. / Pedersen, B.P.
資金援助 デンマーク, 4件
組織認可番号国
European Research Council637372 デンマーク
Danish Council for Independent ResearchDFF-4002-0052 デンマーク
Other privateCarlsberg Foundation CF17-0180 デンマーク
Other privateAIAS fellowship デンマーク
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Insight into Eukaryotic Sterol Transport through Niemann-Pick Type C Proteins.
著者: Mikael B L Winkler / Rune T Kidmose / Maria Szomek / Katja Thaysen / Shaun Rawson / Stephen P Muench / Daniel Wüstner / Bjørn Panyella Pedersen /
要旨: Niemann-Pick type C (NPC) proteins are essential for sterol homeostasis, believed to drive sterol integration into the lysosomal membrane before redistribution to other cellular membranes. Here, ...Niemann-Pick type C (NPC) proteins are essential for sterol homeostasis, believed to drive sterol integration into the lysosomal membrane before redistribution to other cellular membranes. Here, using a combination of crystallography, cryo-electron microscopy, and biochemical and in vivo studies on the Saccharomyces cerevisiae NPC system (NCR1 and NPC2), we present a framework for sterol membrane integration. Sterols are transferred between hydrophobic pockets of vacuolar NPC2 and membrane-protein NCR1. NCR1 has its N-terminal domain (NTD) positioned to deliver a sterol to a tunnel connecting NTD to the luminal membrane leaflet 50 Å away. A sterol is caught inside this tunnel during transport, and a proton-relay network of charged residues in the transmembrane region is linked to this tunnel supporting a proton-driven transport mechanism. We propose a model for sterol integration that clarifies the role of NPC proteins in this essential eukaryotic pathway and that rationalizes mutations in patients with Niemann-Pick disease type C.
履歴
登録2019年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylglycerol/phosphatidylinositol transfer protein
B: Phosphatidylglycerol/phosphatidylinositol transfer protein
C: Phosphatidylglycerol/phosphatidylinositol transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1056
ポリマ－65,4413
非ポリマー6643
水00
1
A: Phosphatidylglycerol/phosphatidylinositol transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0352
ポリマ－21,8141
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylglycerol/phosphatidylinositol transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0352
ポリマ－21,8141
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Phosphatidylglycerol/phosphatidylinositol transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0352
ポリマ－21,8141
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)205.320, 205.320, 39.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and resid 31 through 172)
31(chain C and resid 31 through 172)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA31 - 175
211(chain B and resid 31 through 172)B31 - 172
311(chain C and resid 31 through 172)C31 - 172

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylglycerol/phosphatidylinositol transfer protein / PG/PI-TP / NPC2 homolog


分子量: 21813.635 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NPC2, YDL046W, D2699 / プラスミド: p423_GAL1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): DSY-5 / 参照: UniProt: Q12408
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.15 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: Ammoniumcitrate dibasic, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.453 Å / Num. obs: 23790 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 90.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.093 / Net I/σ(I): 9.15 / Num. measured all: 88986
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.93.2331.4150.737461232123080.3721.69499.4
2.9-34.1291.0521.168596208320820.5881.212100
3-3.13.990.6961.766990175317520.7330.80499.9
3.1-3.24.0360.4462.86458160116000.8710.51599.9
3.2-3.33.9120.3453.635493140514040.9040.40199.9
3.3-3.43.6220.2744.394379121012090.9250.32299.9
3.4-3.54.0170.2385.314551113411330.9570.27599.9
3.5-3.64.1020.1857.0940499879870.9740.213100
3.6-3.73.9140.1458.3633668608600.9810.169100
3.7-3.83.9740.1359.0932158108090.9880.15699.9
3.8-3.94.0140.11810.5228667157140.9860.13699.9
3.9-43.6990.10811.3423606426380.9860.12699.4
4-53.6380.06516.414489401239830.9950.07799.3
5-63.4250.05618.976008178317540.9950.06698.4
6-83.5320.04820.495129146514520.9960.05699.1
8-103.3490.03622.2617555285240.9980.04399.2
10-153.1890.03222.6512634003960.9980.03899
15-203.0280.0322.993301091090.9970.036100
20-44.45330.02723.5122885760.9990.03189.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.8 Å44.45 Å
Translation6.8 Å44.45 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDS20180126データ削減
XSCALE20180808データスケーリング
MLPHARE位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→44.453 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2618 1195 5.03 %
Rwork0.2363 22579 -
obs0.2376 23774 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.14 Å2 / Biso mean: 107.6192 Å2 / Biso min: 58.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→44.453 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3389 0 42 0 3431
Biso mean--172.27 --
残基数----435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2494806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9752163
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2098X-RAY DIFFRACTION12.205TORSIONAL
12B2098X-RAY DIFFRACTION12.205TORSIONAL
13C2098X-RAY DIFFRACTION12.205TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.91210.39941280.36452434256299
2.9121-3.04460.36971320.346325002632100
3.0446-3.2050.37391320.324922624100
3.205-3.40580.28721330.268624742607100
3.4058-3.66860.30571350.25425182653100
3.6686-4.03760.26091320.234224962628100
4.0376-4.62130.231300.20862509263999
4.6213-5.82030.22921330.20562515264898
5.8203-44.45870.24391400.22862641278199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0649-0.58240.77153.65950.14473.2844-0.02780.01730.1215-0.0609-0.1592-0.60620.2268-0.0099-0.00030.70540.03440.02980.90760.11070.6581-38.0279-87.1423-4.4215
22.92610.82331.12036.4676-0.75413.6324-0.294-0.390.7603-0.1229-0.06680.5343-0.9218-0.4713-0.00291.05150.2311-0.15280.9695-0.15020.9472-45.3211-55.96710.8897
33.917-0.1739-1.32333.4282-1.1392.26060.1724-0.4740.27110.2288-0.1192-0.8014-0.06980.4501-0.00060.9719-0.0792-0.4531.1822-0.01841.4988-14.453-65.17675.9221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 24 through 175)C24 - 175
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 30 through 175)B30 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 31 through 175)A31 - 175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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