PDB-6r45: Crystal structure of eukaryotic O-GlcNAcase HAT-like domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r45

タイトル

Crystal structure of eukaryotic O-GlcNAcase HAT-like domain

要素

O-GlcNAcase

キーワード

TRANSFERASE / O-GlcNAcase / Eukaryote / acetyltransferase / Trichoplax adhaerens

機能・相同性

機能・相同性情報

glycoprotein metabolic process / protein O-GlcNAcase / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / beta-N-acetylglucosaminidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichoplax adhaerens (センモウヒラムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.784 Å

データ登録者

Raimi, O.G. / Gorelik, A. / Hopkins-Navratilova, I. / Aristotelous, T. / Ferenbach, A. / vanAalten, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of eukaryotic O-GlcNAcase HAT-like domain
著者: Raimi, O.G. / Gorelik, A.

履歴

登録	2019年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r45.cif.gz	100.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r45.ent.gz	75.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r45_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r45_full_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示
XML形式データ	6r45_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	6r45_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/6r45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/6r45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bmhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dav-d 1w81-d 6zcf-d 5nvm-d 5lr0-1 4yha-4 5lr0-2 3azw-1 4fvv-2 6qxp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: O-GlcNAcase

B: O-GlcNAcase

ヘテロ分子

49.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.250, 43.520, 59.840
Angle α, β, γ (deg.)	87.52, 85.24, 87.58
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	O-GlcNAcase 分子量: 24833.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichoplax adhaerens (センモウヒラムシ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D5X2Y8, protein O-GlcNAcase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES 7.5, 60 mM Sodium potassium-tartrate and 27.5 % PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.784→59.59 Å / Num. obs: 36731 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 1.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 1.784→1.848 Å / Num. unique obs: 3663

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BMH

4bmh

解像度: 1.784→36.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.146 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23979	775	2.1 %	RANDOM
R_work	0.19257	-	-	-
obs	0.19351	35956	88.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.125 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	-1.5 Å²	0.28 Å²
2-	-	0.42 Å²	-0.45 Å²
3-	-	-	-1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.784→36.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3388	0	8	170	3566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3496
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.567	1.648	4738
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.396	1.578	7395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.573	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.179	21.707	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.293	15	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.988	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.887	2.169	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.886	2.169	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.798	3.246	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.797	3.247	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.566	2.48	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.565	2.48	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.04	3.599	2687
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.398	25.675	4099
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.392	25.625	4078
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.784→1.83 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	63	-
R_work	0.246	2655	-
obs	-	-	88.68 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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