PDB-6r3t: Structure of P110 from Mycoplasma Genitalium at 2.7A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r3t

タイトル

Structure of P110 from Mycoplasma Genitalium at 2.7A

要素

Mgp-operon protein 3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Adhesin

機能・相同性

MgpC adhesin / Mgp-operon protein 3, C-terminal domain / MgpC adhesin / MGP3 C-terminal domain / cell adhesion / plasma membrane / : / PHOSPHATE ION / Mgp-operon protein 3

機能・相同性情報

生物種

Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Aparicio, D. / Fita, I.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Mycoplasma genitalium adhesin P110 binds sialic-acid human receptors.
著者: Aparicio, D. / Torres-Puig, S. / Ratera, M. / Querol, E. / Pinol, J. / Pich, O.Q. / Fita, I.

履歴

登録	2019年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2019年4月10日	ID: 5MZB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r3t.cif.gz	363.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r3t.ent.gz	298.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r3t_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r3t_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	6r3t_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	6r3t_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r3t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ox7C 6r41C 6r43C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6se7-d 6r43-d 5ox7-d 6se5-d 6r41-d 6pwa-d 4zrp-d 2wqy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mgp-operon protein 3

ヘテロ分子

99.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.600, 152.940, 172.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Mgp-operon protein 3 / Mgp3 / ORF-3 protein 分子量: 99555.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア) 遺伝子: MG192 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22747
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 11% PEG 8000 0.1M Imidazole pH 8 0.2M Calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.12712 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12712 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→62 Å / Num. obs: 39641 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 4.8 % / Num. unique obs: 39641

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.73→54.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 27.881 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.273 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2247	1930	5 %	RANDOM
R_work	0.17593	-	-	-
obs	0.17836	36543	98.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.398 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.73→54.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6825	0	7	63	6895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	6980
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	6174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.932	1.641	9495
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.337	1.573	14447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.193	5	884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.585	24.955	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.567	15	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.049	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	957
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.923	4.779	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.913	4.778	3547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.637	7.162	4428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.637	7.163	4429
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.226	4.983	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.177	4.98	3429
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.977	7.36	5062
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.351	55.247	7444
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.34	55.193	7436
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.727→2.798 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	164	-
R_work	0.324	2628	-
obs	-	-	98.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.9538 Å / Origin y: 184.6664 Å / Origin z: 49.2386 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1355 Å²	-0.1328 Å²	-0.0925 Å²	-	0.3662 Å²	0.3948 Å²	-	-	0.539 Å²
L	1.1178 °²	-0.5229 °²	0.1774 °²	-	2.7155 °²	-1.7506 °²	-	-	2.1965 °²
S	-0.0933 Å °	0.5228 Å °	0.5621 Å °	-0.1988 Å °	-0.0658 Å °	-0.2922 Å °	0.0271 Å °	-0.0775 Å °	0.1591 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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