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万見
- PDB-6r2x: NMR structure of Chromogranin A (F39-D63) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r2x
タイトルNMR structure of Chromogranin A (F39-D63)
要素Chromogranin-A
キーワードHORMONE / fragment of Chromogranin A / ligand of alpha V beta 6 / interactors
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to secretory granule / positive regulation of relaxation of cardiac muscle / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in cardiac muscle relaxation / negative regulation of catecholamine secretion / positive regulation of dense core granule biogenesis / organelle organization / mast cell chemotaxis / mast cell activation / chromaffin granule / regulation of the force of heart contraction ...protein localization to secretory granule / positive regulation of relaxation of cardiac muscle / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in cardiac muscle relaxation / negative regulation of catecholamine secretion / positive regulation of dense core granule biogenesis / organelle organization / mast cell chemotaxis / mast cell activation / chromaffin granule / regulation of the force of heart contraction / Antimicrobial peptides / mast cell degranulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal dense core vesicle / negative regulation of insulin secretion / defense response to fungus / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / transport vesicle / positive regulation of cardiac muscle contraction / secretory granule / regulation of blood pressure / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chromogranin A/B / Chromogranin A/B/C / Chromogranin, conserved site / Granin (chromogranin or secretogranin) / Granins signature 1. / Granins signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nardelli, F. / Quilici, G. / Ghitti, M. / Curnis, F. / Gori, A. / Berardi, A. / Corti, A. / Musco, G.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: A stapled chromogranin A-derived peptide is a potent dual ligand for integrins alpha v beta 6 and alpha v beta 8.
著者: Nardelli, F. / Ghitti, M. / Quilici, G. / Gori, A. / Luo, Q. / Berardi, A. / Sacchi, A. / Monieri, M. / Bergamaschi, G. / Bermel, W. / Chen, F. / Corti, A. / Curnis, F. / Musco, G.
履歴
登録2019年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromogranin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0421
ポリマ－3,0421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3030 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Chromogranin-A / CgA / Pituitary secretory protein I / SP-I


分子量: 3042.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHGA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10645

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-1H TOCSY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
134isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-13C HSQC
151isotropic12D 1H-15N HSQC
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D HNCO
181isotropic13D HNHA
193isotropic13D 1H-13C NOESY
1101isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-13C; U-15N] Chromogranin A, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O13C_15N_CgA90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM Chromogranin A, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2OCgA90% H2O/10% D2O
solution30.5 mM [U-13C; U-15N] Chromogranin A, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 100% D2O13C_15N_CgA_D2O100% D2O
solution40.5 mM Chromogranin A, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 100% D2OCgA_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMChromogranin A[U-13C; U-15N]1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.5 mMChromogranin Anatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.5 mMChromogranin A[U-13C; U-15N]3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
0.5 mMChromogranin Anatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
試料状態イオン強度: 148 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 bar / 温度: 280 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance 600 / 製造業者: Bruker / モデル: Avance 600 / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: triple-resonance TCI cryo-probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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