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- PDB-6r3s: CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r3s
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH COMPOUND 1
要素
  • Cyclin-C
  • Cyclin-dependent kinase 8
キーワードCELL CYCLE / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


CKM complex / G0 to G1 transition / mediator complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / Generic Transcription Pathway / [RNA-polymerase]-subunit kinase ...CKM complex / G0 to G1 transition / mediator complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / Generic Transcription Pathway / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RSV-host interactions / negative regulation of Notch signaling pathway / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / PPARA activates gene expression / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily ...Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-JRE / Cyclin-C / Cyclin-dependent kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Boettcher, J.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2020
タイトル: Selective and Potent CDK8/19 Inhibitors Enhance NK-Cell Activity and Promote Tumor Surveillance.
著者: Hofmann, M.H. / Mani, R. / Engelhardt, H. / Impagnatiello, M.A. / Carotta, S. / Kerenyi, M. / Lorenzo-Herrero, S. / Bottcher, J. / Scharn, D. / Arnhof, H. / Zoephel, A. / Schnitzer, R. / ...著者: Hofmann, M.H. / Mani, R. / Engelhardt, H. / Impagnatiello, M.A. / Carotta, S. / Kerenyi, M. / Lorenzo-Herrero, S. / Bottcher, J. / Scharn, D. / Arnhof, H. / Zoephel, A. / Schnitzer, R. / Gerstberger, T. / Sanderson, M.P. / Rajgolikar, G. / Goswami, S. / Vasu, S. / Ettmayer, P. / Gonzalez, S. / Pearson, M. / McConnell, D.B. / Kraut, N. / Muthusamy, N. / Moll, J.
履歴
登録2019年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 8
B: Cyclin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3497
ポリマ－80,8162
非ポリマー5335
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area29460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.598, 71.120, 169.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 8 / Cell division protein kinase 8 / Mediator complex subunit CDK8 / Mediator of RNA polymerase II ...Cell division protein kinase 8 / Mediator complex subunit CDK8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit CDK8 / Protein kinase K35


分子量: 47105.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49336, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-C / SRB11 homolog / hSRB11


分子量: 33710.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24863

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非ポリマー , 4種, 218分子

#3: 化合物 ChemComp-JRE / 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide


分子量: 332.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17ClN4O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→84.89 Å / Num. obs: 43086 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.48
反射 シェル解像度: 2.19→2.44 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Num. unique obs: 11853 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→84.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 11.263 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22679 1460 3.4 %RANDOM
Rwork0.20071 ---
obs0.20161 41621 96.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.457 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å2-0 Å2
2---0.18 Å2-0 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→84.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5081 0 36 213 5330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195117
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2421.9646945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.546311047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.445615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65823.696230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.62515851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5211526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3662.5582466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3662.562467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6424.2813079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6434.2823080
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0312.8732651
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9832.8632645
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5454.6983867
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.3711.8495924
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.34611.7445877
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.247 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 101 -
Rwork0.286 3034 -
obs--97.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0338-3.1804-0.44255.01040.69721.04120.25450.2263-0.0202-0.3883-0.27630.08510.012-0.1210.02180.3318-0.0279-0.01830.2640.04560.17341.43970.2358.144
21.74240.7467-0.02592.8747-0.07791.1549-0.01460.2132-0.0257-0.17810.03410.04990.0364-0.0564-0.01940.1670.0087-0.02510.1088-0.0020.00510.32440.47857.512
31.7962-0.44270.07841.4744-0.40172.52610.0313-0.07360.04630.0330.03510.0033-0.09240.0568-0.06650.1305-0.03450.04510.0791-0.01290.0816-3.63769.93987.122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2A100 - 365
3X-RAY DIFFRACTION3B-3 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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